More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5047 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3042  response regulator receiver protein  75.95 
 
 		 524 aa  822    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0742856 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4282  PglZ domain protein  58.79 
 
 		 518 aa  635    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.769544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5047  response regulator receiver protein  100 
 
 		 521 aa  1084    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1040  two-component response regulator  58.91 
 
 		 518 aa  644    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.429651  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08151  response regulator  56.05 
 
 		 516 aa  599  1e-170  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2906  response regulator receiver protein  54.3 
 
 		 517 aa  578  1e-164  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.568683  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1282  response regulator receiver protein  52.31 
 
 		 517 aa  580  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00300616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0928  response regulator  53.95 
 
 		 518 aa  544  1e-153  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.581359 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2518  response regulator receiver protein  47.01 
 
 		 519 aa  514  1e-144  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.487815  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 493 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000590429 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1309  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 		 472 aa  86.3  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.974547  normal  0.0144544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1334  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 243 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1291  two component transcriptional regulator  36.52 
 
 		 240 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000572556  hitchhiker  0.0000375019 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2539  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 487 aa  84  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.846517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0684  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.59 
 
 		 469 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000150794 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0671  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.59 
 
 		 469 aa  83.6  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1342  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.65 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0144629  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.78 
 
 		 234 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 466 aa  82.4  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2015  two component hybrid sensor response regulator  33.33 
 
 		 391 aa  82.4  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2407  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.22 
 
 		 347 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.21688  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1811  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.22 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00843757 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2741  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 474 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0363909  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1879  DNA-binding response regulator  33.91 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000557668  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0598  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  26.81 
 
 		 470 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0623  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 223 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0148  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 448 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837927 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2924  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 470 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.777319  hitchhiker  0.0000000000564278 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 941 aa  79.7  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 247 aa  79.7  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4716  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 223 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.06 
 
 		 448 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 447 aa  79.7  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0499  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 223 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 457 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5095  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 448 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0133  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.07 
 
 		 448 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0650  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 		 223 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0681  DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 246 aa  79.3  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.63003  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0334  alginate biosynthesis transcriptional regulatory protein AlgB  36.07 
 
 		 448 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368066  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0554  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 223 aa  79  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0496  response regulator  36.84 
 
 		 223 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0498  response regulator  36.84 
 
 		 223 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0263  helix-turn-helix, Fis-type  36.07 
 
 		 448 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 454 aa  79.3  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2160  two component transcriptional regulator  29.68 
 
 		 241 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71041  hitchhiker  0.000000282055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0046  two-component response regulator AlgB  36.07 
 
 		 448 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0743  response regulator receiver protein  37.9 
 
 		 132 aa  79  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0585  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 223 aa  79  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0150  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 448 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0711  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 		 223 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0488  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.44 
 
 		 235 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220414 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0641  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 223 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2806  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 450 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1644  two component transcriptional regulator  35.65 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1521  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  35.65 
 
 		 241 aa  78.2  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.675435  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1472  putative transcriptional regulatory protein OmpR  35.65 
 
 		 241 aa  78.2  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.830233  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.31 
 
 		 452 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  32.48 
 
 		 223 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  32.48 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1656  response regulator receiver protein  31.3 
 
 		 166 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  32.48 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1934  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808753  normal  0.132653 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  31.15 
 
 		 458 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.11 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 473 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0503  two component transcriptional regulator  35.09 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.12 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 463 aa  77  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0811  nitrogen regulation protein NtrX  28.39 
 
 		 456 aa  77  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.686874  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1891  response regulator  33.33 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.750204  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.19 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3601  response regulator receiver protein  27.97 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0758  response regulator receiver protein  37.1 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0540632 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  31.62 
 
 		 223 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1654  response regulator, putative  30.46 
 
 		 349 aa  76.6  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2693  response regulator  35.71 
 
 		 128 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  31.62 
 
 		 223 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0393  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 228 aa  76.3  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.632289  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0467  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.58 
 
 		 230 aa  76.6  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0768  two component signal transduction response regulator  32.09 
 
 		 236 aa  76.6  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000566504  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  29.14 
 
 		 233 aa  76.6  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0780  DNA-binding response regulator  32.31 
 
 		 225 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.03 
 
 		 464 aa  76.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 461 aa  76.3  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0889  two component transcriptional regulator  31.79 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147318 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  33.62 
 
 		 123 aa  75.9  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  40.5 
 
 		 222 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1125  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.03 
 
 		 241 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0614  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 121 aa  75.9  0.000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5728  two component transcriptional regulator  31.79 
 
 		 280 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0684  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 456 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0507  two component transcriptional regulator  31.3 
 
 		 236 aa  75.5  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3387  two component transcriptional regulator  29.03 
 
 		 241 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0009  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 509 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.923259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>