More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2744 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3156  CTP synthetase  66 
 
 		 542 aa  739    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.11737  normal  0.0821196 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5568  CTP synthetase  68.19 
 
 		 542 aa  753    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2054  CTP synthetase  67.64 
 
 		 542 aa  766    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1134  CTP synthetase  68.01 
 
 		 542 aa  763    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.519093  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3107  CTP synthetase  69.1 
 
 		 542 aa  756    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3231  CTP synthetase  67.34 
 
 		 543 aa  739    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.246122  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1607  CTP synthetase  56.51 
 
 		 546 aa  639    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.353292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5402  CTP synthetase  68.37 
 
 		 542 aa  759    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1832  CTP synthetase  68.37 
 
 		 542 aa  773    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420502  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2765  CTP synthetase  65.95 
 
 		 550 aa  737    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000226127 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1833  CTP synthetase  67.34 
 
 		 543 aa  736    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392945  normal  0.73431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4476  CTP synthetase  66.61 
 
 		 543 aa  741    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0873  CTP synthetase  85.92 
 
 		 547 aa  956    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.666117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0368  CTP synthetase  86.29 
 
 		 547 aa  959    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2012  CTP synthetase  86.29 
 
 		 547 aa  958    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00909929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0530  CTP synthetase  64.29 
 
 		 542 aa  738    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1452  CTP synthetase  67.82 
 
 		 542 aa  758    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1765  CTP synthetase  55.72 
 
 		 548 aa  642    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.279833  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1887  CTP synthetase  66.36 
 
 		 542 aa  724    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.424468  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4200  CTP synthetase  68.19 
 
 		 542 aa  742    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2790  CTP synthetase  67.52 
 
 		 543 aa  739    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.015258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2017  CTP synthetase  63.75 
 
 		 543 aa  706    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0404569  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3181  CTP synthetase  88.12 
 
 		 547 aa  982    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2473  CTP synthetase  66.61 
 
 		 543 aa  743    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5202  CTP synthetase  68.19 
 
 		 542 aa  751    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.893159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2824  CTP synthetase  66.61 
 
 		 543 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0152  CTP synthetase  64.23 
 
 		 543 aa  705    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.899365  normal  0.0316034 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1738  CTP synthetase  67.34 
 
 		 545 aa  739    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.845504  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2744  CTP synthetase  100 
 
 		 547 aa  1122    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0124584 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1973  CTP synthetase  87.39 
 
 		 547 aa  978    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.112708 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1170  CTP synthetase  65.15 
 
 		 543 aa  720    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.251518  normal  0.0605368 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1069  CTP synthetase  67.82 
 
 		 542 aa  763    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  0.721377 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1634  CTP synthetase  68.37 
 
 		 545 aa  792    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.883771  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1094  CTP synthetase  68.37 
 
 		 542 aa  766    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.641491  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2348  CTP synthetase  64.85 
 
 		 544 aa  717    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0510  CTP synthetase  67.64 
 
 		 542 aa  756    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.741524 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2029  CTP synthetase  68.37 
 
 		 542 aa  770    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1841  CTP synthetase  57.86 
 
 		 540 aa  634    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4661  CTP synthetase  67.28 
 
 		 557 aa  740    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1408  CTP synthetase  64.72 
 
 		 542 aa  748    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0617949  hitchhiker  0.0000124662 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1439  CTP synthetase  59.33 
 
 		 551 aa  644    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0767506  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1238  CTP synthetase  64.23 
 
 		 543 aa  698    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2233  CTP synthetase  67.64 
 
 		 555 aa  764    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5124  CTP synthetase  67.28 
 
 		 542 aa  741    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.143027 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3711  CTP synthetase  81.02 
 
 		 547 aa  903    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.744386  normal  0.344237 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1262  CTP synthetase  58.2 
 
 		 543 aa  634  1e-180  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0341  CTP synthetase  55.72 
 
 		 553 aa  629  1e-179  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.524344  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0468  CTP synthetase  56.03 
 
 		 529 aa  624  1e-177  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1472  CTP synthase  57.17 
 
 		 555 aa  622  1e-177  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1945  CTP synthetase  55.1 
 
 		 534 aa  622  1e-177  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000498786  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1276  CTP synthetase  57.01 
 
 		 538 aa  622  1e-177  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000541143 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3670  CTP synthetase  56.51 
 
