More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2487 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2487  putative 47 kDa protein  100 
 
 
401 aa  809    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2254  cobalamin synthesis protein, P47K  81.91 
 
 
403 aa  684    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2592  putative 47 kDa protein  83.42 
 
 
403 aa  667    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00869737 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0080  cobalamin synthesis protein, P47K  78.45 
 
 
404 aa  633  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1338  cobalamin synthesis protein, P47K  68.17 
 
 
407 aa  558  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3502  cobalamin synthesis protein, P47K  67.74 
 
 
410 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.461262 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2829  cobalamin synthesis protein P47K  69.5 
 
 
406 aa  549  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.62152 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2934  cobalamin synthesis protein P47K  69 
 
 
406 aa  544  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608688 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2707  cobalamin synthesis protein P47K  68.08 
 
 
405 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.217107 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0862  cobalamin synthesis protein P47K  69.73 
 
 
406 aa  537  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00398183 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2203  putative regulatory protein (nitrile hydratase activator like)  68.17 
 
 
401 aa  528  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.514388  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4067  cobalamin synthesis protein, P47K  63.93 
 
 
403 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1091  cobalamin synthesis protein P47K  68.1 
 
 
406 aa  523  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1120  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  65.75 
 
 
400 aa  518  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.201392  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4174  cobalamin synthesis protein P47K  66.92 
 
 
401 aa  519  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1025  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  65.75 
 
 
400 aa  518  1e-146  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1647  cobalamin synthesis protein P47K  64.14 
 
 
402 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3393  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  65.24 
 
 
399 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0189919  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2183  hypothetical protein  65.49 
 
 
404 aa  509  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.233817  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3566  cobalamin synthesis protein, P47K  64.23 
 
 
399 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.107446  normal  0.0714729 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2385  cobalamin synthesis protein P47K  64.93 
 
 
401 aa  500  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2119  cobalamin synthesis protein P47K  64.52 
 
 
393 aa  499  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0323303 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6213  cobalamin synthesis protein P47K  62.56 
 
 
403 aa  497  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.575624  normal  0.0528203 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2719  cobalamin synthesis protein P47K  64.18 
 
 
401 aa  497  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0234236  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6409  cobalamin synthesis protein P47K  61.06 
 
 
410 aa  481  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6215  cobalamin synthesis protein P47K  61.17 
 
 
407 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.103879 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3679  cobalamin synthesis protein, P47K  64.08 
 
 
405 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.191921  normal  0.393021 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6411  cobalamin synthesis protein P47K  60.66 
 
 
394 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.352865  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2441  cobalamin synthesis protein P47K  59.6 
 
 
416 aa  459  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1231  cobalamin synthesis protein, P47K  57.32 
 
 
406 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.201771 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2135  cobalamin synthesis protein P47K  59.15 
 
 
407 aa  448  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.847477  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0316  cobalamin synthesis protein/P47K  59.39 
 
 
423 aa  444  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3034  cobalamin synthesis protein, P47K  59.39 
 
 
423 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0820283  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4936  cobalamin synthesis protein P47K  58.88 
 
 
402 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.753815 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5332  cobalamin synthesis protein, P47K  59.39 
 
 
423 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3105  cobalamin synthesis protein, P47K  59.03 
 
 
417 aa  436  1e-121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.934746  normal  0.32479 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1098  cobalamin synthesis protein P47K  59.95 
 
 
397 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0118986 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1980  hypothetical protein  54.3 
 
 
402 aa  432  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0097799  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3649  cobalamin synthesis protein P47K  58.12 
 
 
423 aa  434  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493761  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0192  cobalamin synthesis protein, P47K  54.05 
 
 
410 aa  430  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4536  cobalamin synthesis protein, P47K  55.58 
 
 
401 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1446  cobalamin synthesis protein P47K  53.52 
 
 
403 aa  426  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.454825  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0639  cobalamin synthesis protein P47K  56.53 
 
 
402 aa  425  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000744918  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73010  hypothetical protein  55.61 
 
 
400 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00487394  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0299  cobalamin synthesis protein, P47K  53.15 
 
 
415 aa  420  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.376987  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2945  cobalamin synthesis protein P47K  57.25 
 
 
406 aa  419  1e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.879984  hitchhiker  0.0065134 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6337  hypothetical protein  54.86 
 
 
400 aa  418  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1815  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  52.5 
 
