More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0268 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.88 
 
 
1342 aa  1605    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.105802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4008  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.88 
 
 
1342 aa  1605    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0589  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.79 
 
 
1252 aa  1212    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.45 
 
 
1370 aa  1712    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0447  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.27 
 
 
1357 aa  1637    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  unclonable  0.00000104807 
 
 
-
 
NC_002950  PG0394  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.22 
 
 
1269 aa  1150    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2421  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.47 
 
 
1167 aa  822    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.142717  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1066  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.91 
 
 
1358 aa  1680    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369234  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'  52.85 
 
 
2837 aa  1230    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3034  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.08 
 
 
1368 aa  1590    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0207324 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4769  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.02 
 
 
1342 aa  1590    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.42 
 
 
1378 aa  1269    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.3 
 
 
1191 aa  835    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  74.49 
 
 
1377 aa  2110    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.55 
 
 
1345 aa  1616    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0619  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.49 
 
 
1357 aa  1643    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.739155  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0387  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.01 
 
 
1368 aa  1652    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0362  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.08 
 
 
1368 aa  1652    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4555  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.27 
 
 
1357 aa  1640    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00695009 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1887  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56 
 
 
1372 aa  1548    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.7 
 
 
1427 aa  1487    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0286177 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.74 
 
 
1155 aa  731    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.01 
 
 
1368 aa  1592    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.544144  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.62 
 
 
1380 aa  1548    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.410065  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0398  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.16 
 
 
1359 aa  1631    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0653652  normal  0.0371296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.76 
 
 
1380 aa  2029    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.1 
 
 
1117 aa  724    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.66 
 
 
1368 aa  1585    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  59.43 
 
 
1359 aa  1649    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5086  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.45 
 
 
1357 aa  1645    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0807983  normal  0.53434 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1699  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  85.62 
 
 
1377 aa  2445    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.65 
 
 
1368 aa  1702    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.46808  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.73 
 
 
1368 aa  1589    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1962  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.86 
 
 
1301 aa  1130    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.768715  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0357  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.61 
 
 
1300 aa  1145    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0619  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.5 
 
 
1370 aa  1706    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000502856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.67 
 
 
1375 aa  1520    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0288  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.45 
 
 
1352 aa  1593    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0353  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.71 
 
 
1381 aa  1255    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.63 
 
 
1100 aa  726    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0759  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.76 
 
 
1357 aa  1614    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  69.04 
 
 
1393 aa  1968    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.83 
 
 
1141 aa  775    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3076  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.8 
 
 
1368 aa  1590    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.8 
 
 
1422 aa  1655    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.27 
 
 
1141 aa  745    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  72.05 
 
 
1390 aa  2053    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  69.55 
 
 
1392 aa  1959    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0678  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  51.97 
 
 
1358 aa  1422    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.299005  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0952  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.59 
 
 
1380 aa  1553    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0568  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  89.41 
 
 
1385 aa  2519    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.941099 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.52 
 
 
1350 aa  1573    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.115444  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0924  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.04 
 
 
1361 aa  1632    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.235944  hitchhiker  0.0000468436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.84 
 
 
1373 aa  2036    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0272  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.23 
 
 
1390 aa  1576    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4442  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.61 
 
 
1370 aa  1585    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0306  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.73 
 
 
1368 aa  1579    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.7 
 
 
1343 aa  1617    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0257445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  72 
 
 
1374 aa  2048    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.19 
 
 
1358 aa  1620    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.431195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.61 
 
 
1380 aa  2033    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.92 
 
 
1372 aa  1539    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0502999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3334  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.44 
 
 
1368 aa  1601    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11598  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0502  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  55.98 
 
 
1340 aa  1560    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.60191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4676  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.5 
 
 
1489 aa  1431    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.765247  hitchhiker  0.00735061 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  88.69 
 
 
1379 aa  2524    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.9 
 
 
1392 aa  2013    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2767  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.58 
 
 
1368 aa  1587    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0969  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.28 
 
 
1166 aa  719    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.25 
 
 
1141 aa  716    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.75 
 
 
1342 aa  1562    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.487208  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  73.19 
 
 
1379 aa  2083    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.48 
 
 
1291 aa  1153    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.54 
 
 
1234 aa  872    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.54 
 
 
1234 aa  872    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.87 
 
 
1342 aa  1577    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2939  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.73 
 
 
1102 aa  717    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.45 
 
 
1325 aa  1601    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.167231  hitchhiker  0.000258915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0187  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.41 
 
 
1345 aa  1613    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.248481  normal  0.0219546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.55 
 
 
1355 aa  1669    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.19 
 
 
1343 aa  1598    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.683785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  62.41 
 
 
1107 aa  752    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1802  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  72.61 
 
 
1357 aa  2039    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.817598  normal  0.172687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0259  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.9 
 
 
1368 aa  1593    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.84046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.43 
 
 
1357 aa  1659    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00338261 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.72 
 
 
1193 aa  844    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2984  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.52 
 
 
1171 aa  724    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.816436  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.58 
 
 
1368 aa  1587    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1549  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.57 
 
 
1370 aa  1630    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0840  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  63.53 
 
 
1360 aa  1781    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00386613 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.48 
 
 
1345 aa  1612    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.409883  hitchhiker  0.000180599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.16 
 
 
1169 aa  742    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1316  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.9 
 
 
1379 aa  1248    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0378497  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0673  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.31 
 
 
1499 aa  1251    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0233  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.9 
 
 
1312 aa  1130    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0747  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  84.02 
 
 
1382 aa  2393    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712795  decreased coverage  0.00979449 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0711  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.57 
 
 
1166 aa  721    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0206  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.3 
 
 
1342 aa  1593    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.255589  hitchhiker  0.000288245 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0987  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.28 
 
 
1172 aa  719    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.65546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.57 
 
 
1346 aa  1570    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>