More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0053 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0053  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
422 aa  877    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1376  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.85 
 
 
776 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.781561  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1354  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.7 
 
 
1276 aa  161  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.530457  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0331  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.95 
 
 
955 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.383184 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1153  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.77 
 
 
1143 aa  155  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648529  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0257  histidine kinase  35.23 
 
 
847 aa  151  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.952647  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0420  PAS  50.65 
 
 
787 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0516903 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0005  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.11 
 
 
1399 aa  102  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.7049  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 
980 aa  87.8  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0981  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.24 
 
 
1791 aa  83.2  0.000000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0545  multi-sensor signal transduction histidine kinase  19.88 
 
 
896 aa  82  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.91043  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
2072 aa  81.6  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0576  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.72 
 
 
1236 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1972  signal transduction histidine kinase  28.24 
 
 
815 aa  79.7  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000691031  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  26 
 
 
1234 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.881781  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1896  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.79 
 
 
865 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0577  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.44 
 
 
1236 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3453  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.44 
 
 
1236 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3129  sensory box histidine kinase/response regulator  25.21 
 
 
1236 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 
2693 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  26.44 
 
 
1188 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  25.9 
 
 
1200 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0459  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.63 
 
 
1230 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.328016  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.6 
 
 
1245 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1026  putative PAS/PAC sensor protein  26.43 
 
 
559 aa  75.1  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.29 
 
 
1238 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0538  ATP-binding region, ATPase-like protein  24.51 
 
 
1233 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 
1959 aa  75.5  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.29 
 
 
1238 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3731  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.29 
 
 
1238 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0616  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.88 
 
 
908 aa  73.9  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0119428 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0537  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.29 
 
 
1238 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0170  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.85 
 
 
603 aa  73.9  0.000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.651305 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.62 
 
 
962 aa  73.6  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  22.98 
 
 
1390 aa  73.2  0.000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1337  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
822 aa  72.8  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2687  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
554 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.49 
 
 
1036 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.94 
 
 
1036 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2587  PAS  24.21 
 
 
671 aa  71.2  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.187407  normal  0.694957 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.39 
 
 
780 aa  71.2  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0266  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.33 
 
 
736 aa  70.9  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0551  PAS  26.15 
 
 
1026 aa  70.5  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.425664 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.79 
 
 
688 aa  70.1  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.113851 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3502  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.17 
 
 
1236 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3702  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.8 
 
 
1234 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2638  signal transduction histidine kinase  25 
 
 
1246 aa  67.8  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406251  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0295  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 
655 aa  67  0.0000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 
608 aa  67  0.0000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  27.11 
 
 
1561 aa  66.6  0.0000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.35 
 
 
957 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.28 
 
 
1040 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.07 
 
 
1509 aa  66.2  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2680  sensory transduction histidine kinase  22.44 
 
 
886 aa  66.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284871  normal  0.0837353 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  32.48 
 
 
318 aa  64.7  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  26.45 
 
 
3706 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.7 
 
 
746 aa  64.3  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  24.62 
 
 
653 aa  63.9  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.91 
 
 
986 aa  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.35 
 
 
1245 aa  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.17 
 
 
710 aa  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2215  putative PAS/PAC sensor protein  28.47 
 
 
637 aa  63.9  0.000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.245996 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2026  putative PAS/PAC sensor protein  22.38 
 
 
511 aa  63.5  0.000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0685118  normal  0.11395 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0820  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.64 
 
 
1001 aa  63.2  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  23.77 
 
 
1741 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 
1721 aa  62.8  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  29.85 
 
 
691 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.99 
 
 
530 aa  62.4  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  32.37 
 
 
919 aa  61.6  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1739  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.68 
 
 
841 aa  62  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.165697  normal  0.509542 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.78 
 
 
1078 aa  61.6  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3219  putative PAS/PAC sensor protein  24.76 
 
 
793 aa  61.6  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.31 
 
 
921 aa  61.6  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.627886  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  22.99 
 
 
737 aa  60.8  0.00000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3608  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.41 
 
 
430 aa  61.2  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0912  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.72 
 
 
903 aa  60.5  0.00000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.644945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6270  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 
952 aa  60.5  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.988146  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2112  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.01 
 
 
836 aa  60.5  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2430  putative PAS/PAC sensor protein  23.92 
 
 
821 aa  60.5  0.00000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2750  putative PAS/PAC sensor protein  23.08 
 
 
883 aa  60.5  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  24.11 
 
 
637 aa  60.1  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.63 
 
 
1144 aa  60.1  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.35 
 
 
1094 aa  60.1  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1426  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.07 
 
 
1079 aa  59.7  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.688315  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.79 
 
 
983 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.75 
 
 
483 aa  59.7  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.103234  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  24.5 
 
 
1289 aa  59.3  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2296  GGDEF domain-containing protein  24.62 
 
 
529 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.26 
 
 
637 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.26 
 
 
638 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4990  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.15 
 
 
955 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  30.65 
 
 
882 aa  59.3  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.24 
 
 
1758 aa  59.3  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  28.36 
 
 
1177 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1244  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.45 
 
 
813 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.56 
 
 
931 aa  58.5  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.339388  normal  0.130033 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0018  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  26.42 
 
 
562 aa  58.5  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000232366  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1722  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.44 
 
 
1007 aa  58.9  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.608863  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.83 
 
 
1363 aa  58.5  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.35 
 
 
761 aa  58.9  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>