More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_769 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0866  hydrogenase subunit, putative  96.96 
 
 
461 aa  925    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_769  hydrogenase subunit  100 
 
 
461 aa  950    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0784  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  93.28 
 
 
461 aa  904    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.17 
 
 
1410 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0247  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  45.23 
 
 
600 aa  182  8.000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139263  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0473  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  45.18 
 
 
996 aa  182  9.000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0123  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  46.67 
 
 
643 aa  182  1e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0636906  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_131  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase protein  44.83 
 
 
677 aa  181  2e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000174101  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.69 
 
 
1426 aa  179  8e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.73 
 
 
1425 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.07 
 
 
1440 aa  178  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.9 
 
 
1428 aa  177  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.72 
 
 
1421 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.35 
 
 
1440 aa  176  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.22 
 
 
1425 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.72 
 
 
1425 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.15 
 
 
1406 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1327  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.59 
 
 
1481 aa  173  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.9 
 
 
1424 aa  173  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.1 
 
 
1432 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.13 
 
 
1432 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.13 
 
 
1432 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3004  ferredoxin  42.67 
 
 
493 aa  170  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  39.11 
 
 
1385 aa  168  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0824  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  44.56 
 
 
1126 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  43.98 
 
 
1412 aa  166  9e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1737  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  41.88 
 
 
654 aa  162  1e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0256396 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  43.46 
 
 
1387 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  44.68 
 
 
1150 aa  160  6e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0580  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  35.27 
 
 
653 aa  159  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000307705  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0658  glutamate synthase beta chain-related oxidoreductase, containing 2Fe-2S and 4Fe-4S clusters  37.66 
 
 
688 aa  159  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1350  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  43.24 
 
 
1480 aa  159  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.933284 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2825  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  43.62 
 
 
699 aa  158  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2358  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  43.23 
 
 
544 aa  158  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.660626  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1194  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  40.28 
 
 
1487 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1249  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  43.16 
 
 
1073 aa  157  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0309731 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2314  respiratory-chain NADH dehydrogenase, 51 kDa subunit  40 
 
 
707 aa  157  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0653639  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0455  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  42.11 
 
 
653 aa  157  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.374087  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0344  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  36.4 
 
 
658 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0413  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  35.63 
 
 
659 aa  154  4e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.933547  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0510  Fe(III) reductase, beta subunit  41.33 
 
 
672 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3023  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  42.35 
 
 
672 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2184  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  41.62 
 
 
541 aa  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.544077  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1661  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  33.46 
 
 
648 aa  150  5e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.950377  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1181  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.88 
 
 
555 aa  149  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.590347 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0418  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  42.93 
 
 
653 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1932  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.48 
 
 
895 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0418716  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2073  glutamate synthase, beta subunit, putative  42.05 
 
 
439 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.7262  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2152  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  40.1 
 
 
571 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000764519 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0350  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.18 
 
 
598 aa  147  5e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1564  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.76 
 
 
891 aa  146  6e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6307  putative 2-ketoglutarate  37.24 
 
 
599 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.747625  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2274  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  41.94 
 
 
542 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0531449  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0407  putative oxidoreductase  38.68 
 
 
503 aa  144  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0863164  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2319  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  40.28 
 
 
578 aa  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.00000648814  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2986  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  39.06 
 
 
552 aa  143  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.144587 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0227  putative oxidoreductase  43.01 
 
 
469 aa  143  6e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.967797 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1824  glutamate synthase (NADPH)  37.67 
 
 
677 aa  143  6e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.344079  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0999  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.4 
 
 
771 aa  143  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1550  hypothetical protein  32.16 
 
 
788 aa  143  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1517  putative oxidoreductase  38.46 
 
 
463 aa  142  9e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1594  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.09 
 
 
609 aa  142  9.999999999999999e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1954  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.1 
 
 
579 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.151886  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2118  FAD dependent oxidoreductase  34.91 
 
 
615 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0770  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  38.62 
 
 
546 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2800  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  40 
 
 
608 aa  141  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.563471  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0659  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  43.3 
 
 
670 aa  141  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0672  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  43.3 
 
 
670 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0858799999999997e-27 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2167  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  37.68 
 
 
914 aa  140  4.999999999999999e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1552  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.44 
 
 
646 aa  140  7e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1457  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.44 
 
 
646 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2406  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.68 
 
 
648 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0287125  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0644  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  38.42 
 
 
474 aa  139  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000739676  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1067  putative glutamate synthase (NADPH)  38.5 
 
 
597 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2150  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  42.02 
 
 
480 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.60175  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4108  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  39.68 
 
 
543 aa  139  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112813  normal  0.10156 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2477  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  40.47 
 
 
653 aa  138  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3501  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  42.25 
 
 
463 aa  138  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.860483  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4866  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.95 
 
 
559 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0240  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.38 
 
 
652 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.931627 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4955  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.95 
 
 
559 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1328  putative oxidoreductase  35 
 
 
455 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.100001  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2796  sulfide dehydrogenase (flavoprotein) subunit SudA  36.44 
 
 
477 aa  137  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.144083  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3439  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  31.09 
 
 
796 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2853  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.45 
 
 
614 aa  137  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1383  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.12 
 
 
673 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0447  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  40.74 
 
 
656 aa  137  5e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.595012  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1693  putative oxidoreductase  37.2 
 
 
483 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195871  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1959  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  37.37 
 
 
647 aa  136  7.000000000000001e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5234  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.95 
 
 
558 aa  136  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.542472  normal  0.83486 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0493  putative oxidoreductase  39.61 
 
 
477 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0661627  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1071  putative oxidoreductase  36.36 
 
 
468 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.188657  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2596  putative oxidoreductase  39.47 
 
 
469 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.712045  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0539  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  41.71 
 
 
483 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000497626  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2205  putative oxidoreductase  36.84 
 
 
598 aa  135  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.204646  normal  0.261416 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0130  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  33.33 
 
 
578 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1855  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.32 
 
 
579 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0230589  normal  0.0943361 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5479  Glutamate synthase (NADPH)  39.06 
 
 
599 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2511  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  39.25 
 
 
672 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0038  putative oxidoreductase  37.55 
 
 
465 aa  134  5e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.237423  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>