248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0059 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0059  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 599 aa  1234    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0694  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  31.58 
 
 		 371 aa  187  4e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00315873  normal  0.107419 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0479  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  32.52 
 
 		 303 aa  180  8e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.350595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1237  methyl-accepting chemotaxis protein  35.71 
 
 		 267 aa  171  3e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0609367 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0520  methyl-accepting chemotaxis protein  31.33 
 
 		 289 aa  134  5e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1294  Signal transduction histidine kinase-like  30.59 
 
 		 526 aa  134  5e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.212587  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2473  cache type 2 domain-containing protein  27.78 
 
 		 551 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2754  hypothetical protein  27.51 
 
 		 310 aa  105  3e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.52 
 
 		 399 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  21.77 
 
 		 377 aa  83.2  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 		 382 aa  76.6  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  22.47 
 
 		 383 aa  76.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 		 379 aa  72.8  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1547  hypothetical protein  25.21 
 
 		 382 aa  70.9  0.00000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.197363  normal  0.11395 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 379 aa  69.3  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0704  hypothetical protein  26.18 
 
 		 553 aa  68.2  0.0000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.44 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 		 379 aa  66.2  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0714  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 		 395 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 		 381 aa  65.1  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 		 380 aa  65.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.07 
 
 		 378 aa  64.7  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0178  extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 		 383 aa  63.2  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1002  hypothetical protein  22.27 
 
 		 298 aa  63.5  0.00000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.204123  normal  0.271191 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0690  hypothetical protein  25.87 
 
 		 598 aa  63.5  0.00000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.321962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.43 
 
 		 395 aa  62  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  21.76 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 386 aa  61.2  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.33 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 		 380 aa  60.8  0.00000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  23.97 
 
 		 378 aa  60.8  0.00000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.51 
 
 		 955 aa  60.8  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 		 369 aa  60.1  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3150  extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 		 382 aa  59.7  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.368888 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3774  Extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 381 aa  60.1  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247062  normal  0.0123225 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 		 382 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 		 376 aa  59.7  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1620  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 		 443 aa  59.7  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 		 377 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1149  Extracellular ligand-binding receptor  21.31 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 		 461 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 		 461 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  23.97 
 
 		 393 aa  58.9  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.43 
 
 		 396 aa  58.2  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 379 aa  57.4  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6859  extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 		 382 aa  56.6  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278676  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.54 
 
 		 382 aa  56.2  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.72 
 
 		 515 aa  56.2  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  24.54 
 
 		 382 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.54 
 
 		 382 aa  56.2  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0701  hypothetical protein  23.38 
 
 		 565 aa  55.8  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.385527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 		 384 aa  56.2  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3377  extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 		 380 aa  55.8  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0317113 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.54 
 
 		 382 aa  56.2  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.54 
 
 		 382 aa  56.2  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.78 
 
 		 467 aa  55.5  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 		 383 aa  55.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  23.23 
 
 		 383 aa  55.1  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 		 383 aa  54.7  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.9 
 
 		 380 aa  54.7  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 		 382 aa  54.7  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.95 
 
 		 405 aa  54.3  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 		 382 aa  54.3  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  24.33 
 
 		 373 aa  54.3  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  23.79 
 
 		 402 aa  54.3  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  22.05 
 
 		 383 aa  54.3  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  24.23 
 
 		 382 aa  53.5  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 382 aa  53.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 		 404 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 		 383 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 		 383 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2401  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.59 
 
 		 991 aa  53.5  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  21.09 
 
 		 544 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 		 392 aa  52.4  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  24.54 
 
 		 662 aa  52.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  22.71 
 
 		 426 aa  52.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 		 411 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 		 378 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 		 401 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4482  extracellular ligand-binding receptor  22.6 
 
 		 371 aa  52.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  23.29 
 
 		 391 aa  52.4  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 		 374 aa  52.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0834  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 373 aa  52.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 405 aa  52.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  22.83 
 
 		 450 aa  52.4  0.00002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 		 400 aa  52  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 		 388 aa  52  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2678  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.87 
 
 		 383 aa  52  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 383 aa  52  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  23.18 
 
 		 527 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.93 
 
 		 955 aa  52  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>