193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0914 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0914  glycine oxidase ThiO  100 
 
 
325 aa  642    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.173839  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3650  glycine oxidase ThiO  66.15 
 
 
324 aa  416  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0041  FAD dependent oxidoreductase  61.34 
 
 
325 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.161257  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0284  glycine oxidase ThiO  58.12 
 
 
334 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0217  D-amino acid oxidase family protein  57.57 
 
 
334 aa  350  2e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0208  glycine oxidase ThiO  57.57 
 
 
334 aa  350  2e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.642429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0009  glycine oxidase ThiO  53.87 
 
 
338 aa  322  5e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2562  glycine oxidase ThiO  53.82 
 
 
331 aa  317  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.185136  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6396  glycine oxidase ThiO  53.18 
 
 
316 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4173  glycine oxidase ThiO  54.6 
 
 
334 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1414  glycine oxidase ThiO  52.15 
 
 
339 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5918  glycine oxidase ThiO  51.75 
 
 
330 aa  306  4.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2166  glycine oxidase ThiO  54.52 
 
 
337 aa  303  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.232699  normal  0.765835 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0445  thiamine biosynthesis oxidoreductase  48.55 
 
 
316 aa  299  3e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2166  glycine oxidase ThiO  50.32 
 
 
346 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.402403 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2464  FAD dependent oxidoreductase  51.61 
 
 
338 aa  286  4e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.750874  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2891  glycine oxidase ThiO  50.48 
 
 
338 aa  285  7e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.894969  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3428  glycine oxidase ThiO  49.68 
 
 
369 aa  279  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4092  FAD dependent oxidoreductase  49.35 
 
 
368 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0346042  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1958  glycine oxidase ThiO  49.19 
 
 
338 aa  275  7e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0655991  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6222  thiamine biosynthesis oxidoreductase thiO  48.24 
 
 
338 aa  269  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.787474  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0452  FAD-dependent oxidoreductase  36.05 
 
 
354 aa  225  7e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0570  FAD dependent oxidoreductase  36.75 
 
 
353 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0438  glycine oxidase ThiO  37.24 
 
 
340 aa  207  2e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017801  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1748  glycine oxidase  37.24 
 
 
340 aa  207  2e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0163  FAD dependent oxidoreductase  39.55 
 
 
410 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.550604  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0206  FAD dependent oxidoreductase  39.39 
 
 
402 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.573991  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1932  FAD dependent oxidoreductase  32.65 
 
 
410 aa  195  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2464  FAD dependent oxidoreductase  40.12 
 
 
358 aa  195  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.112989  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3575  FAD dependent oxidoreductase  39.14 
 
 
376 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.747856  hitchhiker  0.00000218413 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2697  FAD dependent oxidoreductase  40.37 
 
 
378 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0410  FAD dependent oxidoreductase  40.37 
 
 
378 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.533271  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1460  hypothetical protein  35.24 
 
 
356 aa  191  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3508  FAD dependent oxidoreductase  40 
 
 
378 aa  189  7e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.544782  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1523  hypothetical protein  35.84 
 
 
356 aa  189  8e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1456  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.28 
 
 
394 aa  189  8e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.712312  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0112  putative D-amino acid oxidase flavoprotein oxidoreductase  40 
 
 
379 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.333695  normal  0.56231 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2398  FAD dependent oxidoreductase  41.34 
 
 
363 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0383  putative D-amino acid oxidase flavoprotein  39.76 
 
 
376 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1786  FAD dependent oxidoreductase  39.39 
 
 
374 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0563944  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3068  FAD dependent oxidoreductase  40.66 
 
 
372 aa  187  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0186757  normal  0.325054 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2774  FAD dependent oxidoreductase  37.8 
 
 
386 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.300759  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0389  FAD dependent oxidoreductase  40.12 
 
 
378 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0251  oxidoreductase, FAD-dependent  32.01 
 
 
393 aa  186  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1936  FAD dependent oxidoreductase  38.79 
 
 
374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.969419  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3643  FAD dependent oxidoreductase  41.21 
 
 
381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0147  FAD dependent oxidoreductase  34.43 
 
 
350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0337  FAD dependent oxidoreductase  40.68 
 
 
378 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.324335 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0020  glycine oxidase ThiO  36.34 
 
 
355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3319  FAD dependent oxidoreductase  40.61 
 
