More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1838 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1838  putative nitrogen regulation protein PII  100 
 
 		 112 aa  217  3.9999999999999997e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1516  nitrogen regulatory protein P-II  89.29 
 
 		 112 aa  198  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0146  nitrogen regulatory protein P-II  87.5 
 
 		 112 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220304  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1779  nitrogen regulatory protein P-II  87.5 
 
 		 112 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.903734 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1345  nitrogen regulatory protein P-II  86.61 
 
 		 112 aa  193  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.934318 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4461  nitrogen regulatory protein P-II  82.14 
 
 		 112 aa  190  6e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188449  normal  0.905473 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1331  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 		 112 aa  184  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.311288  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6587  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  183  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.490351 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1023  nitrogen regulatory protein P-II  91.07 
 
 		 112 aa  183  9e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.350926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1545  nitrogen regulatory protein P-II  81.25 
 
 		 112 aa  182  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1388  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 		 112 aa  181  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258506  normal  0.939142 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7409  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  181  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.394693  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3586  nitrogen regulatory protein P-II  78.57 
 
 		 112 aa  181  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0323305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1737  nitrogen regulatory protein P-II  78.57 
 
 		 112 aa  179  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0595912  normal  0.82137 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2330  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678822  normal  0.202545 
 
 
-
 
NC_004310  BR1005  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5130  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.179689  normal  0.884639 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2088  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2374  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.353669 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2651  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.614169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0971  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.650891  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1921  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  179  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2376  nitrogen regulatory protein PII  76.79 
 
 		 112 aa  178  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0285666  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1903  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  177  4e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.88445  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3243  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  177  4e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.669306  normal  0.422234 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1885  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  77.68 
 
 		 112 aa  177  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.614675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1760  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  177  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.654192  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4580  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  175  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.495708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2387  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.344208 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2233  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  76.79 
 
 		 112 aa  176  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0532084  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3058  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  174  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0808  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  175  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0899844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0428  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  175  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0591  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  174  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.307832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2900  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  174  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0642579  normal  0.0916709 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3314  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  174  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.431384  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0429  nitrogen regulatory protein P-II 1  75.89 
 
 		 112 aa  174  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.398049  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0683  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  174  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2044  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  174  4e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2559  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  174  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.32282  normal  0.488626 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0232  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  174  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312248  normal  0.530475 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0080  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  173  7e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416357  normal  0.780104 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0594  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6030  nitrogen regulatory protein P-II 2  75 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0291  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0198  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0259  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47790  Nitrogen regulatory protein P-II GlnK  75 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69810  nitrogen regulatory protein P-II 2  75 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.241854 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0217  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368327 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0342  nitrogen regulatory P-II transcription regulator protein  75 
 
 		 112 aa  171  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2345  nitrogen regulatory P-II transcription regulator protein  74.11 
 
 		 112 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.782832  normal  0.263317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1291  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  172  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.230659 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0715  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  172  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000630678  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2852  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  171  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.287324  normal  0.0455746 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0523  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  171  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.278087  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1680  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000892392  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2536  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  73.21 
 
 		 112 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.679414  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1400  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0487  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.188054  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0193  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.431486  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3218  P-II family regulatory protein  74.11 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472285  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0651  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0468  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409463  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2085  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  75.89 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0407  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32852  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2827  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.994537  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1351  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  170  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000771293  hitchhiker  0.0000000000923382 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03014  GlnB  73.21 
 
 		 112 aa  170  5e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000337232  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0053  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0041295  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1118  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1071  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0969  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.916041  hitchhiker  0.000334887 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2168  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  170  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000216085  hitchhiker  0.000000791345 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0110  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  169  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0179377 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1831  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 		 114 aa  169  9e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1836  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0337137  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0525  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3519  nitrogen regulatory protein P-II 1  72.32 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6195  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 136 aa  169  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0256  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2530  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4190  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.959597 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3124  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.473866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3162  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000317831  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2945  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0214654  normal  0.391037 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3027  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2550  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0188103  normal  0.0743791 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2915  nitrogen regulatory protein P-II 2  73.21 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0326538  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0642  nitrogen regulatory protein  70.54 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0626  nitrogen regulatory protein  70.54 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1879  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  169  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000257329  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1217  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.967639 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2899  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0172484 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0240  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  74.11 
 
 		 112 aa  169  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.289663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0148  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3942  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2866  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 136 aa  168  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138557  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1110  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  168  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000614062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2783  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  168  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190051  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>