160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0004 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0004  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0055  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0297718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0058  tRNA-Asn  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0010  tRNA-Asn  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.026586  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0068  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0128725  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0922112  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0009  tRNA-Asn  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000858246  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0009  tRNA-Asn  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990057 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000529068  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0062  tRNA-Asn  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.6212e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0071  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0070  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00351824  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0016  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.032389  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0034  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.379435  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0034  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0027  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167118  normal  0.501278 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0054  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00592499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0056  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0048  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00987914  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0567  tRNA-Asn  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0011  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000022551  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000646692  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0023  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.909867  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0025  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00179903  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0629  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0001  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.432405  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0002  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.823848  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1546  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0043  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.362716  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0067  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t055  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t056  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t057  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t059  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t061  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t062  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0049  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000179433  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0051  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000803834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0052  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000072516  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0053  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000893236  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0054  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651071  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0107  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000698154  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0108  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000827722  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0109  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000069936  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0110  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000341458  normal  0.142626 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0107  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00061714  normal  0.366999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0108  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000148558  normal  0.368852 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0111  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000310231  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0112  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000279278  normal  0.38206 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0113  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000217944  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51660  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  9.69309e-16  hitchhiker  0.000488803 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60150  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000526914  hitchhiker  0.0000000110611 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0104  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000434862  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0106  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000745947  normal  0.0185833 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0107  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000134786  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0108  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0109  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000013008  normal  0.0178475 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0110  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000621633  normal  0.0176654 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0079  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000144555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0080  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000136157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0081  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000158671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0082  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000158671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0083  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000154707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0084  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000130552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0085  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000201429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0086  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000000910147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0031  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000370273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0032  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000864577  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0051  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000189133  normal  0.357314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0018  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0054  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000247004  normal  0.542082 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0055  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000238115  normal  0.540083 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0056  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234634  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0030  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000178627  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0033  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000129521  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0034  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000147574  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0035  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000175048  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4531  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5178  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847952  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0042  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000170718  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0043  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216676  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0044  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000104273  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0045  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000121203  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0046  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000070452  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0047  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000310964  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0129  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0130  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000587848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>