 		 558 aa  623  1e-177  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1511  CTP synthetase  55.8 
 
 		 547 aa  620  1e-176  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.174656  decreased coverage  0.000112124 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1895  CTP synthetase  56.11 
 
 		 536 aa  620  1e-176  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1182  CTP synthetase  57.93 
 
 		 547 aa  620  1e-176  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154303  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0433  CTP synthetase  55.15 
 
 		 550 aa  619  1e-176  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589327 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0171  CTP synthetase  53.97 
 
 		 532 aa  619  1e-176  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4327  CTP synthetase  57.09 
 
 		 555 aa  616  1e-175  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4318  CTP synthetase  56.35 
 
 		 555 aa  616  1e-175  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.13902 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4844  CTP synthetase  56.27 
 
 		 532 aa  617  1e-175  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00361153  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1610  CTP synthetase  57.3 
 
 		 542 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.103111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0850  CTP synthetase  55.29 
 
 		 550 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4167  CTP synthetase  57.3 
 
 		 542 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4174  CTP synthetase  56.91 
 
 		 555 aa  614  9.999999999999999e-175  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4305  CTP synthetase  56.72 
 
 		 555 aa  613  9.999999999999999e-175  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1557  CTP synthetase  57.83 
 
 		 547 aa  612  9.999999999999999e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.591143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1641  CTP synthetase  55.76 
 
 		 544 aa  609  1e-173  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.118223  hitchhiker  0.0000254043 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0919  CTP synthetase  56.38 
 
 		 542 aa  609  1e-173  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4064  CTP synthetase  57.49 
 
 		 542 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000300969 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1875  CTP synthetase  55.39 
 
 		 544 aa  609  1e-173  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000103989 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1762  CTP synthetase  55.03 
 
 		 533 aa  608  1e-173  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.55526  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5105  CTP synthetase  54 
 
 		 552 aa  608  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0975  CTP synthetase  54.73 
 
 		 547 aa  610  1e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1164  CTP synthetase  57.3 
 
 		 542 aa  611  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0320  CTP synthetase  56.81 
 
 		 555 aa  607  9.999999999999999e-173  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0141  CTP synthetase  54.48 
 
 		 533 aa  605  9.999999999999999e-173  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.226323  normal  0.0230809 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1190  CTP synthetase  57.2 
 
 		 545 aa  606  9.999999999999999e-173  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0114  CTP synthetase  52.5 
 
 		 538 aa  606  9.999999999999999e-173  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.462919  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2648  CTP synthetase  54.93 
 
 		 555 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0052  CTP synthetase  55.2 
 
 		 554 aa  605  9.999999999999999e-173  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431062 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0915  CTP synthetase  54 
 
 		 552 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1000  CTP synthetase  54 
 
 		 552 aa  606  9.999999999999999e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3035  CTP synthetase  57.12 
 
 		 543 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0036123 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1923  CTP synthetase  53.59 
 
 		 542 aa  603  1.0000000000000001e-171  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0447943  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1184  CTP synthetase  57.2 
 
 		 545 aa  604  1.0000000000000001e-171  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2304  CTP synthetase  54.16 
 
 		 533 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0258787  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3443  CTP synthetase  54.74 
 
 		 559 aa  603  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1327  CTP synthetase  54.38 
 
 		 559 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1670  CTP synthetase  55.43 
 
 		 543 aa  605  1.0000000000000001e-171  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0004808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0701  CTP synthetase  54.66 
 
 		 533 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.202095  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3265  CTP synthetase  56.17 
 
 		 543 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.804111  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0156  CTP synthetase  54.8 
 
 		 546 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2075  CTP synthetase  53.96 
 
 		 557 aa  602  1.0000000000000001e-171  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.138589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0071  CTP synthase  54.58 
 
 		 559 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2758  CTP synthetase  56.56 
 
 		 545 aa  601  1e-170  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000221418  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3441  CTP synthetase  56.56 
 
 		 546 aa  599  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0619  CTP synthetase  55.51 
 
 		 546 aa  598  1e-170  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.626167  normal  0.390298 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1243  CTP synthetase  56.54 
 
 		 543 aa  598  1e-170  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3181  CTP synthetase  54.73 
 
 		 563 aa  598  1e-170  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2979  CTP synthetase  57.04 
 
 		 534 aa  600  1e-170  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.535852  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>