140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1058 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1058  ribosomal protein L32  100 
 
 
72 aa  149  1e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000694342  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1086  50S ribosomal protein L32  97.22 
 
 
72 aa  147  6e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1275  50S ribosomal protein L32  91.67 
 
 
72 aa  140  7e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00245853  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1599  50S ribosomal protein L32  58.33 
 
 
60 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.919739  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1873  50S ribosomal protein L32  55 
 
 
60 aa  73.9  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00104363  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1597  50S ribosomal protein L32  56.67 
 
 
60 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000469826  normal  0.427035 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1434  50S ribosomal protein L32  51.72 
 
 
58 aa  70.9  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740742  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1152  50S ribosomal protein L32  51.67 
 
 
60 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1740  50S ribosomal protein L32  52.63 
 
 
61 aa  68.6  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000325807  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3110  50S ribosomal protein L32  51.67 
 
 
60 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0115825  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1369  50S ribosomal protein L32  48.28 
 
 
60 aa  67.8  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00758434  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1941  50S ribosomal protein L32  55.56 
 
 
61 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000297405  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4144  50S ribosomal protein L32  53.45 
 
 
62 aa  66.2  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.148217 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10230  ribosomal protein L32  51.79 
 
 
57 aa  66.2  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000453136  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1175  50S ribosomal protein L32  52.63 
 
 
57 aa  65.5  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000516362 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1285  50S ribosomal protein L32  50.88 
 
 
57 aa  63.9  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.761755  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1646  ribosomal protein L32  50.88 
 
 
63 aa  64.3  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1006  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  64.3  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0718  50S ribosomal protein L32  46.43 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000204019  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3969  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00129021  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3774  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000267221  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3665  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.37288e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3692  ribosomal protein L32  47.46 
 
 
64 aa  63.5  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3682  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000568057  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4062  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000151561  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1878  50S ribosomal protein L32  46.43 
 
 
58 aa  63.5  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2573  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000210481  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3750  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162679  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3976  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000135237  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4024  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000551113  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1217  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020176  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3938  50S ribosomal protein L32  48.21 
 
 
57 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1187  50S ribosomal protein L32  48.15 
 
 
57 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000373536  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1209  50S ribosomal protein L32  48.15 
 
 
57 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000286453  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2134  50S ribosomal protein L32  45.76 
 
 
60 aa  62.8  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000309957  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1340  ribosomal protein L32  44.83 
 
 
58 aa  61.2  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.5028  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0656  ribosomal protein L32  47.46 
 
 
59 aa  61.6  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179278  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1259  50S ribosomal protein L32  46.55 
 
 
58 aa  60.8  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000000760142  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3554  50S ribosomal protein L32  47.46 
 
 
59 aa  60.5  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.873264  normal  0.953551 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1355  LSU ribosomal protein L32P  45.61 
 
 
57 aa  59.7  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130715  normal  0.0921955 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2988  ribosomal protein L32  43.1 
 
 
61 aa  60.1  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000138033  normal  0.0167419 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0743  ribosomal protein L32  40.35 
 
 
63 aa  57.4  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1729  ribosomal protein L32  45.76 
 
 
60 aa  57.4  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000316991  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2368  50S ribosomal protein L32  52.73 
 
 
59 aa  57.4  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3824  50S ribosomal protein L32  49.12 
 
 
59 aa  57  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000535994  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2274  ribosomal protein L32  50 
 
 
64 aa  57  0.00000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0013  50S ribosomal protein L32  49.06 
 
 
60 aa  57  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1420  50S ribosomal protein L32  44.07 
 
 
59 aa  56.6  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.640468  normal  0.982205 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11280  LSU ribosomal protein L32P  50 
 
 
64 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0246077 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0650  50S ribosomal protein L32  44.64 
 
 
58 aa  55.8  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2805  ribosomal protein L32  46.15 
 
 
65 aa  55.5  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2559  ribosomal protein L32  41.82 
 
 
60 aa  55.8  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0211  ribosomal protein L32  42.86 
 
 
58 aa  55.1  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0825  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 
58 aa  54.7  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000369841  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3434  ribosomal protein L32  45.45 
 
