More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0449 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0449  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.376072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1803  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 		 232 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.782093  normal  0.890279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0520  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 234 aa  148  7e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.224382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5993  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.63 
 
 		 234 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0299234  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1772  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 235 aa  146  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.904735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1821  response regulator receiver  42.92 
 
 		 235 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2156  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 		 235 aa  145  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00956512  normal  0.0958311 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5762  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.120401  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 225 aa  141  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2194  DNA-binding response regulator  34.51 
 
 		 227 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00702475  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2056  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 227 aa  135  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.413172  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2212  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 227 aa  135  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2240  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 227 aa  135  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.85177e-28 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3919  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.81 
 
 		 227 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 224 aa  134  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1792  DNA-binding response regulator  34.23 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0238902  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  34.07 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3997  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.81 
 
 		 227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  33.63 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5089  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160869  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3856  two component transcriptional regulator  39.81 
 
 		 227 aa  132  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 224 aa  132  6e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 224 aa  131  7.999999999999999e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  33.19 
 
 		 224 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.43 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  33.19 
 
 		 224 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  33.33 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0994  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.09 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.337893  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 		 236 aa  129  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5331  transcriptional regulator two components regulatory system  37.89 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0274603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 227 aa  128  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  37 
 
 		 228 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  36.2 
 
 		 230 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.68 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  35.56 
 
 		 230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0753  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 241 aa  126  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.407347  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2672  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.665859  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  35.5 
 
 		 231 aa  126  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  37.16 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1806  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.45 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0205791  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 226 aa  125  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 243 aa  125  5e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 243 aa  125  5e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 243 aa  125  5e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 222 aa  125  6e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1398  DNA-binding response regulator  34.2 
 
 		 246 aa  125  7e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000136334  hitchhiker  8.832960000000001e-24 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1873  two component transcriptional regulator  32.88 
 
 		 226 aa  124  9e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  124  9e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1212  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0899901  normal  0.616229 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  37.56 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  35.87 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.49 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  38.71 
 
 		 235 aa  123  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  37.73 
 
 		 248 aa  123  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0191  two component transcriptional regulator  37.73 
 
 		 244 aa  123  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 231 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  32.27 
 
 		 224 aa  122  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  31.82 
 
 		 223 aa  123  3e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.55 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3454  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.26 
 
 		 223 aa  122  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3673  response regulator receiver  33.18 
 
 		 227 aa  122  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2350  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.84 
 
 		 226 aa  122  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.275786  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10613  two component system DNA binding transcriptional regulatory protein tcrA  35.78 
 
 		 253 aa  122  5e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499525  normal  0.750249 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2673  DNA-binding response regulator  34.38 
 
 		 224 aa  122  6e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1701  DNA-binding response regulator  32.75 
 
 		 230 aa  122  7e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00672994  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2487  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.51 
 
 		 231 aa  121  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3626  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.51 
 
 		 231 aa  121  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 226 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 224 aa  120  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2675  DNA-binding response regulator  33.93 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0180828  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  32.73 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  33.49 
 
 		 219 aa  120  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  33.49 
 
 		 219 aa  120  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0950  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.24 
 
 		 238 aa  120  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1236  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.61 
 
 		 224 aa  120  9.999999999999999e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.532106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0799  two component transcriptional regulator  29.86 
 
 		 225 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  34.09 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  34.23 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2440  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0936231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  36.41 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  36.32 
 
 		 230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  34.68 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1098  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4291  two component transcriptional regulator  32.14 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>