More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0533 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0533  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  100 
 
 
286 aa  572  1.0000000000000001e-162  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0084  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  44.81 
 
 
271 aa  247  1e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0376016  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14300  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  52.14 
 
 
331 aa  243  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  4.06573e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0499  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  48.96 
 
 
268 aa  231  9e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156783  hitchhiker  0.0000260777 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0347  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  50.21 
 
 
269 aa  229  3e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1086  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  41.22 
 
 
286 aa  218  7e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0696553 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1379  ferredoxin  45.24 
 
 
265 aa  218  8.999999999999998e-56  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000430002  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0517  ferredoxin  44.91 
 
 
295 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.172045 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0067  Fe-S cluster domain-containing protein  44.88 
 
 
293 aa  215  5e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.730786  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0586  ferredoxin  40.21 
 
 
289 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1955  ferredoxin  41.32 
 
 
293 aa  210  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.356544  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1322  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  48.31 
 
 
267 aa  209  5e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000122015  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1096  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  42.53 
 
 
266 aa  209  5e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0514529  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0264  ferredoxin  43.01 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0303  ferredoxin  44.7 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.606306 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2435  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  44.58 
 
 
267 aa  192  4e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568216  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1243  ferredoxin  40.67 
 
 
303 aa  191  8e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1154  ferredoxin  39.45 
 
 
277 aa  189  5e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.445743 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0216  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  44.3 
 
 
282 aa  188  9e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00676353  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1309  ferredoxin  38.63 
 
 
279 aa  187  2e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.510214  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0694  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  38.95 
 
 
267 aa  187  3e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0989  ferredoxin  38.69 
 
 
279 aa  186  5e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1321  ferredoxin  38.08 
 
 
273 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1528  ferredoxin  38.4 
 
 
279 aa  181  8.000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2474  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  41.08 
 
 
269 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00275418 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2511  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  46.19 
 
 
672 aa  167  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0546  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  39 
 
 
279 aa  167  2e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  4.54841e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1894  ferredoxin  40.32 
 
 
282 aa  165  8e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000000460706  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2694  ferredoxin  40.94 
 
 
287 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00378888 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2825  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  47.09 
 
 
699 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0311  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  37.02 
 
 
303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.287038  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1786  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  34.41 
 
 
192 aa  96.3  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1791  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  32.8 
 
 
194 aa  94.7  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445554  hitchhiker  0.00820964 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2966  electron transport complex protein RnfB  34.03 
 
 
188 aa  94.4  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0244352  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02730  electron transport complex protein RnfB  33.33 
 
 
193 aa  94  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000653403  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2007  electron transport complex protein RnfB  34.36 
 
 
207 aa  90.5  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1895  electron transport complex protein RnfB  34.36 
 
 
207 aa  90.5  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2627  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  30.26 
 
 
186 aa  90.1  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2253  electron transport complex protein RnfB  34.36 
 
 
188 aa  89.7  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0146582  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1871  electron transport complex protein RnfB  30.53 
 
 
194 aa  88.2  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00186515  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3233  electron transport complex protein RnfB  32.46 
 
 
183 aa  88.2  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0737  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  30.93 
 
 
184 aa  86.3  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1035  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  31.91 
 
 
190 aa  85.9  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2173  electron transport complex protein RnfB  33.16 
 
 
193 aa  86.3  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0287954  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1568  electron transport complex protein RnfB  35.2 
 
 
192 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0321479 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01598  electron transport complex protein RnfB  31.58 
 
 
192 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000941545  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2013  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  31.58 
 
 
192 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000144398  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2823  electron transport complex, B subunit  30.69 
 
 
182 aa  84.7  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.915701  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1884  electron transport complex protein RnfB  34.69 
 
 
192 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02965  electron transport complex protein RnfB  30.73 
 
 
197 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2001  electron transport complex protein RnfB  31.58 
 
 
192 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000498524  normal  0.338717 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1571  electron transport complex protein RnfB  31.58 
 
 
192 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.144341  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1836  electron transport complex protein RnfB  31.58 
 
