286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0096 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_R0096  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000621353  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0055  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000930206  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0003  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0039  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.936837  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0002  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00924229  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0059  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 71 bp  79.8  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.000543343  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0048  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt18  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0024  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0040  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0015  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0021  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000020571  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0021  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000904393  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0083  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00487262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0025  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.157688  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0058  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0015  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000158444  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0011  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0007  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0024  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474961  hitchhiker  0.000422709 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0044  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0057  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38700  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0048  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0037  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000929008  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0062  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000167826  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0040  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0861757  normal  0.0439849 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0014  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000685902  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0052  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418671  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>