More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1956 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1956  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 320 aa  659    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.000864089  hitchhiker  0.00126231 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1958  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.98 
 
 		 880 aa  102  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0262576  hitchhiker  0.00141398 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 		 331 aa  68.6  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  26.21 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 		 308 aa  67  0.0000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  26.21 
 
 		 318 aa  67  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.4 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126969 
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.79 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1008  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  39.47 
 
 		 338 aa  65.9  0.0000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.720845  normal  0.076451 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1622  UDP-glucose 4-epimerase  25.29 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222296  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.35 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 		 331 aa  63.9  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0514  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  25.24 
 
 		 337 aa  62.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3897  NmrA-like  33.33 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 		 501 aa  62.4  0.000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.43 
 
 		 332 aa  62.4  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.19855 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  38.14 
 
 		 340 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 		 320 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 		 307 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.89 
 
 		 325 aa  61.6  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  27.95 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0242  saccharopine dehydrogenase related protein  23.68 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.04 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  36.28 
 
 		 329 aa  61.2  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11128  cholesterol dehydrogenase  27.91 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.25 
 
 		 329 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.25 
 
 		 329 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01131  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.47 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.434009 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0883  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.25 
 
 		 329 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.52969 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.96 
 
 		 339 aa  60.5  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0678518 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.82 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.552356  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  37.61 
 
 		 329 aa  59.7  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.78 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.28 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.68 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  35.71 
 
 		 333 aa  58.9  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.25 
 
 		 345 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0141626  normal  0.282035 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.66 
 
 		 327 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0144299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0558  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.16 
 
 		 340 aa  58.5  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.201229  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  36.44 
 
 		 328 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.68 
 
 		 336 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6671  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  24.12 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.96 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0748  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.23 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.87 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1954  NAD dependent epimerase/reductase-related protein  25.57 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  34.45 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2883  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0186538  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 		 321 aa  57.4  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5601  oxidoreductase domain protein  25.17 
 
 		 746 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0779716 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.1 
 
 		 336 aa  57.4  0.0000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0557769  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.37 
 
 		 295 aa  57  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  27.45 
 
 		 318 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.63 
 
 		 320 aa  57  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 		 358 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0547255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4310  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.5 
 
 		 344 aa  57  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 		 315 aa  57  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0943322  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3715  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.08 
 
 		 344 aa  57  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.722931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.62 
 
 		 331 aa  57  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.39 
 
 		 336 aa  57  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 		 321 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 		 322 aa  57  0.0000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.78 
 
 		 334 aa  56.6  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.33 
 
 		 328 aa  56.6  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.2 
 
 		 372 aa  56.6  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.791109 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.65 
 
 		 330 aa  57  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.71 
 
 		 348 aa  57  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.16 
 
 		 315 aa  57  0.0000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 		 336 aa  57  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.29 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.37 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3375  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.19 
 
 		 329 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210479 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.04 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4109  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.62 
 
 		 371 aa  56.2  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4185  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.62 
 
 		 371 aa  56.2  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0437586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.7 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>