45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1987 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1987  hypothetical protein  100 
 
 
182 aa  366  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.758744 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2053  3-dehydroquinate dehydratase  50.59 
 
 
187 aa  177  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4231  hypothetical protein  53.75 
 
 
170 aa  148  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.658834  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2557  hypothetical protein  47.93 
 
 
171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.507228 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3002  hypothetical protein  43.42 
 
 
312 aa  114  8.999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.935893  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0869  hypothetical protein  44.24 
 
 
173 aa  108  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1074  hypothetical protein  41.73 
 
 
201 aa  102  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.847783  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2276  hypothetical protein  39.22 
 
 
176 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.108208  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5867  molybdenum transport component, ATP-binding protein ModC  35.33 
 
 
185 aa  94.7  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2896  hypothetical protein  38.93 
 
 
179 aa  93.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.876495  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5082  3-dehydroquinate dehydratase  34.69 
 
 
195 aa  89.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4317  hypothetical protein  36.69 
 
 
196 aa  88.2  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000958638  normal  0.0413497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1187  hypothetical protein  35.75 
 
 
195 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.963781  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0852  hypothetical protein  36.84 
 
 
189 aa  86.3  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0294  hypothetical protein  36.65 
 
 
178 aa  85.9  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.881437  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0270  hypothetical protein  36.65 
 
 
178 aa  85.9  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1193  molybdenum ABC transporter ATP-binding protein  36.25 
 
 
196 aa  85.5  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3672  hypothetical protein  37.23 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4320  hypothetical protein  37.01 
 
 
188 aa  85.1  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0356129  normal  0.0779574 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0933  hypothetical protein  32.47 
 
 
187 aa  84  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0467352  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5201  hypothetical protein  35.53 
 
 
189 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2724  hypothetical protein  40.13 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.180261  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1092  hypothetical protein  32.19 
 
 
194 aa  81.3  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257178  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1055  hypothetical protein  36.9 
 
 
209 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0989  hypothetical protein  33.56 
 
 
194 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0923234 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6153  hypothetical protein  38.16 
 
 
174 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2951  hypothetical protein  37.5 
 
 
174 aa  78.6  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.568018  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0960  hypothetical protein  32.3 
 
 
189 aa  78.6  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3844  hypothetical protein  35.53 
 
 
187 aa  75.1  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3410  hypothetical protein  33.33 
 
 
186 aa  73.9  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.217104  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0135  molybdenum ABC transporter ATP-binding protein  37.74 
 
 
191 aa  72.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1578  hypothetical protein  29.81 
 
 
186 aa  72  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2076  hypothetical protein  33.11 
 
 
196 aa  71.2  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0979  molybdenum ABC transporter ATP-binding protein  32.03 
 
 
189 aa  70.1  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0204451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4441  hypothetical protein  30.43 
 
 
196 aa  67  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4647  molybdenum ABC transporter ATP-binding protein  32.65 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000186592 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1479  hypothetical protein  28.75 
 
 
188 aa  62.8  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.730321 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5508  hypothetical protein  31.03 
 
 
170 aa  62  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5394  hypothetical protein  29.63 
 
 
191 aa  61.2  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2747  hypothetical protein  29.87 
 
 
182 aa  60.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5674  hypothetical protein  29.17 
 
 
193 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1988  hypothetical protein  38.64 
 
 
177 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2477  hypothetical protein  32.38 
 
 
207 aa  51.6  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.843664  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3221  hypothetical protein  31.53 
 
 
175 aa  49.3  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5195  hypothetical protein  28.95 
 
 
196 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117531  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>