More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1729 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1729  type II and III secretion system protein  100 
 
 
673 aa  1332    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.514108  normal  0.0788393 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2743  type II and III secretion system protein  30.02 
 
 
509 aa  160  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.230673  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1332  type II and III secretion system protein  35.25 
 
 
771 aa  152  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.106415  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  26.04 
 
 
987 aa  100  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  26.74 
 
 
870 aa  96.3  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  28.17 
 
 
793 aa  93.6  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3590  type II and III secretion system protein  26.67 
 
 
670 aa  92  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 
745 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  26.91 
 
 
635 aa  89  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  27.33 
 
 
681 aa  88.2  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  27.48 
 
 
894 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3216  type II and III secretion system secretin  24.51 
 
 
667 aa  85.9  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.141334 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  28.9 
 
 
473 aa  86.3  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0614  type II and III secretion system protein  26.38 
 
 
464 aa  86.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0481  type II and III secretion system protein  27.02 
 
 
491 aa  86.3  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  27.37 
 
 
756 aa  85.1  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  27.27 
 
 
891 aa  84.3  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2057  type II and III secretion system protein  30.08 
 
 
460 aa  84.3  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127382  normal  0.0564414 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18620  type II and III secretion system protein  26.21 
 
 
602 aa  82  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  27.52 
 
 
833 aa  81.6  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5132  type II and III secretion system protein  26.91 
 
 
466 aa  81.6  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.179001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  26.26 
 
 
763 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  25.86 
 
 
756 aa  80.9  0.00000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.24 
 
 
874 aa  80.9  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3928  type II and III secretion system protein  28.21 
 
 
460 aa  80.9  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.13282  normal  0.228642 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  25.57 
 
 
641 aa  80.9  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3421  type II and III secretion system protein  28.21 
 
 
460 aa  80.5  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195466  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  25.74 
 
 
1421 aa  80.5  0.00000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  28.28 
 
 
668 aa  80.1  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  26.16 
 
 
630 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2042  type II and III secretion system protein  26.97 
 
 
474 aa  79.7  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160512  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  24.04 
 
 
926 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  24.36 
 
 
752 aa  79.7  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  26.76 
 
 
864 aa  79.3  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0997  type II and III secretion system protein  26.44 
 
 
466 aa  79  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0263659  normal  0.897862 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  23.97 
 
 
413 aa  79  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  25.93 
 
 
776 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1747  Flp pilus assembly protein CpaC  26.81 
 
 
507 aa  77.4  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0306  type II and III secretion system protein  26.18 
 
 
463 aa  77.4  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  25.17 
 
 
944 aa  77.4  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1439  type II secretion system protein D  23.53 
 
 
656 aa  77.4  0.0000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0989759  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  28.96 
 
 
482 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  28.96 
 
 
482 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  25.79 
 
 
787 aa  77  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  28.96 
 
 
482 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  28.96 
 
 
492 aa  77  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  28.96 
 
 
482 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  28.96 
 
 
482 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  24.11 
 
 
946 aa  77  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  28.96 
 
 
482 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  24.33 
 
 
733 aa  76.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4868  type II and III secretion system protein  27.45 
 
 
526 aa  75.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  25.4 
 
 
887 aa  76.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  25.4 
 
 
882 aa  76.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  25.4 
 
 
887 aa  76.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3884  type II and III secretion system protein  21.45 
 
 
760 aa  76.3  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0667  type II and III secretion system protein  27.72 
 
 
478 aa  75.9  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.703933  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  25.98 
 
 
793 aa  76.3  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02977  putative GSPD-related protein  25 
 
 
754 aa  75.5  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.220061  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  25.25 
 
 
692 aa  75.5  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  26.22 
 
 
819 aa  75.1  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0895  type II and III secretion system protein  27.34 
 
 
475 aa  74.7  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276547  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0305  type II and III secretion system protein  28.63 
 
 
461 aa  74.7  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  26.01 
 
 
783 aa  74.7  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1112  competence protein E  22.57 
 
 
377 aa  74.7  0.000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0144354  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  23.61 
 
 
584 aa  74.3  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3007  type II and III secretion system protein  25.76 
 
 
477 aa  74.3  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1129  type II and III secretion system protein  26.51 
 
 
474 aa  73.9  0.000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.765112  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  25.61 
 
 
751 aa  73.2  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1909  Outer membrane general secretion pathway protein, secretin  27.45 
 
 
461 aa  73.2  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  22.8 
 
 
683 aa  73.6  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2371  flp pilus assembly protein, secretin CpaC  24.9 
 
 
483 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.463831  normal  0.668719 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2567  type II and III secretion system protein  25.35 
 
 
479 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  25.88 
 
 
792 aa  73.2  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3804  outer membrane porin HofQ  27.96 
 
 
413 aa  73.6  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0625572  normal  0.855535 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  24.92 
 
 
775 aa  73.2  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  26.22 
 
 
660 aa  73.2  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3968  type II and III secretion system protein  28.2 
 
 
490 aa  72.8  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.198511  normal  0.42418 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  23.46 
 
 
655 aa  72.8  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  25 
 
 
893 aa  72.8  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2310  type II and III secretion system protein  26.57 
 
 
443 aa  72.8  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03353  Flp pilus assembly protein secretin  25.21 
 
 
449 aa  72.8  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2693  type II and III secretion system protein  24.56 
 
 
479 aa  72.8  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000595981  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0749  type II and III secretion system protein  22.84 
 
 
436 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0557  type II and III secretion system protein  27.45 
 
 
461 aa  72.8  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1438  type II and III secretion system protein  24.73 
 
 
812 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12402  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  25.66 
 
 
426 aa  72.4  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  24.92 
 
 
775 aa  72  0.00000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  25.35 
 
 
420 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  24.91 
 
 
658 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25 
 
 
588 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  25.18 
 
 
420 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  22.01 
 
 
423 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  23.61 
 
 
584 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4345  type II and III secretion system protein  25.32 
 
 
451 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.222675  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3687  outer membrane porin HofQ  27.53 
 
 
389 aa  71.2  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00260345  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  24.77 
 
 
758 aa  71.2  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3794  outer membrane porin HofQ  27.53 
 
 
426 aa  71.2  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566687  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0233  type II and III secretion system protein  26.82 
 
 
491 aa  71.2  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25 
 
 
630 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>