More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0013 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014212  Mesil_R0001  16S ribosomal RNA  83.11 
 
 
1481 bp  823    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000152569  normal  0.236967 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0053  16S ribosomal RNA  83.11 
 
 
1481 bp  823    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.497813  normal  0.0940245 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_R0067  16S ribosomal RNA  99.67 
 
 
1493 bp  2920    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.0037685  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0002  16S ribosomal RNA  98.93 
 
 
1493 bp  2833    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.398256  normal  0.523435 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0013  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1493 bp  2960    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000116367  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0060  16S ribosomal RNA  99.73 
 
 
1493 bp  2928    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00434278  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  87.5 
 
 
1551 bp  523  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  87.5 
 
 
1551 bp  523  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  87.5 
 
 
1551 bp  523  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0012  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 
1477 bp  525  1e-146  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.579936  normal  0.0913592 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  87.5 
 
 
1551 bp  523  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0005  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 
1477 bp  525  1e-146  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000146782  normal  0.725323 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  87.32 
 
 
1473 bp  507  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  87.32 
 
 
1473 bp  507  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0043  16S ribosomal RNA  87.55 
 
 
1526 bp  505  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000809065  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0039  16S ribosomal RNA  86.95 
 
 
1550 bp  500  1e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0012  16S ribosomal RNA  86.95 
 
 
1550 bp  500  1e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0012  16S ribosomal RNA  86.95 
 
 
1545 bp  500  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0039  16S ribosomal RNA  86.95 
 
 
1545 bp  500  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  86.95 
 
 
1542 bp  500  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  86.95 
 
 
1542 bp  500  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0006  16S ribosomal RNA  87.29 
 
 
1474 bp  498  9.999999999999999e-139  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00882532  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0043  16S ribosomal RNA  87.29 
 
 
1474 bp  498  9.999999999999999e-139  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000929778  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0009  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1459 bp  492  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000834644  hitchhiker  0.00771881 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0052  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1459 bp  492  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000233456  normal  0.528995 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3084  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1470 bp  492  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448941  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0384  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1470 bp  492  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.40156  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0005  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1551 bp  484  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.872751  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0021  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1551 bp  484  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.184479  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1548 bp  484  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1548 bp  484  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0007  16S ribosomal RNA  87 
 
 
1528 bp  482  1e-133  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  normal 
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  86.4 
 
 
1548 bp  476  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  86.4 
 
 
1548 bp  476  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0042  16S ribosomal RNA  85.12 
 
 
1474 bp  476  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.087372  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0058  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 
1545 bp  478  1e-132  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0056  16S ribosomal RNA  85.12 
 
 
1474 bp  476  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.347573  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0053  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 
1545 bp  478  1e-132  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.271159  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0049  16S ribosomal RNA  85.12 
 
 
1469 bp  476  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0040  16S ribosomal RNA  85.12 
 
 
1469 bp  476  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0054  16S ribosomal RNA  85.12 
 
 
1469 bp  476  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.859756  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0051  16S ribosomal RNA  85.12 
 
 
1474 bp  476  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.26221  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0026  16S ribosomal RNA  86.85 
 
 
1545 bp  470  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.241508  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0119  16S ribosomal RNA  86.85 
 
 
1545 bp  470  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.570145  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0015  16S ribosomal RNA  86.85 
 
 
1545 bp  470  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0298212  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0100  16S ribosomal RNA  86.85 
 
 
1544 bp  470  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0029  16S ribosomal RNA  86.85 
 
 
1544 bp  470  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000227714  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0008  16S ribosomal RNA  86.85 
 
 
1544 bp  470  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000638019  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0032  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 
1550 bp  468  1e-129  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0577345 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0043  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 
1550 bp  468  1e-129  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0001  16S ribosomal RNA  86.69 
 
 
1546 bp  466  1e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000785651  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0006  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1533 bp  462  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000147722  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1518 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1518 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1518 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1518 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55110  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 
1535 bp  460  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0208311  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55140  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 
1535 bp  460  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000744342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55060  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 
1535 bp  460  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000126948  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0090  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137166  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0059  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1533 bp  462  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000114912  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1538 bp  462  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0016  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1533 bp  462  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000272502  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  86.4 
 
 
1563 bp  460  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0001  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1549 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000584792  normal  0.761928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1549 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771769  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0009  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1549 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805602  hitchhiker  0.000585754 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  86.4 
 
 
1563 bp  460  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0093  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1538 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000812377  hitchhiker  0.0037636 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0013  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000882287  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55000  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 
1535 bp  460  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00013378  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0064  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1538 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000160038  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0089  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000457884  normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0099  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000444541  normal  0.0479849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0080  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000320741  normal  0.041938 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0014  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000281309  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0056  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000107545  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0006  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000203235  hitchhiker  0.00005391 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1549 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0061  16S ribosomal RNA  86.67 
 
 
1546 bp  462  1e-127  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0102  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000475362  normal  0.0274728 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1491 bp  462  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1491 bp  462  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1527 bp  462  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55030  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 
1535 bp  460  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00361459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55170  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 
1535 bp  460  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000502422  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0001  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166692  normal  0.414119 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0004  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534371  normal  0.567436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0058  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207326  normal  0.764569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0095  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000226987  hitchhiker  0.00000501486 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0021  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 
1529 bp  462  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142158  hitchhiker  0.000111868 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  86.45 
 
 
1532 bp  458  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  86.45 
 
 
1532 bp  458  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 
1518 bp  454  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 
1518 bp  454  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 
1518 bp  454  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 
1518 bp  454  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 
1518 bp  454  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 
1518 bp  454  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 
1518 bp  454  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>