More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2676 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2676  histidine kinase  100 
 
 		 676 aa  1369    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00458174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.29 
 
 		 733 aa  535  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2880  signal transduction histidine kinase  56.29 
 
 		 733 aa  535  1e-150  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1526  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.29 
 
 		 733 aa  535  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0396333  normal  0.047905 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3952  histidine kinase  40.24 
 
 		 747 aa  335  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  39.36 
 
 		 1159 aa  306  9.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  39.36 
 
 		 1159 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.19 
 
 		 1172 aa  304  4.0000000000000003e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.01 
 
 		 1169 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  39.69 
 
 		 1169 aa  303  8.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  39.05 
 
 		 1161 aa  299  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.22 
 
 		 1169 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.01 
 
 		 1169 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  38.97 
 
 		 1157 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.75 
 
 		 1174 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 		 1168 aa  286  9e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  36.4 
 
 		 1169 aa  286  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0467  sensor histidine kinase  33.06 
 
 		 758 aa  284  3.0000000000000004e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.7 
 
 		 1156 aa  283  9e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  38.48 
 
 		 1147 aa  281  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.98 
 
 		 1169 aa  281  3e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0699  signal transduction histidine kinase  40.41 
 
 		 744 aa  279  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.324444  normal  0.102548 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  38.2 
 
 		 1158 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0291  sensor histidine kinase  36.27 
 
 		 545 aa  277  5e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0262  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 		 545 aa  277  6e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.446369  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.67 
 
 		 1159 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.23 
 
 		 1167 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 		 1170 aa  272  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02398  sensor histidine kinase  36.57 
 
 		 881 aa  272  2e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.31 
 
 		 1172 aa  272  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  38.9 
 
 		 1148 aa  272  2e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 		 1316 aa  271  2e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 		 1159 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2922  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.38 
 
 		 883 aa  271  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301068 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 		 1168 aa  271  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.28 
 
 		 1159 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00164  sensor histidine kinase  37.96 
 
 		 1177 aa  269  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.15 
 
 		 1158 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2060  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.98 
 
 		 1111 aa  267  5e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.749505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2627  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.09 
 
 		 1116 aa  266  5.999999999999999e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594612  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3255  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.48 
 
 		 1177 aa  266  7e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680649  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 1171 aa  266  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2522  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 		 1146 aa  265  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042371 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2433  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 		 1146 aa  264  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0799381 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 		 1146 aa  263  6e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248753 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 		 1145 aa  263  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2531  histidine kinase  34.79 
 
 		 1146 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014523  hitchhiker  0.00504999 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1792  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.79 
 
 		 1146 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.103598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1753  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.12 
 
 		 1146 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1749  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.12 
 
 		 1146 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0353406  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002203  sensor histidine kinase  37.33 
 
 		 1055 aa  261  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  34.89 
 
 		 1150 aa  260  5.0000000000000005e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00719  Multidomain protein contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  34.29 
 
 		 1147 aa  260  7e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  35.27 
 
 		 1174 aa  259  8e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  34.19 
 
 		 1145 aa  259  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0028  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 		 884 aa  259  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.465168  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0010  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 		 884 aa  259  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2352  histidine kinase  39.81 
 
 		 441 aa  256  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1864  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.53 
 
 		 1159 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0562222 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1985  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.53 
 
 		 1138 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 		 1163 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.26 
 
 		 880 aa  252  1e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0607488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.4 
 
 		 1152 aa  249  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4194  histidine kinase  40.52 
 
 		 452 aa  249  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.100725  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2939  histidine kinase  40.1 
 
 		 447 aa  248  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.012617 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1882  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.88 
 
 		 854 aa  247  4.9999999999999997e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1424  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1152 aa  246  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.68675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1140 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178694  hitchhiker  0.00103188 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1470  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.73 
 
 		 1140 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.4 
 
 		 1175 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.4 
 
 		 1168 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2683  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 		 567 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.259535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2537  fused sensor protein/response regulator  35.33 
 
 		 842 aa  244  3e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.72 
 
 		 1172 aa  243  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2078  sensor histidine kinase/response regulator  33.47 
 
 		 1141 aa  242  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.45474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.84 
 
 		 1179 aa  243  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3079  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 		 556 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2246  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.4 
 
 		 854 aa  240  6.999999999999999e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00766594  normal  0.0928411 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3120  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 554 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0189072  normal  0.493238 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1871  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.64 
 
 		 856 aa  239  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2557  histidine kinase  34.53 
 
 		 1142 aa  238  3e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257497  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 		 1168 aa  238  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2172  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.13 
 
 		 645 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2593  hybrid histidine kinase  37.19 
 
 		 477 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1251  histidine kinase  37.24 
 
 		 477 aa  237  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0537245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38970  putative two-component sensor  35.09 
 
 		 881 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.687207  normal  0.985828 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.41 
 
 		 1168 aa  234  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.92 
 
 		 635 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2664  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.92 
 
 		 655 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1534  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.53 
 
 		 1140 aa  232  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.254728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3519  histidine kinase  38.76 
 
 		 448 aa  231  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0922492  normal  0.751112 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2571  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 		 634 aa  229  9e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0964097 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38740  putative two-component sensor  36.97 
 
 		 594 aa  228  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.924619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3319  putative two-component sensor  34.86 
 
 		 868 aa  227  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1930  histidine kinase  36.65 
 
 		 476 aa  226  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.592963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2613  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 		 1166 aa  226  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3139  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 		 1161 aa  225  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.305564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0068  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  31.97 
 
 		 1156 aa  224  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3301  putative two-component sensor  35.43 
 
 		 577 aa  223  8e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15238  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0340  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.92 
 
 		 816 aa  222  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>