More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1311 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1177  NADH dehydrogenase subunit D  85.5 
 
 		 402 aa  734    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1885  NADH dehydrogenase subunit D  75.7 
 
 		 402 aa  635    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2515  NADH dehydrogenase subunit D  85.5 
 
 		 404 aa  735    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2004  NADH dehydrogenase subunit D  86.5 
 
 		 402 aa  740    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.639359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1173  NADH dehydrogenase subunit D  80.83 
 
 		 412 aa  716    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.313794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2247  NADH dehydrogenase subunit D  82.87 
 
 		 412 aa  699    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0299939  normal  0.120974 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0744  NADH dehydrogenase subunit D  89.33 
 
 		 403 aa  763    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1311  NADH dehydrogenase subunit D  100 
 
 		 404 aa  839    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00990981  normal  0.0474356 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2833  NADH dehydrogenase subunit D  79.08 
 
 		 416 aa  662    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.371933  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3297  NADH dehydrogenase subunit D  73.98 
 
 		 402 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2404  NADH dehydrogenase subunit D  74.87 
 
 		 396 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00163945 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2218  NADH dehydrogenase subunit D  75.19 
 
 		 402 aa  633  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.714071  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4129  NADH dehydrogenase I, D subunit  74.87 
 
 		 396 aa  630  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1358  NADH dehydrogenase subunit D  74.5 
 
 		 402 aa  629  1e-179  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.121379  normal  0.0313197 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1715  NADH dehydrogenase subunit D  74.11 
 
 		 396 aa  629  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0891  NADH dehydrogenase subunit D  75.13 
 
 		 396 aa  626  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.984899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2575  NADH dehydrogenase subunit D  72.43 
 
 		 401 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0392469  normal  0.134645 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2921  NADH dehydrogenase I, D subunit  74.42 
 
 		 394 aa  626  1e-178  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2057  NADH dehydrogenase I, D subunit  73.1 
 
 		 396 aa  622  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.320233  normal  0.342596 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2420  NADH dehydrogenase subunit D  73.67 
 
 		 396 aa  622  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4393  NADH dehydrogenase I, D subunit  73.6 
 
 		 396 aa  622  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0182447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3223  NADH dehydrogenase I, D subunit  75 
 
 		 392 aa  620  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0966966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1016  NADH dehydrogenase I, D subunit  73.67 
 
 		 396 aa  624  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1082  NADH dehydrogenase I, D subunit  73.6 
 
 		 396 aa  621  1e-177  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129082 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1211  NADH dehydrogenase I, D subunit  73.6 
 
 		 396 aa  621  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2884  NADH dehydrogenase subunit D  73.4 
 
 		 416 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736243  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1354  NADH dehydrogenase subunit D  74.62 
 
 		 396 aa  621  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.937388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1025  NADH dehydrogenase subunit D  74.68 
 
 		 396 aa  620  1e-177  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4560  NADH dehydrogenase subunit D  73.4 
 
 		 398 aa  618  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.17714 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1262  NADH dehydrogenase subunit D  73.6 
 
 		 396 aa  616  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0805  NADH dehydrogenase subunit D  72.91 
 
 		 396 aa  614  1e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0798929  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0800  NADH dehydrogenase subunit D  72.91 
 
 		 396 aa  615  1e-175  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2396  NADH dehydrogenase I, D subunit  72.84 
 
 		 396 aa  611  9.999999999999999e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.213945  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5799  NADH dehydrogenase I, D subunit  72.15 
 
 		 396 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4630  NADH dehydrogenase I, D subunit  72.32 
 
 		 402 aa  609  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.193494 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0781  NADH dehydrogenase subunit D  70.38 
 
 		 396 aa  601  1.0000000000000001e-171  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.673005  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1172  NADH dehydrogenase subunit D  73.35 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3834  NADH dehydrogenase subunit D  72.59 
 
 		 396 aa  598  1e-170  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.74836  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0560  NADH dehydrogenase subunit D  65.72 
 
 		 390 aa  562  1.0000000000000001e-159  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0426  NADH dehydrogenase subunit D  63.45 
 
 		 393 aa  549  1e-155  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0616  NADH dehydrogenase subunit D  62.94 
 
 		 393 aa  546  1e-154  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0389154  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1558  NADH dehydrogenase subunit D  63.61 
 
 		 392 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.970995  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1745  NADH dehydrogenase subunit D  61.2 
 
 		 417 aa  527  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0924  NADH dehydrogenase subunit D  60.69 
 
 		 406 aa  518  1e-146  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2985  NADH dehydrogenase subunit D  60.96 
 
