299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0054 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0054  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  98.04 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  96.08 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0021  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0078  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.914588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0025  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0024  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0072  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0073  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0017  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0048  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.547841 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0024  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0077  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.941886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0026  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0064  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.169248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0076  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737133  normal  0.92014 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0079  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.966299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0037  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583149  normal  0.146154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0038  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360445  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0585247 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0059  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.418703 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0013  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0050  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0037  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.17135  normal  0.776036 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0027  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0044  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000717769  normal  0.735401 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0027  tRNA-Leu  95.35 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.661326  normal  0.191981 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0042  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.574656  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0019  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t25  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0041  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238248  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0036  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0017  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60590  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0051  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000888669  normal  0.130057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0053  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000187871  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60600  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65210  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65220  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0057  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0077  tRNA-Leu  88.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1614  tRNA-Leu  83.95 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu03  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0175696  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0036  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0057  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0404485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0035  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000299197  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0015  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211944 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  86.44 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>