234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0419 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0419  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
417 aa  817    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2954  major facilitator transporter  43.9 
 
 
412 aa  276  4e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.126979 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0414  transporter, MFS superfamily  38.33 
 
 
411 aa  266  4e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.50103  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3013  major facilitator transporter  39.95 
 
 
409 aa  262  6.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.382215  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1821  major facilitator transporter  32.38 
 
 
444 aa  236  6e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000983336  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0226  major facilitator transporter  42.41 
 
 
446 aa  233  5e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.200681  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3228  major facilitator transporter  35.38 
 
 
427 aa  229  5e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0155  major facilitator superfamily MFS_1  37.29 
 
 
436 aa  223  4.9999999999999996e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1547  major facilitator transporter  35.75 
 
 
447 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0091  major facilitator transporter  38.9 
 
 
471 aa  213  5.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4258  major facilitator transporter  35.37 
 
 
452 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_004310  BR1740  transporter, putative  34.96 
 
 
412 aa  209  5e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.138078  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0929  major facilitator transporter  36.58 
 
 
415 aa  209  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1681  putative transporter  34.72 
 
 
412 aa  208  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0986  major facilitator family transporter  31.11 
 
 
726 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.776393  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0112  major facilitator superfamily transporter  35.31 
 
 
427 aa  204  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1172  major facilitator transporter  33.58 
 
 
412 aa  202  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2864  twin-arginine translocation pathway signal  38.27 
 
 
443 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1427  major facilitator superfamily MFS_1  33.18 
 
 
430 aa  200  5e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3112  hypothetical protein  33.17 
 
 
520 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0751652 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20680  putative MFS transporter  34.11 
 
 
434 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3491  major facilitator transporter  34.33 
 
 
473 aa  196  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1775  hypothetical protein  34.53 
 
 
434 aa  196  9e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1849  major facilitator transporter  32.47 
 
 
418 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.513333 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1456  major facilitator transporter  34.43 
 
 
446 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.357176  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3739  major facilitator transporter  34.43 
 
 
443 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.272825  normal  0.734833 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4398  major facilitator family transporter  34.43 
 
 
444 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170292  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2970  major facilitator transporter  32.98 
 
 
418 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1616  major facilitator transporter  32.98 
 
 
418 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0546554 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1922  major facilitator family transporter  34.62 
 
 
465 aa  192  9e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.628163  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5608  MFS family transporter  33.58 
 
 
438 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2660  major facilitator transporter  31.63 
 
 
417 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64590  putative MFS transporter  33.58 
 
 
438 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0510632  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3528  major facilitator transporter  31.67 
 
 
428 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000328166  normal  0.125095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3959  major facilitator transporter  33.49 
 
 
447 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.913585  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3922  major facilitator transporter  34.86 
 
 
444 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0801  major facilitator transporter  33.82 
 
 
411 aa  189  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.419426 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1813  major facilitator superfamiy transporter  31.67 
 
 
429 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.284415 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1718  major facilitator transporter  30.14 
 
 
429 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.150429 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0751  major facilitator transporter  31.43 
 
 
481 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0105844  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0739  major facilitator transporter  32.27 
 
 
480 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000161748 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0730  major facilitator superfamily MFS_1  32.27 
 
 
480 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000305807  hitchhiker  0.0000000180087 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0709  major facilitator transporter  32.27 
 
 
480 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0602177  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3645  major facilitator transporter  32.27 
 
 
480 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000051219  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3933  hypothetical protein  31.6 
 
 
474 aa  182  7e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0203  major facilitator transporter  33.67 
 
 
443 aa  182  8.000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.371325  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0685  major facilitator transporter  32.03 
 
 
476 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000174953  hitchhiker  0.000330115 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1802  major facilitator transporter  28.75 
 
 
713 aa  182  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.792644  normal  0.0946092 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1598  twin-arginine translocation pathway signal  31.34 
 
