153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1722 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1722  hypothetical protein  100 
 
 		 245 aa  475  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.22489 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1268  MerR family transcriptional regulator  81.61 
 
 		 272 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194356 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2610  MerR family transcriptional regulator  81.61 
 
 		 281 aa  158  9e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1914  MerR family transcriptional regulator  65.57 
 
 		 282 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.346124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0912  MerR family transcriptional regulator  63.11 
 
 		 840 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1782  MerR family transcriptional regulator  48.73 
 
 		 266 aa  149  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.139972 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2652  MerR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 227 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00282985  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2678  MerR family transcriptional regulator  64.04 
 
 		 252 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00961924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2925  MerR family transcriptional regulator  69.88 
 
 		 155 aa  131  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00455933  hitchhiker  0.00151967 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2516  MerR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 179 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2688  regulatory protein, MerR  64.04 
 
 		 229 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.539161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4629  MerR family transcriptional regulator  64.04 
 
 		 187 aa  128  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00782953  normal  0.030329 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4387  MerR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 757 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1588  MerR family transcriptional regulator  64.04 
 
 		 195 aa  126  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0650  transcriptional regulator, MerR family  63.1 
 
 		 172 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00809015 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0831  MerR family transcriptional regulator  64.37 
 
 		 177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.087298  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3031  MerR family transcriptional regulator  62.64 
 
 		 142 aa  126  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.532106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3022  transcriptional regulator, MerR family  62.92 
 
 		 250 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.165787  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1633  hypothetical protein  65.48 
 
 		 181 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1409  MerR family transcriptional regulator  61.8 
 
 		 206 aa  125  9e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.783915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3966  MerR family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 167 aa  124  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.200799  normal  0.0248998 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1199  transcriptional regulator, MerR family  65.48 
 
 		 179 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1288  transcriptional regulator, MerR family  65.48 
 
 		 179 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0772  hypothetical protein  46.21 
 
 		 193 aa  124  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3377  MerR family transcriptional regulator  63.75 
 
 		 208 aa  123  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.153202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1669  MerR family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 241 aa  123  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1148  MerR family transcriptional regulator  62.35 
 
 		 169 aa  123  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0779  hypothetical protein  45.52 
 
 		 180 aa  122  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6232  MerR family transcriptional regulator  63.41 
 
 		 166 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1521  MerR family transcriptional regulator  59.77 
 
 		 150 aa  120  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0401274  normal  0.779885 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0640  MerR family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 168 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2331  transcriptional regulator, MerR family  60 
 
 		 160 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.461102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2056  regulatory protein MerR  60 
 
 		 165 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.880106  normal  0.300945 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2017  transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 165 aa  116  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7073  transcriptional regulator, MerR family  60.98 
 
 		 172 aa  116  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.323694  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0267  MerR family transcriptional regulator  67.95 
 
 		 196 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3295  transcriptional regulator, MerR family  62.82 
 
 		 231 aa  107  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.987974  normal  0.206317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3558  MerR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 136 aa  96.7  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.994671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2364  MerR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 151 aa  92.4  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1864  MerR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 201 aa  91.3  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0288491  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0978  transcriptional regulator, MerR family  35.43 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.114884 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1416  MerR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 130 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0849625  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1996  MerR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 141 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000181748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0108  MerR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 124 aa  79.3  0.00000000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0761  MerR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 118 aa  78.6  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0874748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1147  MerR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 118 aa  78.6  0.00000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0571667  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1877  transcriptional regulator, MerR family  37.75 
 
 		 159 aa  77.8  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2054  MerR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 121 aa  78.2  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0919  transcriptional regulator, MerR family  47.83 
 
 		 118 aa  77  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1343  MerR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 149 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1970  transcriptional regulator, MerR family  47.3 
 
 		 143 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.858434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1640  transcriptional regulator, MerR family  47.3 
 
 		 143 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.402978  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4609  MerR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 136 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.401376  normal  0.0601167 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3018  transcriptional regulator, MerR family  43.59 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438934  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1584  MerR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28730  putative transcriptional regulator  47.22 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000134436  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2511  hypothetical protein  47.22 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1167  MerR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 144 aa  76.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354578  normal  0.670626 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1000  MerR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.861508  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1482  MerR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.858746  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2847  MerR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 162 aa  75.9  0.0000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.786709  hitchhiker  0.005225 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1459  MerR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.323541  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1584  putative transcription regulator protein  45.12 
 
 		 146 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0713  MerR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.245561  normal  0.461713 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0434  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 120 aa  75.5  0.0000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1282  MerR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 143 aa  75.1  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1455  transcriptional regulator, MerR family  44.59 
 
 		 142 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2670  regulatory protein, MerR  45.68 
 
 		 125 aa  75.1  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.988026 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1014  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 121 aa  74.7  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986669 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1938  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 118 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.24556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2109  MerR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 159 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal  0.127157 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2852  MerR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 130 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.164617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2393  MerR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 142 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.161279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1983  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 118 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00884217  normal  0.359201 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1974  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 118 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0566268 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2385  transcriptional regulator, putative  47.76 
 
 		 118 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2169  regulatory protein, MerR  47.76 
 
 		 118 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0163  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 126 aa  73.6  0.000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1881  putative transcriptional regulator  43.59 
 
 		 157 aa  74.3  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.027165 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0836  MerR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 116 aa  74.3  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1313  transcriptional regulator, MerR family  44.93 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2013  MerR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 120 aa  73.2  0.000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.065719  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1378  MerR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0815083  normal  0.541754 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1406  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1719  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1772  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.328935  normal  0.318397 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1551  MerR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.724017  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1089  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1898  MerR family regulatory protein  44.44 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4622  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.899334 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01390  transcription regulator protein  41.18 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249906  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2633  MerR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2588  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1366  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1532  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.591284  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0196  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1742  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405254  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0970  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0494  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 121 aa  72.4  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0739492  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0483  transcriptional regulator, MerR family  43.84 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>