 
192 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.912519  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1628  electron transport complex protein RnfB  34.69 
 
 
192 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0262939  normal  0.320495 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01588  hypothetical protein  31.58 
 
 
192 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00124747  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1831  electron transport complex protein RnfB  32.6 
 
 
189 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101638  normal  0.0584321 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1704  electron transport complex protein RnfB  31.58 
 
 
192 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0578538  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2340  electron transport complex protein RnfB  31.58 
 
 
192 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.297329  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0689  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  29.47 
 
 
181 aa  84  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0763573  normal  0.50038 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1716  electron transport complex protein RnfB  34.18 
 
 
192 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.270473  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1556  electron transport complex protein RnfB  34.18 
 
 
192 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0733084  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2016  electron transport complex protein RnfB  28.14 
 
 
188 aa  83.2  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2198  electron transport complex protein RnfB  32.24 
 
 
189 aa  82.4  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.401389  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2400  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfB  31.76 
 
 
206 aa  81.6  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.942423 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2240  electron transport complex protein RnfB  36.84 
 
 
190 aa  80.9  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000443884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1820  electron transport complex protein RnfB  32.79 
 
 
192 aa  80.9  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173992 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2155  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  30.05 
 
 
196 aa  81.3  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2354  electron transport complex protein RnfB  30.89 
 
 
189 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.720002  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1817  electron transport complex protein RnfB  31.05 
 
 
192 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0338518  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1544  electron transport complex protein RnfB  32.6 
 
 
198 aa  80.5  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00831464 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0537  electron transport complex protein RnfB  32.78 
 
 
195 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.05126  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002948  electron transport complex protein RnfB  30.17 
 
 
198 aa  79.7  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00169587  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18930  electron transport complex protein RnfB  35.71 
 
 
188 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000143693  normal  0.123767 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1849  electron transport complex protein RnfB  29.8 
 
 
199 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000101519  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2324  electron transport complex protein RnfB  33.9 
 
 
192 aa  79.3  0.00000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2509  electron transport complex protein RnfB  28.35 
 
 
193 aa  79  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0284  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  31.58 
 
 
181 aa  79  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.419432  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2274  electron transport complex protein RnfB  28.65 
 
 
204 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000478609  normal  0.512145 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2111  electron transport complex protein RnfB  28.65 
 
 
204 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0389991  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2064  electron transport complex protein RnfB  28.65 
 
 
204 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000222941  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2024  electron transport complex protein RnfB  33.9 
 
 
192 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0699  Fe-S cluster domain-containing protein  46.05 
 
 
97 aa  78.6  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173093  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0675  Fe-S cluster domain-containing protein  44.74 
 
 
100 aa  77.4  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0156185  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1864  electron transport complex protein RnfB  32.37 
 
 
205 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.164914  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2065  electron transport complex protein RnfB  28.35 
 
 
193 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637231  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1910  electron transport complex protein RnfB  28.35 
 
 
193 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000153045  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2557  electron transport complex protein RnfB  30.21 
 
 
189 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.229137  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2169  electron transport complex protein RnfB  28.35 
 
 
193 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000157134  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2260  electron transport complex protein RnfB  28.65 
 
 
199 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000168907  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4546  electron transport complex protein RnfB  28.65 
 
 
199 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1174  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  32.94 
 
 
209 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2894  electron transport complex protein RnfB  29.17 
 
 
178 aa  76.6  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1403  electron transport complex protein RnfB  34.71 
 
 
191 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.466807  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0937  electron transport complex protein RnfB  29.34 
 
 
192 aa  75.9  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.556541  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1639  electron transport complex protein RnfB  34.07 
 
 
188 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1162  electron transport complex protein RnfB  28.96 
 
 
180 aa  75.1  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19260  electron transport complex protein RnfB  34.03 
 
 
187 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.772376  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2067  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  32.18 
 
 
189 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0305749  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1493  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  29.57 
 
 
177 aa  73.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2043  electron transport complex protein RnfB  30.73 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0243874  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>