More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0825 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013595  Sros_1890  propionate--CoA ligase  63.43 
 
 		 695 aa  823    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.964967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1532  AMP-dependent synthetase and ligase  61.54 
 
 		 652 aa  793    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.589921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10660  acetyl-CoA synthetase  53.05 
 
 		 629 aa  693    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2351  acetyl-CoA synthetase, putative  52 
 
 		 629 aa  659    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120484 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4248  AMP-dependent synthetase and ligase  62.46 
 
 		 636 aa  822    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.193877 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0917  acid-CoA ligase family protein  54.72 
 
 		 631 aa  714    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1731  propionate--CoA ligase  63.9 
 
 		 636 aa  827    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0273  AMP-dependent synthetase and ligase  77.23 
 
 		 630 aa  1023    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02248  Propionyl CoA synthase  57.19 
 
 		 636 aa  754    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.267498  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1511  propionate--CoA ligase  62.68 
 
 		 634 aa  817    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.919396  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1575  AMP-dependent synthetase and ligase  61.45 
 
 		 627 aa  768    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.134471 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1176  AMP-dependent synthetase and ligase  59.65 
 
 		 631 aa  813    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407416 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0245  AMP-dependent synthetase and ligase  77.55 
 
 		 630 aa  1024    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  61.62 
 
 		 635 aa  804    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1171  AMP-dependent synthetase and ligase  62.3 
 
 		 640 aa  834    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.263452  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  63.06 
 
 		 640 aa  797    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.633526 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1576  putative acetyl-coa synthetase  54.66 
 
 		 628 aa  711    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2393  AMP-dependent synthetase and ligase  60.06 
 
 		 627 aa  773    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000718613  hitchhiker  0.000862635 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1460  AMP-dependent synthetase and ligase  60 
 
 		 638 aa  785    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1592  acyl-CoA sythetase  77.39 
 
 		 638 aa  1023    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3221  AMP-dependent synthetase and ligase  60.32 
 
 		 640 aa  787    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0171767 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1288  propionate--CoA ligase  61.5 
 
 		 631 aa  825    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1125  propionate--CoA ligase  60.93 
 
 		 640 aa  820    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1527  AMP-dependent synthetase and ligase  55.39 
 
 		 636 aa  704    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000383021 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0878  AMP-dependent synthetase and ligase  60.35 
 
 		 631 aa  826    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000235453  normal  0.0118338 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  65.65 
 
 		 632 aa  873    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471619  hitchhiker  0.000000265688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1046  AMP-dependent synthetase and ligase  66.03 
 
 		 634 aa  854    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.735408  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1499  AMP-dependent synthetase and ligase  63.52 
 
 		 635 aa  831    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1673  propionate--CoA ligase  64.06 
 
 		 636 aa  830    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4326  AMP-dependent synthetase and ligase  62.98 
 
 		 636 aa  833    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.471144 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2622  AMP-dependent synthetase and ligase  54.15 
 
 		 642 aa  674    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1797  AMP-dependent synthetase and ligase  56.64 
 
 		 641 aa  726    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2298  AMP-dependent synthetase and ligase  65.56 
 
 		 633 aa  845    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.59059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2043  AMP-dependent synthetase and ligase  55.4 
 
 		 638 aa  736    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0081773  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1779  AMP-dependent synthetase and ligase  57.76 
 
 		 631 aa  723    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.489551  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4396  AMP-dependent synthetase and ligase  61.78 
 
 		 636 aa  821    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185753 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0613  AMP-dependent synthetase and ligase  57.58 
 
 		 643 aa  751    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  65.61 
 
 		 641 aa  832    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2671  AMP-dependent synthetase and ligase  58.94 
 
 		 624 aa  711    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1791  AMP-dependent synthetase and ligase  52.16 
 
 		 629 aa  665    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.223336 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1067  AMP-dependent synthetase and ligase  62.18 
 
 		 642 aa  804    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4221  AMP-dependent synthetase and ligase  62.82 
 
 		 636 aa  831    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409374  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3748  AMP-dependent synthetase and ligase  62.32 
 
 		 641 aa  820    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.159285  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0943  putative propionate--CoA ligase  62.02 
 
 		 634 aa  837    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0956  propionate--CoA ligase  56.82 
 
 		 632 aa  736    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1721  AMP-dependent synthetase and ligase  61.54 
 
 		 652 aa  793    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1574  AMP-dependent synthetase and ligase  83.09 
 
 		 630 aa  1097    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0012  AMP-dependent synthetase and ligase  55.29 
 
 		 634 aa  717    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02393  hypothetical protein  56.91 
 
 		 626 aa  730    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2971  AMP-dependent synthetase and ligase  61.54 
 
