26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1110 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1110  hypothetical protein  100 
 
 
351 aa  656    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00592448  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2366  TonB domain-containing protein  44.96 
 
 
383 aa  229  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.858133 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0972  CheA signal transduction histidine kinase  44.13 
 
 
393 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.786655  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2323  hypothetical protein  50 
 
 
414 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0566369  normal  0.3392 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0561  hypothetical protein  49.78 
 
 
416 aa  180  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0670  hypothetical protein  49.39 
 
 
415 aa  177  4e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.121585  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0685  TolA family protein  57 
 
 
514 aa  113  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.134585 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1217  TolA protein  28.34 
 
 
356 aa  69.7  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0973  hypothetical protein  41.49 
 
 
171 aa  67.8  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0416255  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0818  hypothetical protein  47.62 
 
 
147 aa  64.3  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0544708  hitchhiker  0.00523274 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1640  tolA protein  28.41 
 
 
356 aa  63.9  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.639472  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3172  TolA, TolA protein  31.74 
 
 
351 aa  62.8  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00152494  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3620  hypothetical protein  35.19 
 
 
389 aa  61.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2121  hypothetical protein  33.64 
 
 
277 aa  61.6  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0859463  normal  0.381091 
 
 
-
 
NC_004310  BR1698  tolA protein  28.14 
 
 
356 aa  60.5  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1663  hypothetical protein  28.32 
 
 
2449 aa  58.5  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0610  pullulanase, type I  41.05 
 
 
1888 aa  57.4  0.0000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4659  cell surface protein  30.72 
 
 
3472 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4640  cell surface anchor  30.72 
 
 
3471 aa  55.1  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2628  putative signal peptide protein  26.91 
 
 
356 aa  53.9  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5038  conserved repeat domain protein  30.19 
 
 
3521 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0836  hypothetical protein  49.43 
 
 
268 aa  49.3  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000351202 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5067  cell surface protein  26.15 
 
 
3409 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0974  hypothetical protein  25.56 
 
 
433 aa  44.3  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0162438  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3497  outer membrane protein  30.28 
 
 
379 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.103237 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0106  surface layer domain protein  30 
 
 
444 aa  43.9  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000000230469  hitchhiker  0.00000000000214595 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>