121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_3004 on replicon NC_009939
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009939  Dgeo_3004  ApbE-like lipoprotein  100 
 
 		 274 aa  520  1e-146  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2592  ApbE family lipoprotein  36.97 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0542  ApbE family lipoprotein  36.93 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.206913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0226  ApbE family lipoprotein  36.63 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.965789  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0609  ApbE family lipoprotein  37.85 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2128  ApbE family lipoprotein  37.61 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  34.18 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3928  ApbE family lipoprotein  35.93 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  33.33 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4425  ApbE family lipoprotein  34.98 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.205443  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  33.99 
 
 		 368 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.9 
 
 		 357 aa  67  0.0000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  33.99 
 
 		 365 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  33.73 
 
 		 331 aa  66.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  33.48 
 
 		 330 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2080  ApbE family lipoprotein  28.63 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.744114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  33.61 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  27.87 
 
 		 344 aa  63.2  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1178  ApbE family protein  25.68 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023385 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  31.6 
 
 		 336 aa  62.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  28.26 
 
 		 344 aa  62  0.000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  31.62 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0696  ApbE family lipoprotein  28.63 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  26.98 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  32.73 
 
 		 324 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  32.88 
 
 		 345 aa  58.9  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  34.3 
 
 		 369 aa  58.9  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  25.58 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2585  ApbE-like lipoprotein  31.22 
 
 		 350 aa  57  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.501359  normal  0.267301 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  29.41 
 
 		 337 aa  57  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  26.89 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0575  ApbE family lipoprotein  31.02 
 
 		 344 aa  56.2  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  26.87 
 
 		 336 aa  56.2  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  32.58 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  27.88 
 
 		 343 aa  55.5  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  23.92 
 
 		 339 aa  55.5  0.0000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0038  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  28.97 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  25.97 
 
 		 345 aa  54.3  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.97 
 
 		 331 aa  54.3  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  25.97 
 
 		 359 aa  54.3  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  32.08 
 
 		 331 aa  53.9  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  27.38 
 
 		 308 aa  53.9  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  29.71 
 
 		 362 aa  52.8  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  31.73 
 
 		 320 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  32.51 
 
 		 264 aa  52.8  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  34.91 
 
 		 362 aa  52.8  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  22.93 
 
 		 330 aa  52.8  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  25.97 
 
 		 350 aa  52.4  0.000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  26.61 
 
 		 348 aa  52.4  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 353 aa  52  0.000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  29.13 
 
 		 304 aa  51.6  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  31.44 
 
 		 325 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  31.7 
 
 		 326 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  24.34 
 
 		 321 aa  51.2  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.62 
 
 		 367 aa  50.4  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0092  ApbE family lipoprotein  32.24 
 
 		 308 aa  50.4  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025456  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  31.09 
 
 		 326 aa  50.4  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  30.77 
 
 		 362 aa  50.1  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.74 
 
 		 332 aa  49.7  0.00005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  31.2 
 
 		 331 aa  49.7  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2627  hypothetical protein  28.8 
 
 		 290 aa  49.7  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.39465  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3829  ApbE family lipoprotein  36.75 
 
 		 313 aa  49.7  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  25 
 
 		 306 aa  49.7  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  26.47 
 
 		 350 aa  49.3  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1182  ApbE family lipoprotein  34.74 
 
 		 298 aa  49.3  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00699622  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  29.3 
 
 		 313 aa  48.9  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  31.34 
 
 		 333 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  23.75 
 
 		 360 aa  48.9  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0996  ApbE family protein  31.84 
 
 		 352 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  24.73 
 
 		 323 aa  47.4  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  33.49 
 
 		 362 aa  47.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2113  ApbE family protein  31.84 
 
 		 352 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  27.32 
 
 		 336 aa  47.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2243  ApbE family lipoprotein  31.8 
 
 		 327 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.208149 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  24.45 
 
 		 382 aa  47  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  21.81 
 
 		 342 aa  47  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  25.69 
 
 		 341 aa  47  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2058  ApbE family protein  31.84 
 
 		 370 aa  47  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.673444  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  22.78 
 
 		 323 aa  47  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  23.17 
 
 		 381 aa  46.6  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  24.68 
 
 		 353 aa  46.6  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  26.76 
 
 		 344 aa  46.2  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  26.16 
 
 		 345 aa  46.2  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  24.89 
 
 		 337 aa  46.2  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  30.08 
 
 		 323 aa  45.8  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.92 
 
 		 336 aa  45.4  0.0009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2253  ApbE family protein  32.74 
 
 		 291 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  32.73 
 
 		 308 aa  45.4  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  24.69 
 
 		 355 aa  45.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0414  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  30.38 
 
 		 325 aa  45.4  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0146647  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  23.7 
 
 		 338 aa  45.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  30.66 
 
 		 321 aa  45.4  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3407  ApbE family lipoprotein  24.21 
 
 		 297 aa  45.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.935025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  27.73 
 
 		 325 aa  45.4  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  29.55 
 
 		 323 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0382  ApbE family lipoprotein  39.45 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.529182  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2326  ApbE family protein  31.42 
 
 		 352 aa  44.7  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.211712  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  24.57 
 
 		 304 aa  44.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  29.22 
 
 		 386 aa  44.3  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>