 
58 aa  54.7  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.976937  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1103  ribosomal protein L32  44.07 
 
 
63 aa  54.7  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000214959  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3291  50S ribosomal protein L32  50.91 
 
 
67 aa  54.3  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.366938 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2781  50S ribosomal protein L32  48.15 
 
 
59 aa  54.3  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.147785  normal  0.143209 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1412  ribosomal protein L32  44.44 
 
 
62 aa  53.9  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1665  50S ribosomal protein L32  42.62 
 
 
61 aa  53.5  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0871064  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1026  50S ribosomal protein L32P  46.15 
 
 
66 aa  53.1  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000147931  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0271  50S ribosomal protein L32  49.09 
 
 
67 aa  52.8  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.750719  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1040  50S ribosomal protein L32  44.44 
 
 
64 aa  52.8  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0940  ribosomal protein L32  38.98 
 
 
63 aa  52.8  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000379015  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1786  50S ribosomal protein L32  41.67 
 
 
67 aa  51.6  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.213514  normal  0.442946 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1718  50S ribosomal protein L32  43.64 
 
 
68 aa  52  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220434  normal  0.0708692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2741  50S ribosomal protein L32  40.35 
 
 
59 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105586  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1608  50S ribosomal protein L32  41.07 
 
 
66 aa  51.2  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.233748  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2752  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 
59 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1376  50S ribosomal protein L32  45 
 
 
61 aa  51.2  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.179787  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0770  50S ribosomal protein L32  41.07 
 
 
56 aa  51.2  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000008111  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2121  50S ribosomal protein L32  50.88 
 
 
57 aa  50.8  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.151407 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2844  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 
59 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2936  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 
59 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4030  ribosomal protein L32  42.37 
 
 
59 aa  50.8  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1229  50S ribosomal protein L32  35.71 
 
 
59 aa  50.8  0.000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000037109  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2613  ribosomal protein L32  38.18 
 
 
74 aa  50.8  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.737881 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0179  50S ribosomal protein L32  42.62 
 
 
63 aa  50.8  0.000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.208303  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf408  ribosomal protein L32  41.07 
 
 
65 aa  50.4  0.000007  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1364  ribosomal protein L32  42.37 
 
 
59 aa  50.4  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000136875  normal  0.339824 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1667  50S ribosomal protein L32  39.29 
 
 
64 aa  49.7  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.294477  normal  0.0177766 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2614  50S ribosomal protein L32  37.88 
 
 
68 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.417222  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1975  50S ribosomal protein L32  37.29 
 
 
60 aa  50.1  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.536749  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1693  50S ribosomal protein L32  37.29 
 
 
60 aa  50.1  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1848  50S ribosomal protein L32  43.1 
 
 
59 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1272  50S ribosomal protein L32  37.88 
 
 
68 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.165805 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1910  50S ribosomal protein L32  37.88 
 
 
68 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1804  ribosomal protein L32  33.33 
 
 
65 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7996  ribosomal protein L32  45.76 
 
 
59 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  0.449633 
 
 
-
 
NC_002950  PG2140  50S ribosomal protein L32  37.93 
 
 
61 aa  49.7  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1625a  50S ribosomal protein L32  39.29 
 
 
61 aa  49.3  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.100343  normal  0.018062 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0952  ribosomal protein L32  41.38 
 
 
60 aa  48.9  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000023662  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1890  ribosomal protein L32  37.7 
 
 
67 aa  49.7  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0201  50S ribosomal protein L32  44.83 
 
 
63 aa  49.3  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0591945  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1611  50S ribosomal protein L32  43.64 
 
 
60 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0069978  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0637  50S ribosomal protein L32  36.21 
 
 
59 aa  48.5  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000000215733  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0135  50S ribosomal protein L32  40.98 
 
 
63 aa  48.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000114527  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1575  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 
59 aa  48.1  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0654579 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0171  50S ribosomal protein L32  40.98 
 
 
63 aa  47.4  0.00006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0184  50S ribosomal protein L32  42.11 
 
 
63 aa  47.4  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00725165  normal  0.800579 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>