62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0516 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0516  putative two-component sensor kinase  100 
 
 		 328 aa  660    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3795  histidine kinase  36.04 
 
 		 610 aa  162  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 		 624 aa  159  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.469623 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6903  histidine kinase  34.66 
 
 		 631 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.308816 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3101  hypothetical protein  29.02 
 
 		 757 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 		 658 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3388  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.9 
 
 		 648 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 		 748 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  23.9 
 
 		 620 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1622  putative PAS/PAC sensor protein  26.4 
 
 		 775 aa  104  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0914545  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0273  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.15 
 
 		 917 aa  100  3e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.161492 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0052  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.5 
 
 		 1054 aa  94  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  26.96 
 
 		 581 aa  89  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0198  pentapeptide repeat-containing protein  26 
 
 		 862 aa  85.1  0.000000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.726788  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3357  sensory box histidine kinase  26.07 
 
 		 794 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1509  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 835 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0192657  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1041  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  20.46 
 
 		 1121 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.700011  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  25.7 
 
 		 580 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1870  histidine kinase  25 
 
 		 779 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24 
 
 		 981 aa  75.9  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.762814  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  20.83 
 
 		 1019 aa  75.5  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0926  sensory box protein  25.27 
 
 		 1063 aa  73.9  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  25.51 
 
 		 544 aa  73.6  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1140 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  24.69 
 
 		 882 aa  72  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2138  metal dependent phosphohydrolase  25.44 
 
 		 606 aa  70.9  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.258694  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 		 833 aa  70.1  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.91 
 
 		 1191 aa  69.7  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0591  putative membrane associated signaling protein  20.57 
 
 		 596 aa  69.7  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.81 
 
 		 1151 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0626  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.68 
 
 		 856 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2075  signal transduction protein  24.33 
 
 		 988 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.42 
 
 		 1309 aa  66.6  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0179  histidine kinase  23.55 
 
 		 758 aa  66.2  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.05 
 
 		 962 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3113  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.77 
 
 		 898 aa  64.7  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.265974  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1831  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.67 
 
 		 793 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.836817  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.33 
 
 		 945 aa  64.7  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3419  sensor histidine kinase  26.12 
 
 		 774 aa  63.9  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0053  two component sensor histidine kinase  29.33 
 
 		 867 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2638  signal transduction histidine kinase  23.9 
 
 		 1246 aa  60.8  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 		 1101 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000252838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.19 
 
 		 918 aa  58.2  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161625  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.44 
 
 		 1050 aa  58.2  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.99 
 
 		 842 aa  56.6  0.0000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2290  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.52 
 
 		 975 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  21.81 
 
 		 1154 aa  55.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00528  hypothetical protein  23.79 
 
 		 1049 aa  53.1  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0884  histidine kinase  21.51 
 
 		 635 aa  52.8  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0859  metal dependent phosphohydrolase  22.99 
 
 		 685 aa  52.4  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.55284  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1088  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.63 
 
 		 822 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.436726 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001950  sensory box/GGDEF family protein  22.22 
 
 		 1041 aa  50.8  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1847  histidine kinase  27.37 
 
 		 785 aa  50.4  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2358  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  22.66 
 
 		 916 aa  50.4  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2005  ATP-binding region ATPase domain protein  21.83 
 
 		 617 aa  48.5  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.144674  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1273  PAS sensor protein  19.66 
 
 		 728 aa  47.8  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.46 
 
 		 802 aa  47  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43493  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.65 
 
 		 954 aa  45.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23 
 
 		 868 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.371238 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0744  ATP-binding region ATPase domain protein  18.63 
 
 		 616 aa  43.5  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0677  sensory box/GGDEF family protein  22.43 
 
 		 947 aa  42.7  0.008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000825914  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1155  ABC transporter substrate-binding protein  22.52 
 
 		 333 aa  42.4  0.01  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000138162  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>