More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3654 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3654  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
427 aa  885    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.63 
 
 
397 aa  227  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.9 
 
 
405 aa  225  2e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1331  Formyl-CoA transferase  34.23 
 
 
452 aa  222  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277298 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0307  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.18 
 
 
406 aa  220  3e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.89 
 
 
397 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1018  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.3 
 
 
404 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4607  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
406 aa  219  5e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0909  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.89 
 
 
479 aa  217  2e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.756109  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.27 
 
 
397 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.41 
 
 
433 aa  216  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.37 
 
 
406 aa  216  5.9999999999999996e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1026  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
410 aa  216  8e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.23 
 
 
426 aa  215  9.999999999999999e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.949796 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
399 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.3 
 
 
399 aa  212  9e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1330  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.23 
 
 
405 aa  212  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256533 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 
397 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  33.17 
 
 
399 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  33.25 
 
 
412 aa  210  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.49 
 
 
396 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  31.9 
 
 
411 aa  208  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  33.17 
 
 
402 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.49 
 
 
396 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.49 
 
 
396 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
408 aa  207  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.84 
 
 
399 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
396 aa  206  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  33.25 
 
 
409 aa  206  7e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  34.95 
 
 
401 aa  205  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.61 
 
 
396 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  33.25 
 
 
399 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.52 
 
 
397 aa  204  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 
396 aa  204  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.44 
 
 
401 aa  203  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 
398 aa  203  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  32.53 
 
 
404 aa  203  4e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.44 
 
 
401 aa  203  4e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  34.31 
 
 
399 aa  203  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 
396 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0990  putative carnitine dehydratase  31.57 
 
 
396 aa  202  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  32.29 
 
 
404 aa  202  7e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.93 
 
 
397 aa  202  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.02 
 
 
406 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
396 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.73 
 
 
399 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3446  Formyl-CoA transferase  31.52 
 
 
415 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  32.69 
 
 
402 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.46 
 
 
411 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  33.5 
 
 
405 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.74 
 
 
401 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
401 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.24 
 
 
399 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  33.01 
 
 
400 aa  196  5.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0571  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  33.33 
 
 
403 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0105509  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.41 
 
 
396 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.24 
 
 
399 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 
399 aa  196  6e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
401 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  32.76 
 
 
397 aa  196  9e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  31.6 
 
 
400 aa  196  9e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.74 
 
 
401 aa  196  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
401 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
401 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  32.69 
 
 
396 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.01 
 
 
413 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  32.77 
 
 
413 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
401 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3975  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.39 
 
 
408 aa  194  3e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.36423  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
421 aa  194  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  32.06 
 
 
400 aa  193  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1033  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.52 
 
 
399 aa  192  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.914753 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  32.39 
 
 
418 aa  192  9e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  31.72 
 
 
402 aa  192  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2883  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.53 
 
 
413 aa  191  2e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2318  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.9 
 
 
420 aa  189  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.52 
 
 
398 aa  189  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  33.58 
 
 
401 aa  189  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  31.78 
 
 
402 aa  189  9e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.3 
 
 
418 aa  189  9e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  33.58 
 
 
401 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  33.58 
 
 
401 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4597  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
404 aa  189  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  33.58 
 
 
401 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  33.58 
 
 
401 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  33.58 
 
 
401 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1923  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.44 
 
 
413 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  33.58 
 
 
401 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6913  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.81 
 
 
396 aa  188  2e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.269365  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  31.07 
 
 
398 aa  188  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2775  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.71 
 
 
413 aa  188  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  31.78 
 
 
402 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.99 
 
 
400 aa  187  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.83 
 
 
405 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  30.83 
 
 
406 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.54 
 
 
398 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2886  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.6 
 
 
414 aa  184  3e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2674  crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase  32.3 
 
 
408 aa  184  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  31.95 
 
 
405 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  30.49 
 
 
410 aa  180  4.999999999999999e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>