36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0462 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0462  hypothetical protein  100 
 
 
398 aa  806    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1389  hypothetical protein  32.81 
 
 
399 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.202962  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1010  hypothetical protein  34.38 
 
 
432 aa  162  7e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.456603  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2466  hypothetical protein  32.37 
 
 
431 aa  162  9e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.662294 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4302  hypothetical protein  36.43 
 
 
430 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.916619  normal  0.0727326 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0868  hypothetical protein  36.72 
 
 
440 aa  158  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0571349 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0828  hypothetical protein  36.72 
 
 
438 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.236177  normal  0.39315 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0794  hypothetical protein  34.93 
 
 
426 aa  156  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0490203 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4014  hypothetical protein  32.87 
 
 
386 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.244675  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3282  hypothetical protein  31.93 
 
 
389 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.366164  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1131  hypothetical protein  31.18 
 
 
398 aa  138  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02707  batD protein  23.9 
 
 
586 aa  77.8  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2065  hypothetical protein  27.02 
 
 
543 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02343  hypothetical protein  23.6 
 
 
585 aa  68.9  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24380  hypothetical protein  27.6 
 
 
543 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00155106  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3164  batD protein  21.07 
 
 
581 aa  63.9  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00886751  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3764  hypothetical protein  25.64 
 
 
551 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.137041  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2934  hypothetical protein  23.12 
 
 
546 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.707413  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1731  hypothetical protein  20.46 
 
 
611 aa  59.7  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187494  normal  0.124659 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1950  hypothetical protein  23.96 
 
 
580 aa  56.6  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.673108  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2027  hypothetical protein  26.46 
 
 
543 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379068  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3715  hypothetical protein  24.57 
 
 
543 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0854  hypothetical protein  24.17 
 
 
589 aa  55.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254625  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1716  hypothetical protein  24.2 
 
 
552 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0987625  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3087  hypothetical protein  22.91 
 
 
595 aa  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.232406  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2765  hypothetical protein  20.33 
 
 
549 aa  51.2  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1657  BatD protein  22.58 
 
 
584 aa  50.4  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760039  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2911  hypothetical protein  20.33 
 
 
549 aa  50.4  0.00006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3213  hypothetical protein  24.4 
 
 
546 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.338113 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1559  hypothetical protein  22.87 
 
 
544 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.545989  normal  0.355299 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1587  hypothetical protein  23.08 
 
 
541 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00091604 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1523  hypothetical protein  25.25 
 
 
586 aa  47.8  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18780  hypothetical protein  24.86 
 
 
544 aa  47.4  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.374717  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3230  hypothetical protein  23.44 
 
 
571 aa  45.8  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001267  BatD  20.82 
 
 
548 aa  46.2  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1742  forkhead-associated  19.79 
 
 
570 aa  45.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607903  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>