More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1734 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1734  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
147 aa  301  3.0000000000000004e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0413621 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1941  ribosomal protein L13  64.54 
 
 
142 aa  184  3e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1536  50S ribosomal protein L13  60.71 
 
 
146 aa  179  8.000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000000633501  normal  0.222947 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3711  50S ribosomal protein L13  59.15 
 
 
142 aa  176  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.145139  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04010  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 
142 aa  174  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0969  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 
144 aa  166  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.476944 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4349  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 
142 aa  165  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000122799  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1340  50S ribosomal protein L13  59.26 
 
 
149 aa  165  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100491  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1346  50S ribosomal protein L13  59.26 
 
 
149 aa  165  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000278561  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0789  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
142 aa  163  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0876  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
142 aa  163  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00520364  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 
142 aa  163  9e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2607  50S ribosomal protein L13  54.55 
 
 
144 aa  162  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0161967  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0726  50S ribosomal protein L13  55.8 
 
 
143 aa  162  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000578919  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0459  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 
142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000127467  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 
142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0524  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 
142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000026356  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1134  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 
142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016322  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1250  ribosomal protein L13  59.09 
 
 
146 aa  162  2.0000000000000002e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2877  50S ribosomal protein L13  53.52 
 
 
142 aa  160  5.0000000000000005e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114707  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0752  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 
142 aa  160  7e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272076  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 
142 aa  160  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 
142 aa  159  8.000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0341  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 
147 aa  160  8.000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0522563  hitchhiker  0.00384234 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2994  50S ribosomal protein L13  56.52 
 
 
143 aa  159  9e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.348957  hitchhiker  0.00829551 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3703  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 
142 aa  159  9e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000271958  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0346  ribosomal protein L13  52.11 
 
 
144 aa  159  1e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000157006  normal  0.759016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4120  50S ribosomal protein L13  53.19 
 
 
142 aa  159  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.954115  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3666  50S ribosomal protein L13  53.52 
 
 
142 aa  159  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000138225  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3797  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  159  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000189229  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0745  ribosomal protein L13  53.52 
 
 
146 aa  158  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2070  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 
142 aa  159  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000721803  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0922  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 
142 aa  158  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0292  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  158  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000415233  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  158  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3360  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 
142 aa  158  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000892865  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0434  50S ribosomal protein L13  57.55 
 
 
147 aa  158  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0288817  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0735  ribosomal protein L13  55.32 
 
 
145 aa  158  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119852  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3545  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  157  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.43146e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3639  50S ribosomal protein L13  53.52 
 
 
142 aa  158  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0081105  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0726  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 
144 aa  158  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.618323  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0211  50S ribosomal protein L13  54.61 
 
 
142 aa  158  3e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000131451  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 
142 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 
142 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01710  LSU ribosomal protein L13P  53.52 
 
 
148 aa  157  4e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.00000000965518  hitchhiker  0.0000000000992925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 
142 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2985  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 
151 aa  157  4e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.119153 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0299  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  157  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000151129  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1881  ribosomal protein L13  54.23 
 
 
144 aa  157  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.366723  normal  0.0642672 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03091  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000630317  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0475  ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000038374  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0475  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000136634  normal  0.174588 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3643  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000310969  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3537  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000244686  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3608  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000171486  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3714  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000482392  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3527  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000295186  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3536  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000942951  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03042  hypothetical protein  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000311613  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4548  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000032614  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3420  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.0043600000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3071  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 
142 aa  156  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000152627  normal  0.192156 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3705  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 
142 aa  156  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000756717  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4426  ribosomal protein L13  52.48 
 
 
142 aa  156  9e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145375  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0506  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  156  9e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000158843  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0747  50S ribosomal protein L13  53.62 
 
 
143 aa  156  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000197035  normal  0.0408198 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0429  ribosomal protein L13  54.93 
 
 
154 aa  156  1e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.669525  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3106  ribosomal protein L13  53.52 
 
 
147 aa  155  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0901  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  155  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004511  LSU ribosomal protein L13p (L13Ae)  52.11 
 
 
142 aa  155  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000254571  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2762  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 
144 aa  155  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0744  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  155  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000518641  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0103  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  155  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123224  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000205135  hitchhiker  0.00003559 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0137  50S ribosomal protein L13  54.61 
 
 
145 aa  155  2e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000751399  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2664  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  155  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000266621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055141  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3595  50S ribosomal protein L13  52.17 
 
 
143 aa  155  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000249881  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57590  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 
142 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000544643  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000680495  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2635  50S ribosomal protein L13  50.7 
 
 
144 aa  154  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0901  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 
143 aa  154  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000118039  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0225  50S ribosomal protein L13  54.74 
 
 
151 aa  154  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0222  50S ribosomal protein L13  54.74 
 
 
151 aa  154  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0145687  normal  0.0118859 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0561  50S ribosomal protein L13  52.78 
 
 
144 aa  154  3e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000199102  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4222  50S ribosomal protein L13  52.9 
 
 
143 aa  154  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000936521  hitchhiker  0.00032903 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5005  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 
142 aa  154  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00170298  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0031  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  154  3e-37  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3940  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  154  4e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3269  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  154  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000128707  hitchhiker  0.00000918521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0678  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  154  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000445483  hitchhiker  0.000251831 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0692  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  154  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000556575  decreased coverage  0.00000194665 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2680  ribosomal protein L13  57.69 
 
 
148 aa  154  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0154715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00881  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 
142 aa  154  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0702  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111952  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2679  50S ribosomal protein L13  54.55 
 
 
144 aa  153  8e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200743  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0138  50S ribosomal protein L13  53.19 
 
 
145 aa  153  8e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000668177  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1155  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 
146 aa  153  8e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.291819  normal  0.013183 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 
142 aa  153  9e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000333795  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1669  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 
142 aa  153  9e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000843127  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>