 
381 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0313  FAD dependent oxidoreductase  40.68 
 
 
378 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4314  FAD dependent oxidoreductase  37.65 
 
 
378 aa  182  5.0000000000000004e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.274376  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0328  FAD dependent oxidoreductase  40.37 
 
 
378 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3008  oxidoreductase, FAD-binding  37.69 
 
 
377 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2730  oxidoreductase, FAD-binding  38.34 
 
 
377 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3710  oxidoreductase, FAD-binding  38.34 
 
 
377 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0038  FAD dependent oxidoreductase  36.34 
 
 
353 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3224  glycine oxidase ThiO  38.34 
 
 
377 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1773  glycine oxidase ThiO  38.34 
 
 
377 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3681  glycine oxidase ThiO  38.58 
 
 
377 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3739  glycine oxidase ThiO  38.58 
 
 
377 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2780  glycine oxidase ThiO  38.34 
 
 
377 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0947  FAD dependent oxidoreductase  35.42 
 
 
374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3293  FAD dependent oxidoreductase  36.89 
 
 
398 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.204133 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0895  FAD dependent oxidoreductase  32.56 
 
 
365 aa  169  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00321446  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2431  FAD dependent oxidoreductase  35.24 
 
 
367 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.779457 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1609  thiamine biosynthesis oxidoreductase ThiO, putative  35.59 
 
 
360 aa  150  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.575711  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1340  glycine oxidase ThiO  36.15 
 
 
375 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.55181  hitchhiker  0.0035061 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3748  glycine oxidase ThiO  33.33 
 
 
342 aa  114  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0708  glycine oxidase ThiO  36.61 
 
 
338 aa  108  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.740866  normal  0.0447216 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0989  glycine oxidase ThiO  31.83 
 
 
404 aa  106  6e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.136129  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34650  glycine oxidase  33.72 
 
 
375 aa  104  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.048332  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3888  glycine oxidase ThiO  33.92 
 
 
385 aa  103  3e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  30.75 
 
 
382 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  30.7 
 
 
374 aa  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2783  glycine oxidase ThiO  33.06 
 
 
372 aa  100  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0912  glycine oxidase ThiO  31.97 
 
 
349 aa  97.8  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.970325  normal  0.149805 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4390  glycine oxidase ThiO  32.35 
 
 
361 aa  96.7  5e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1152  glycine oxidase ThiO  34.2 
 
 
360 aa  95.9  7e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4885  glycine oxidase ThiO  30.99 
 
 
384 aa  92.4  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0545  glycine oxidase ThiO  34.33 
 
 
338 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0557  glycine oxidase ThiO  34.33 
 
 
338 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.959703  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0535  glycine oxidase ThiO  34.33 
 
 
338 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10420  thiamine biosynthesis oxidoreductase thiO  34.32 
 
 
340 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.219353  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0197  glycine oxidase ThiO  34.93 
 
 
342 aa  89.7  7e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5997  glycine oxidase ThiO  29.74 
 
 
388 aa  88.6  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.217156 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2406  FAD dependent oxidoreductase  29.44 
 
 
379 aa  88.2  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000101651  normal  0.0131925 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2502  glycine oxidase ThiO  29.66 
 
 
454 aa  86.7  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000131028 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0408  glycine oxidase ThiO  31.25 
 
 
335 aa  85.9  8e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0882665  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3405  glycine oxidase ThiO  29.08 
 
 
371 aa  85.5  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.289575  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4279  glycine oxidase ThiO  32.16 
 
 
398 aa  83.6  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.196313  hitchhiker  0.00513964 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0773  glycine oxidase ThiO  31.87 
 
 
392 aa  79.7  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0494  glycine oxidase ThiO  28.14 
 
 
375 aa  79.3  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1735  glycine oxidase ThiO  26.72 
 
 
368 aa  79.3  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3116  glycine oxidase ThiO  28.9 
 
 
393 aa  79  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.248059  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0616  glycine oxidase ThiO  28.77 
 
 
411 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1044  thiamine biosynthesis oxidoreductase ThiO  30.77 
 
 
391 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  29.28 
 
 
376 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0605  glycine oxidase ThiO  28.85 
 
 
440 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.14254  normal  0.0463062 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01740  glycine oxidase ThiO  28.13 
 
 
388 aa  75.1  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>