60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1917 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1917  putative modification methylase  100 
 
 		 482 aa  999    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0419467  hitchhiker  0.0000000000400101 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5607  modification methylase, putative  33.33 
 
 		 430 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0295584  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0325  hypothetical protein  26.56 
 
 		 431 aa  140  4.999999999999999e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.103576  hitchhiker  0.00000188519 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00410  adenine-specific DNA modification methyltransferase  23.86 
 
 		 412 aa  131  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2828  hypothetical protein  27.23 
 
 		 474 aa  120  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2284  hypothetical protein  26.64 
 
 		 450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3181  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  22.03 
 
 		 482 aa  105  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0621069 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0407  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  24.09 
 
 		 476 aa  105  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3012  site-specific DNA-methyltransferase (cytosine-specific)  24.03 
 
 		 477 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1872  hypothetical protein  25.57 
 
 		 433 aa  99  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.682405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1233  hypothetical protein  24.87 
 
 		 438 aa  89  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241867  normal  0.73055 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0227  adenine-specific DNA modification methyltransferase  21.24 
 
 		 877 aa  86.3  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0765559  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1122  DNA methyltransferase  25 
 
 		 416 aa  85.5  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.909173  normal  0.0173084 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0068  hypothetical protein  23.48 
 
 		 464 aa  82.8  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00010049  hitchhiker  0.00158155 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1833  hypothetical protein  23.52 
 
 		 444 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0958  hypothetical protein  22.93 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00607753 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4397  hypothetical protein  23.81 
 
 		 475 aa  79.3  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.050702 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0642  hypothetical protein  24.21 
 
 		 435 aa  77  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4223  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  23.46 
 
 		 947 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4038  putative RNA methylase  23.54 
 
 		 483 aa  73.6  0.000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1303  adenine-specific DNA methylase  22.05 
 
 		 418 aa  73.6  0.000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404813  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5606  modification methylase, putative  22.31 
 
 		 438 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0166814  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2251  hypothetical protein  25.66 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4787  hypothetical protein  23.35 
 
 		 441 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1658  adenine-specific DNA methylase  22.81 
 
 		 416 aa  70.1  0.00000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000448906  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1426  hypothetical protein  25.37 
 
 		 432 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1306  hypothetical protein  22.44 
 
 		 414 aa  67.8  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000125163  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3922  hypothetical protein  22.78 
 
 		 439 aa  67  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0070396  normal  0.271721 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3873  hypothetical protein  22.78 
 
 		 439 aa  67  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0931  adenine-specific DNA methylase  22.61 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.316794  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3691  hypothetical protein  25.51 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.0109558 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4359  hypothetical protein  23.23 
 
 		 425 aa  64.3  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000708265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1918  putative modification methylase  24.35 
 
 		 353 aa  64.3  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00266275  hitchhiker  0.00000000000360377 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0894  hypothetical protein  22.42 
 
 		 445 aa  63.2  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.118931  hitchhiker  0.00000342492 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1000  DNA methyltransferase  21.77 
 
 		 472 aa  60.1  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3798  putative RNA methylase  26.07 
 
 		 495 aa  58.9  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5156  hypothetical protein  24.51 
 
 		 393 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000726262 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1456  putative RNA methylase  22.86 
 
 		 463 aa  57.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.270738 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0332  type II DNA modification methyltransferase M.TdeIII  30.53 
 
 		 530 aa  56.6  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00994221  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2226  hypothetical protein  23.75 
 
 		 467 aa  55.8  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.113996  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0684  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  40 
 
 		 528 aa  54.7  0.000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0909  type II DNA modification methyltransferase M.TdeIII  34.69 
 
 		 535 aa  54.7  0.000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.90275  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1725  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.03 
 
 		 524 aa  54.7  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110429  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0843  Site-specific DNA-methyltransferase (cytosine- N(4)-specific)  20.93 
 
 		 412 aa  52.8  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140978  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4009  hypothetical protein  27.43 
 
 		 512 aa  50.4  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000517991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0938  putative RNA methylase  22.09 
 
 		 461 aa  50.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152524  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0374  hypothetical protein  31.13 
 
 		 146 aa  49.7  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000208638  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1367  hypothetical protein  25.74 
 
 		 746 aa  48.9  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1620  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.88 
 
 		 414 aa  49.3  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3799  putative RNA methylase  20.8 
 
 		 393 aa  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3939  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.21 
 
 		 633 aa  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1386  adenine-specific DNA methylase  30.53 
 
 		 540 aa  47.8  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0156455 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2389  putative DNA modification methylase  24.71 
 
 		 369 aa  46.2  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.198556  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3603  adenine-specific DNA methylase  35.24 
 
 		 453 aa  46.2  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4077  hypothetical protein  33.33 
 
 		 614 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.180847  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0829  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  44 
 
 		 246 aa  45.8  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3926  putative DNA modification methylase  37.5 
 
 		 345 aa  45.1  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26692  predicted protein  27.85 
 
 		 411 aa  45.1  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0281046  decreased coverage  0.00284905 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2731  methyltransferase DNA modification enzyme  19.9 
 
 		 410 aa  43.5  0.008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0737  hypothetical protein  33.87 
 
 		 407 aa  43.1  0.01  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00870561  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>