 
402 aa  418  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22864  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5139  cobalamin synthesis protein P47K  54.21 
 
 
402 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.522234 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5269  cobalamin synthesis protein, P47K  53.96 
 
 
402 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5361  CobW/P47K family protein  53.96 
 
 
402 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2626  cobalamin synthesis protein P47K  54.31 
 
 
395 aa  411  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.53013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5655  cobalamin synthesis protein/P47K  53.77 
 
 
401 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.108679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5410  cobalamin synthesis protein P47K  53.6 
 
 
401 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0589592 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1533  cobalamin synthesis protein P47K  56.11 
 
 
422 aa  410  1e-113  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0399  cobalamin synthesis protein P47K  52.64 
 
 
441 aa  410  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.414566  normal  0.973857 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3017  cobalamin synthesis protein P47K  54.34 
 
 
415 aa  406  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.168872  normal  0.358971 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1720  cobalamin synthesis protein P47K  53.67 
 
 
396 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00319553  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03818  nitrile hydratase activator  50.92 
 
 
441 aa  405  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5526  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  52.72 
 
 
403 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22980  Cobalamin synthesis protein  52.88 
 
 
401 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0608  cobalamin synthesis protein P47K  55.73 
 
 
408 aa  404  1e-111  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.452974  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5075  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  52.72 
 
 
402 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1101  cobalamin synthesis protein P47K  51.38 
 
 
442 aa  393  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0064  cobalamin synthesis protein P47K  52.77 
 
 
436 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1193  hypothetical protein  51.38 
 
 
442 aa  392  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.619068  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0054  cobalamin synthesis protein, P47K  52.77 
 
 
436 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2614  cobalamin synthesis protein P47K  54.27 
 
 
410 aa  389  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.729102 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3382  cobalamin synthesis protein P47K  54.61 
 
 
435 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3705  cobalamin synthesis protein P47K  54.85 
 
 
435 aa  391  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0083  cobalamin synthesis protein P47K  51.56 
 
 
437 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3014  cobalamin synthesis protein, P47K  54.52 
 
 
540 aa  387  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0064  cobalamin synthesis protein, P47K  51.56 
 
 
437 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2062  cobalamin synthesis protein P47K  52.54 
 
 
397 aa  382  1e-105  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.410151  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0005  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  52.05 
 
 
519 aa  383  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0065  cobalamin synthesis protein P47K  51.33 
 
 
433 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0006  cobalamin synthesis protein, P47K  51.56 
 
 
470 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273813  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3934  cobalamin synthesis protein P47K  51.6 
 
 
438 aa  378  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3246  cobalamin synthesis protein/P47K  50.6 
 
 
437 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.499544 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4503  putative cobalamin synthesis protein/P47K  51.6 
 
 
438 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3630  cobalamin synthesis protein P47K  51.52 
 
 
399 aa  381  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0045  hypothetical protein  53.12 
 
 
424 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2789  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  49.16 
 
 
446 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0635224  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0005  CobW/P47K family protein  49.16 
 
 
446 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0218  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  49.16 
 
 
446 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3520  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  49.16 
 
 
446 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0005  CobW/P47K family protein  48.93 
 
 
446 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.938262  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1893  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  48.93 
 
 
446 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1476  cobalamin synthesis protein P47K  49.62 
 
 
408 aa  361  1e-98  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0080  cobalamin synthesis protein, putative  49.73 
 
 
400 aa  360  2e-98  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0473  cobalamin synthesis protein, P47K  49.47 
 
 
400 aa  356  2.9999999999999997e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0485  cobalamin synthesis protein P47K  49.47 
 
 
400 aa  356  2.9999999999999997e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0581  cobalamin synthesis protein P47K  46.82 
 
 
394 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2212  cobalamin synthesis protein P47K  49.75 
 
 
423 aa  355  6.999999999999999e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.614725  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1836  cobalamin synthesis protein, putative  47.72 
 
 
395 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.196672  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1611  cobalamin synthesis protein  46.82 
 
 
395 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.661095  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1633  cobalamin synthesis protein  46.56 
 
 
527 aa  351  1e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0829989  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1776  putative cobalamin synthesis protein  46.19 
 
 
395 aa  350  2e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.909372  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1760  cobalamin synthesis protein  46.56 
 
 
395 aa  350  2e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1810  putative cobalamin synthesis protein  46.56 
 
 
395 aa  350  3e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>