More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1644 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1644  histidine kinase  100 
 
 		 779 aa  1560    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000228151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2107  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.53 
 
 		 770 aa  731    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0454  multisensor hybrid histidine kinase  53.4 
 
 		 766 aa  731    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2375  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  52.31 
 
 		 766 aa  718    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.352057 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1984  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.43 
 
 		 752 aa  678    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1228  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.39 
 
 		 769 aa  697    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0595  multi-sensor hybrid histidine kinase  59.51 
 
 		 680 aa  552  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2576  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.3 
 
 		 840 aa  422  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0149194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.8 
 
 		 857 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0755  sensor histidine kinase/response regulator  34.94 
 
 		 828 aa  390  1e-107  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  47.18 
 
 		 892 aa  388  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.92 
 
 		 803 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1039  sensory box histidine kinase/response regulator  51.62 
 
 		 945 aa  385  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0319  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  34.62 
 
 		 824 aa  383  1e-105  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.655044  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1138  Signal transduction histidine kinase  48.22 
 
 		 888 aa  383  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.408537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1004  sensory box histidine kinase/response regulator  51.37 
 
 		 945 aa  382  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1983  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.49 
 
 		 847 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.138459 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1740  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  45.4 
 
 		 866 aa  382  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0223971  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3527  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.41 
 
 		 839 aa  378  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.064663 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.4 
 
 		 811 aa  376  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2124  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.88 
 
 		 857 aa  379  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104313  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1398  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.64 
 
 		 853 aa  378  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  52.08 
 
 		 793 aa  377  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1216  sensor histidine kinase/response regulator  46.62 
 
 		 417 aa  374  1e-102  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1524  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.6 
 
 		 853 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.334346 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.16 
 
 		 880 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.26 
 
 		 874 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0139218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1700  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.89 
 
 		 850 aa  359  9e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.99866 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  43.14 
 
 		 829 aa  359  9.999999999999999e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.39 
 
 		 867 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.126106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2632  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.25 
 
 		 906 aa  352  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.7 
 
 		 903 aa  351  3e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.198382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.42 
 
 		 867 aa  347  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00129243  normal  0.0294734 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2602  PAS sensor protein  47.45 
 
 		 903 aa  347  4e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0853  sensor histidine kinase/reponse regulator  47.3 
 
 		 845 aa  347  6e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00134282  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2229  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.78 
 
 		 925 aa  345  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.843602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2463  two component sensor kinase  43.93 
 
 		 872 aa  345  2e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.899501  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1525  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.6 
 
 		 872 aa  343  5e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.40409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5149  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.18 
 
 		 869 aa  344  5e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416194 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1929  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  46.76 
 
 		 853 aa  342  2e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.76 
 
 		 890 aa  337  5e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1385  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.82 
 
 		 695 aa  321  3e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  39.26 
 
 		 749 aa  318  2e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.42 
 
 		 557 aa  317  4e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  43.18 
 
 		 733 aa  314  3.9999999999999997e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  45.81 
 
 		 766 aa  311  2e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.98 
 
 		 1132 aa  310  5.9999999999999995e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.78 
 
 		 859 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.15 
 
 		 853 aa  307  6e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.49 
 
 		 1176 aa  307  6e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.19 
 
 		 796 aa  306  7e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.36 
 
 		 845 aa  300  9e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 		 796 aa  298  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.34 
 
 		 661 aa  299  2e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  42.07 
 
 		 527 aa  296  7e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0366  sensor histidine kinase/response regulator  38.67 
 
 		 742 aa  296  8e-79  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.71 
 
 		 769 aa  296  1e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.8 
 
 		 773 aa  294  4e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.07 
 
 		 845 aa  294  4e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3671  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.48 
 
 		 1034 aa  293  1e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.2 
 
 		 962 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.1 
 
 		 522 aa  290  6e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  37.76 
 
 		 1112 aa  290  7e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.93 
 
 		 639 aa  289  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1337  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 822 aa  288  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0388  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.78 
 
 		 793 aa  288  2.9999999999999996e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  41.59 
 
 		 1561 aa  286  1.0000000000000001e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.55 
 
 		 773 aa  284  4.0000000000000003e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 		 650 aa  283  1e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0520  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  43.19 
 
 		 751 aa  283  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.15 
 
 		 740 aa  282  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.21 
 
 		 1180 aa  281  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0666  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.49 
 
 		 831 aa  281  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.62 
 
 		 1079 aa  280  7e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.24 
 
 		 777 aa  280  8e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.62 
 
 		 1115 aa  279  1e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  39.76 
 
 		 824 aa  279  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.42 
 
 		 885 aa  279  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.22 
 
 		 1076 aa  278  4e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.64 
 
 		 1148 aa  277  6e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.55 
 
 		 828 aa  276  7e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  37.83 
 
 		 726 aa  276  8e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.05 
 
 		 819 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 1106 aa  276  1.0000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 		 1124 aa  276  2.0000000000000002e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.09 
 
 		 1105 aa  276  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.2 
 
 		 849 aa  275  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.95 
 
 		 823 aa  275  3e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  39.95 
 
 		 1015 aa  274  5.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.25 
 
 		 1113 aa  274  5.000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 		 1134 aa  274  5.000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.41 
 
 		 645 aa  274  5.000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.45 
 
 		 551 aa  273  7e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 		 1215 aa  273  8.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  42.05 
 
 		 956 aa  273  8.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  42.13 
 
 		 556 aa  273  8.000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 		 643 aa  273  1e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.87 
 
 		 741 aa  273  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  40.2 
 
 		 1065 aa  273  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0052  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.86 
 
 		 1054 aa  273  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>