More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0942 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0942  GntR domain protein  100 
 
 		 282 aa  586  1e-166  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.116574  hitchhiker  0.00459968 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  31.14 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  26.27 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  25.85 
 
 		 240 aa  106  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.88 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  29.26 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 241 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  30.41 
 
 		 245 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  27.71 
 
 		 241 aa  97.4  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  26.36 
 
 		 239 aa  95.5  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 233 aa  95.5  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  27.98 
 
 		 248 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  27.1 
 
 		 256 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  27.1 
 
 		 256 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.7 
 
 		 255 aa  88.6  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  26.64 
 
 		 256 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 249 aa  88.2  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 248 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4351  GntR domain-containing protein  28.18 
 
 		 265 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  24.34 
 
 		 239 aa  87.8  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  28.33 
 
 		 258 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  30.54 
 
 		 215 aa  86.3  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  25.24 
 
 		 254 aa  86.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  25.24 
 
 		 278 aa  86.3  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  25.33 
 
 		 257 aa  86.3  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  25.24 
 
 		 254 aa  86.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  27.9 
 
 		 258 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  27.9 
 
 		 258 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  27.9 
 
 		 258 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  27.9 
 
 		 258 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  27.9 
 
 		 258 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  27.9 
 
 		 258 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  27.9 
 
 		 258 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  27.49 
 
 		 253 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  27.47 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  27.1 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  25.65 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  28.22 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  24.76 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  28.44 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2081  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 366 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  27.06 
 
 		 229 aa  82  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  24 
 
 		 254 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 218 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  24.29 
 
 		 254 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.77 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  26.51 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  24.17 
 
 		 254 aa  81.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  27.15 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.77 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.77 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.77 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 218 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 218 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 218 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  25.24 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  25.24 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  24.78 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  25.24 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  25.24 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  25.24 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  25.24 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  25.24 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  25.24 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  24.78 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  25.24 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  24.78 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  29.46 
 
 		 257 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0943  regulatory protein GntR HTH  28.08 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  25.58 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  24.45 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  25.12 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  26.13 
 
 		 259 aa  79.3  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  28.11 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2929  GntR domain-containing protein  25 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  23.33 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  27.33 
 
 		 222 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.32 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  26.61 
 
 		 253 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  30.32 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  30.32 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.32 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>