 		 652 aa  793    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.420562 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4231  AMP-dependent synthetase and ligase  60.16 
 
 		 625 aa  758    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2568  AMP-dependent synthetase and ligase  61.76 
 
 		 662 aa  794    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003392  propionate--CoA ligase  57.95 
 
 		 625 aa  750    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2795  AMP-dependent synthetase and ligase  59.46 
 
 		 634 aa  775    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2319  AMP-dependent synthetase and ligase  61.63 
 
 		 635 aa  799    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2391  AMP-dependent synthetase and ligase  61.2 
 
 		 640 aa  797    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.977158 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2826  AMP-dependent synthetase and ligase  61.37 
 
 		 652 aa  792    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1396  AMP-dependent synthetase and ligase  58.52 
 
 		 632 aa  763    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.792119  normal  0.172808 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  59.84 
 
 		 638 aa  787    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0122187  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1958  AMP-dependent synthetase and ligase  62.9 
 
 		 643 aa  807    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18150  putative acetyl-coa synthetase  54.02 
 
 		 628 aa  702    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1527  AMP-dependent synthetase and ligase  55.86 
 
 		 633 aa  708    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.369396  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0825  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 630 aa  1296    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  52 
 
 		 629 aa  681    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6467  AMP-dependent synthetase and ligase  58.06 
 
 		 627 aa  746    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0556456 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1959  AMP-dependent synthetase and ligase  61.23 
 
 		 639 aa  776    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.330038  normal  0.184805 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1675  AMP-dependent synthetase and ligase  61.79 
 
 		 640 aa  798    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1168  AMP-dependent synthetase and ligase  61.56 
 
 		 637 aa  828    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.313288  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2225  AMP-dependent synthetase and ligase  76.59 
 
 		 634 aa  1018    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2688  AMP-dependent synthetase and ligase  65.13 
 
 		 641 aa  837    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1951  AMP-dependent synthetase and ligase  52.16 
 
 		 629 aa  661    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419294 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4996  AMP-dependent synthetase and ligase  62.34 
 
 		 636 aa  827    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4609  AMP-dependent synthetase and ligase  60.16 
 
 		 625 aa  758    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.341559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1364  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase  59.64 
 
 		 644 aa  782    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2234  AMP-dependent synthetase and ligase  62.26 
 
 		 643 aa  803    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.573086 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4297  AMP-dependent synthetase and ligase  60.16 
 
 		 625 aa  758    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0348009  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1865  AMP-dependent synthetase and ligase  55.97 
 
 		 628 aa  711    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.610194  normal  0.170173 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  61.77 
 
 		 623 aa  800    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884011 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  58.81 
 
 		 624 aa  743    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000665124  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0872  AMP-dependent synthetase and ligase  61.82 
 
 		 640 aa  833    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14120  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  57.91 
 
 		 651 aa  720    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0156514  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  58.55 
 
 		 626 aa  716    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.135947  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32550  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  59.19 
 
 		 644 aa  773    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.113888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1183  AMP-dependent synthetase and ligase  63.52 
 
 		 636 aa  834    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.918913  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  61.78 
 
 		 638 aa  808    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.214924 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2844  AMP-dependent synthetase and ligase  61.7 
 
 		 652 aa  794    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1562  propionyl-CoA synthetase  47.23 
 
 		 625 aa  565  1.0000000000000001e-159  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1729  propionyl-CoA synthetase  46.74 
 
 		 633 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264678  normal  0.844585 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1518  propionyl-CoA synthetase  47.22 
 
 		 632 aa  552  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2185  propionyl-CoA synthetase  48.15 
 
 		 630 aa  549  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238065  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3790  AMP-dependent synthetase and ligase  47.07 
 
 		 633 aa  546  1e-154  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.20899  decreased coverage  0.0016859 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05833  propionate-CoA ligase (Eurofung)  44.33 
 
 		 694 aa  540  9.999999999999999e-153  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2203  propionyl-CoA synthetase  45.9 
 
 		 629 aa  541  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.249852 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1020  propionyl-CoA synthetase  45.6 
 
 		 627 aa  541  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2691  propionyl-CoA synthetase  46.53 
 
 		 632 aa  535  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2037  propionyl-CoA synthetase  46.42 
 
 		 633 aa  538  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0263  propionyl-CoA synthetase  44.98 
 
 		 636 aa  528  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.805785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1614  propionyl-CoA synthetase  44.92 
 
 		 630 aa  528  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.1724  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3965  propionyl-CoA synthetase  46.85 
 
 		 628 aa  526  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123935 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2016  propionyl-CoA synthetase  45.89 
 
 		 631 aa  523  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.143176  normal  0.377009 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>