 
426 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.121654  normal  0.207213 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0618  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
418 aa  181  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0619  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
418 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.425561  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3262  major facilitator transporter  32.03 
 
 
476 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000595189  hitchhiker  0.0000189305 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0699  major facilitator transporter  31.9 
 
 
474 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000337729  hitchhiker  0.00021718 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0613  major facilitator transporter  31.27 
 
 
416 aa  181  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0957759  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2491  major facilitator transporter  32.35 
 
 
430 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.216953 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1094  major facilitator transporter  31.82 
 
 
424 aa  180  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2043  major facilitator family transporter  28.17 
 
 
397 aa  179  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1591  MFS permease  31.66 
 
 
411 aa  179  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.37561  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3377  major facilitator transporter  31.83 
 
 
446 aa  179  9e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0903  major facilitator transporter  31.83 
 
 
446 aa  179  9e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3242  major facilitator transporter  31.83 
 
 
446 aa  179  9e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2857  major facilitator transporter  33.6 
 
 
436 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0668265  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3353  major facilitator transporter  31.4 
 
 
474 aa  176  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00730717  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3542  major facilitator superfamily MFS_1  31.74 
 
 
432 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3245  major facilitator superfamily MFS_1  31.84 
 
 
432 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.70819  normal  0.24214 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0204  major facilitator transporter  33.33 
 
 
425 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0839  major facilitator transporter  32.61 
 
 
464 aa  175  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.673129  hitchhiker  0.000450742 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1380  MFS permease  31.68 
 
 
410 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.897204  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2658  major facilitator transporter  32.4 
 
 
433 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2783  major facilitator transporter  32.88 
 
 
431 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.2175  normal  0.236028 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01548  transmembrane transport protein  33.25 
 
 
412 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3408  major facilitator transporter  32.99 
 
 
433 aa  172  6.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3143  major facilitator transporter  31.86 
 
 
471 aa  172  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.385711 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2384  major facilitator transporter  33.61 
 
 
436 aa  171  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0644  major facilitator transporter  31.18 
 
 
429 aa  170  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2641  major facilitator transporter  30.27 
 
 
432 aa  170  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3097  major facilitator transporter  33 
 
 
421 aa  168  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0288565 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0513  major facilitator transporter  31.16 
 
 
459 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2191  major facilitator transporter  32.78 
 
 
408 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3082  major facilitator superfamily MFS_1  31.44 
 
 
454 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.359884  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3661  MFS permease  31.79 
 
 
427 aa  162  8.000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0467  major facilitator transporter  31.86 
 
 
439 aa  158  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.677382 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1328  hypothetical protein  27.76 
 
 
412 aa  158  2e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34670  Transmembrane transport protein  31.81 
 
 
429 aa  156  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2706  putative major facilitator superfamily (MFS) transporter  32.42 
 
 
404 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0837  hypothetical protein  30.41 
 
 
414 aa  152  8e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0937  major facilitator family protein  28.72 
 
 
395 aa  150  3e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0866  major facilitator family protein  28.72 
 
 
395 aa  151  3e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00300213  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0999  major facilitator family protein  28.28 
 
 
395 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.329257  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5688  major facilitator superfamily MFS_1  31.28 
 
 
418 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0510347  normal  0.192354 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3119  major facilitator transporter  33.25 
 
 
420 aa  144  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.485846  normal  0.0384388 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3470  major facilitator transporter  27.64 
 
 
421 aa  142  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0576  major facilitator superfamily transporter  27.81 
 
 
398 aa  138  2e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5368  major facilitator family transporter  30.56 
 
 
385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0101  major facilitator transporter  34.62 
 
 
426 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3325  major facilitator transporter  31.02 
 
 
389 aa  133  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1179  transmembrane transport protein  26.45 
 
 
407 aa  129  7.000000000000001e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0452  major facilitator transporter  28.49 
 
 
390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3577  major facilitator transporter  27.82 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0448  major facilitator transporter  29.36 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>