 		 406 aa  520  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0128464  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2300  NADH dehydrogenase subunit D  60.91 
 
 		 403 aa  518  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1308  NADH dehydrogenase subunit D  60.59 
 
 		 418 aa  520  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.652404  normal  0.522315 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0566  NADH dehydrogenase subunit D  63.02 
 
 		 388 aa  517  1.0000000000000001e-145  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02414  hypothetical protein similar to NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit, mitochondrial precursor (Eurofung)  60.87 
 
 		 475 aa  508  1e-143  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.151267 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3331  NADH dehydrogenase subunit D  58.66 
 
 		 416 aa  509  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.150101  normal  0.101451 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02730  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  60.87 
 
 		 452 aa  505  9.999999999999999e-143  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2627  NADH dehydrogenase subunit D  59.28 
 
 		 417 aa  501  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1145  NADH dehydrogenase subunit D  58.55 
 
 		 417 aa  501  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0197205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1504  NADH dehydrogenase subunit D  58.55 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00434712 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1406  NADH dehydrogenase subunit D  58.8 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.564759  normal  0.621774 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2058  NADH dehydrogenase subunit D  59.28 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2254  NADH dehydrogenase subunit D  59.28 
 
 		 417 aa  501  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154911 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_68160  NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit, mitochondrial precursor  60.77 
 
 		 474 aa  500  1e-140  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0952  NADH dehydrogenase subunit D  58.21 
 
 		 417 aa  499  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.597503 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5574  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  498  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0121919  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2006  NADH dehydrogenase subunit D  58.07 
 
 		 417 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000196393  normal  0.17064 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1064  NADH dehydrogenase subunit D  58.8 
 
 		 417 aa  500  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240648  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1634  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  498  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.166476  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2246  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  498  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.105278  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1427  NADH dehydrogenase subunit D  57.11 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.448612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2163  NADH dehydrogenase subunit D  57.83 
 
 		 417 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.549103  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2059  NADH dehydrogenase subunit D  57.97 
 
 		 417 aa  498  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.102892  normal  0.0817308 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1031  NADH dehydrogenase subunit D  58.07 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0235722  normal  0.1717 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1826  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1438  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.09225  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1888  NADH dehydrogenase subunit D  57.97 
 
 		 417 aa  496  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1266  NADH dehydrogenase subunit D  57.83 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0820  NADH dehydrogenase subunit D  57.45 
 
 		 417 aa  495  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.205502  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1094  NADH dehydrogenase subunit D  57.83 
 
 		 417 aa  494  1e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.402289  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2270  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0316798  normal  0.103385 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0416  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0930  NADH dehydrogenase subunit D  57.49 
 
 		 417 aa  496  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2211  NADH dehydrogenase subunit D  57.97 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.518232 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2284  NADH dehydrogenase subunit D  58.07 
 
 		 417 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0248166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0734  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.301756  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1302  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1293  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1133  NADH dehydrogenase subunit D  58.31 
 
 		 417 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.154075  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1048  NADH dehydrogenase subunit D  56.87 
 
 		 417 aa  493  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0964  NADH dehydrogenase subunit D  57.25 
 
 		 417 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.389115  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3253  NADH dehydrogenase subunit D  57.59 
 
 		 417 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.626895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3211  NADH dehydrogenase subunit D  57.11 
 
 		 417 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2810  NADH dehydrogenase subunit D  57.83 
 
 		 417 aa  493  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3632  NADH dehydrogenase subunit D  58.44 
 
 		 397 aa  492  9.999999999999999e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638594 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1346  NADH dehydrogenase subunit D  57.11 
 
 		 417 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00313693  hitchhiker  0.00709586 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5177  NADH dehydrogenase subunit D  56.14 
 
 		 417 aa  489  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.752973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3507  NADH dehydrogenase subunit D  56.63 
 
 		 417 aa  491  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0824  NADH dehydrogenase subunit D  56.63 
 
 		 417 aa  489  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0989  NADH dehydrogenase subunit D  58.07 
 
 		 417 aa  487  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.287966  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0875  NADH dehydrogenase subunit D  57.35 
 
 		 417 aa  487  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.334972  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0960  NADH dehydrogenase subunit D  57.35 
 
 		 417 aa  487  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000966275 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2828  NADH dehydrogenase subunit D  56.01 
 
 		 435 aa  481  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0711  NADH dehydrogenase I, D subunit  57.35 
 
 		 417 aa  483  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.577358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1496  NADH dehydrogenase subunit D  55.18 
 
 		 417 aa  483  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.709173  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2027  NADH dehydrogenase subunit D  55.88 
 
 		 436 aa  479  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127355  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>