More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0014 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 2958 bp  1152    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 2958 bp  1152    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2902 bp  743    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2902 bp  743    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2902 bp  743    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2902 bp  743    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2902 bp  743    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2902 bp  743    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2902 bp  743    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  82.25 
 
 		 2904 bp  664    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  82.25 
 
 		 2904 bp  664    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2903 bp  751    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2903 bp  751    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2903 bp  751    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2903 bp  751    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2903 bp  751    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr02  23S ribosomal RNA  83.14 
 
 		 2783 bp  735    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr05  23S ribosomal RNA  83.14 
 
 		 2783 bp  735    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr08  23S ribosomal RNA  83.14 
 
 		 2861 bp  735    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr02  23S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 2861 bp  718    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr05  23S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 2861 bp  718    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr08  23S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 2861 bp  718    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2903 bp  751    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2903 bp  751    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2903 bp  751    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2903 bp  751    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0090  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2905 bp  743    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253032  normal  0.011986 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0061  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2905 bp  743    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.6785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0034  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0185902  normal  0.779446 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0045  23S ribosomal RNA  85.93 
 
 		 2984 bp  1281    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  83.59 
 
 		 2913 bp  799    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  83.59 
 
 		 2913 bp  799    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2892 bp  751    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2892 bp  751    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2892 bp  751    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2892 bp  751    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2892 bp  751    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 2892 bp  751    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  87.59 
 
 		 2956 bp  1170    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  87.59 
 
 		 2956 bp  1170    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0011  23S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 2903 bp  735    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0138586 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  87.81 
 
 		 2983 bp  1162    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  87.55 
 
 		 2983 bp  1138    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0004  23S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 2817 bp  1076    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0023  23S ribosomal RNA  88.23 
 
 		 2816 bp  1074    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0053  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 2814 bp  1072    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.652954  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0076  23S ribosomal RNA  88.38 
 
 		 2798 bp  1065    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0019  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.78193  normal  0.342562 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0012  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0971476  normal  0.0146095 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0017  23S ribosomal RNA  84.44 
 
 		 2863 bp  644    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 2758 bp  642    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 2758 bp  642    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 2758 bp  642    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 2758 bp  642    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0014  23S ribosomal RNA  85.56 
 
 		 2985 bp  833    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0035  23S ribosomal RNA  85.56 
 
 		 2985 bp  833    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0041  23S ribosomal RNA  85.26 
 
 		 2898 bp  710    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108172  normal  0.301181 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0014  23S ribosomal RNA  85.26 
 
 		 2898 bp  710    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.584039  normal  0.0335189 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0024  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2940 bp  997    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0018  23S ribosomal RNA  85.93 
 
 		 2984 bp  1281    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.390452  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0079  23S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 2905 bp  735    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.175282  normal  0.43862 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0071  23S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 2905 bp  735    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0037  23S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 2903 bp  735    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.235964 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0016  23S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 2811 bp  1348    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629398  normal  0.58938 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0030  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2904 bp  787    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000445054  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0031  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2940 bp  997    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0075  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2940 bp  997    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.60998 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 2774 bp  841    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 2774 bp  841    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  82.59 
 
 		 2897 bp  696    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  82.59 
 
 		 2897 bp  696    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  82.59 
 
 		 2897 bp  696    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  82.68 
 
 		 2898 bp  704    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  82.59 
 
 		 2897 bp  696    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0076  23S ribosomal RNA  85.26 
 
 		 2898 bp  710    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063358 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0071  23S ribosomal RNA  84.44 
 
 		 2863 bp  644    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0066  23S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 2863 bp  642    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000277763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0061  23S ribosomal RNA  84.44 
 
 		 2863 bp  644    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.453417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0024  23S ribosomal RNA  86.78 
 
 		 2556 bp  1130    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0314547  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0002  23S ribosomal RNA  85.78 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411736  normal  0.431091 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0051  23S ribosomal RNA  86.78 
 
 		 2556 bp  1130    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0486976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0061  23S ribosomal RNA  86.78 
 
 		 2556 bp  1130    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0032  23S ribosomal RNA  83.46 
 
 		 3108 bp  642    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.042272  normal  0.364879 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0006  23S ribosomal RNA  83.46 
 
 		 3108 bp  642    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.244636  normal  0.640558 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0042  23S ribosomal RNA  83.46 
 
 		 3108 bp  642    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.448799  decreased coverage  0.00833876 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0008  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2940 bp  997    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.608951  hitchhiker  0.00128582 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0035  23S ribosomal RNA  86.78 
 
 		 2556 bp  1130    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.381491  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 2774 bp  841    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0048  23S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 2811 bp  1348    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0082  23S ribosomal RNA  87.23 
 
 		 2940 bp  997    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0008  23S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 2904 bp  795    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0096662  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 2898 bp  793    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 2898 bp  793    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0094  23S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 2898 bp  718    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0473216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0009  23S ribosomal RNA  85.26 
 
 		 2898 bp  710    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159476  hitchhiker  0.00025266 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2891 bp  712    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0056  23S ribosomal RNA  84.44 
 
 		 2863 bp  644    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000018427 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2891 bp  720    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2891 bp  712    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>