68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1866 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1866  hypothetical protein  100 
 
 
273 aa  539  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.31982 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1473  hypothetical protein  46.85 
 
 
282 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3983  hypothetical protein  47.51 
 
 
282 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0963  hypothetical protein  45.28 
 
 
307 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089568 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4138  hypothetical protein  45.42 
 
 
282 aa  221  8e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6788  hypothetical protein  48.16 
 
 
247 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.101471  normal  0.0851978 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3447  hypothetical protein  45.19 
 
 
265 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0848304  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0153  hypothetical protein  45.87 
 
 
268 aa  211  7e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.242338 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1174  hypothetical protein  44.72 
 
 
269 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0226472  normal  0.695138 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1855  integral membrane protein-like protein  40.24 
 
 
258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.636824 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1622  hypothetical protein  39.36 
 
 
258 aa  191  9e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.559223  normal  0.211497 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2976  hypothetical protein  39.36 
 
 
258 aa  191  9e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0871  hypothetical protein  38.7 
 
 
269 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.99358  normal  0.512198 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4475  hypothetical protein  37.45 
 
 
287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2531  hypothetical protein  41.11 
 
 
267 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.849481  normal  0.0611922 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3414  hypothetical protein  39.36 
 
 
285 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3166  hypothetical protein  36.74 
 
 
298 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2771  hypothetical protein  35.71 
 
 
300 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.439667  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2726  hypothetical protein  35.34 
 
 
300 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  0.243579 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2357  cytochrome c oxidase subunit I  34 
 
 
263 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.2304  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2770  hypothetical protein  35.25 
 
 
318 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1805  hypothetical protein  36.55 
 
 
307 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5347  hypothetical protein  33.46 
 
 
264 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6089  hypothetical protein  35.02 
 
 
263 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1763  hypothetical protein  34.8 
 
 
309 aa  143  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168162  normal  0.0214362 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1194  cytochrome c oxidase subunit I  33.06 
 
 
278 aa  142  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.25451  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2479  cytochrome c oxidase subunit I  34.26 
 
 
275 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3899  cytochrome c oxidase subunit I  33.47 
 
 
268 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4394  hypothetical protein  35.04 
 
 
303 aa  136  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0476176 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0621  cytochrome c oxidase subunit I  31.62 
 
 
265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0229619 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3410  integral membrane protein  35.74 
 
 
242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16233  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1494  hypothetical protein  31.8 
 
 
269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.452839  normal  0.118134 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1923  conserved hypothetical conserved membrane protein  33.33 
 
 
267 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2254  integral membrane protein-like  35.59 
 
 
263 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.065811  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2132  conserved hypothetical conserved membrane protein  32.49 
 
 
268 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0978779 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2727  hypothetical protein  32.69 
 
 
263 aa  123  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.366469  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0330  cytochrome c oxidase subunit I  31.3 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1482  hypothetical protein  32.27 
 
 
257 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3771  integral membrane protein  34.84 
 
 
272 aa  115  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1233  integral membrane protein  33.48 
 
 
289 aa  115  6e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1524  integral membrane-like protein  34.18 
 
 
262 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1050  integral membrane protein  35.32 
 
 
291 aa  113  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.143905 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3048  integral membrane protein  32.97 
 
 
275 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.702381  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002466  putative cytochrome c oxidase subunit I  30.3 
 
 
265 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3645  integral membrane protein  32.13 
 
 
257 aa  112  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258813  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5921  hypothetical protein  33.21 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.206113  normal  0.388668 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2775  integral membrane protein-like protein  30.28 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03569  hypothetical protein  29.55 
 
 
273 aa  109  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1602  integral membrane protein  32.08 
 
 
278 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2413  integral membrane protein  30.74 
 
 
263 aa  108  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.696522  hitchhiker  0.0019684 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3045  integral membrane protein  29.28 
 
 
261 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319119  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2272  integral membrane protein  31.7 
 
 
278 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.297737  normal  0.474606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2035  putative cytochrome c oxidase, subunit I  29.92 
 
 
264 aa  104  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1157  integral membrane protein  33.05 
 
 
248 aa  103  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522859  normal  0.049297 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01073  putative cytochrome c oxidase, subunit I  28.46 
 
 
264 aa  103  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1797  integral membrane-like protein  33.48 
 
 
260 aa  99.8  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.797303  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4241  integral membrane protein  32.95 
 
 
252 aa  94  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0257  hypothetical protein  31.09 
 
 
257 aa  92.4  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0044951 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1270  integral membrane protein  29.05 
 
 
283 aa  91.7  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.731901  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4036  integral membrane protein  33.72 
 
 
269 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.141664 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1737  putative cytochrome c oxidase, subunit I  28.75 
 
 
260 aa  88.2  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2564  integral membrane protein  29.8 
 
 
277 aa  79  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.479216  normal  0.124593 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1053  integral membrane protein  33.86 
 
 
288 aa  77  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.143905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1576  integral membrane protein  32.43 
 
 
281 aa  75.1  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371521 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0009  integral membrane protein  30.56 
 
 
283 aa  73.2  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.191887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1998  integral membrane protein  27.67 
 
 
272 aa  68.9  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3013  hypothetical protein  27.48 
 
 
261 aa  61.6  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2133  Protein of unknown function DUF2189, transmembrane  23.64 
 
 
284 aa  52  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.148345 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>