More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5019 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02482  protein disaggregation chaperone  42.97 
 
 
857 aa  669    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000328184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1080  ATP-dependent chaperone ClpB  42.97 
 
 
857 aa  669    Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.0000000000145981  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0559  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  47.86 
 
 
870 aa  768    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0057  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  48.5 
 
 
824 aa  758    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00724799  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1413  chaperone ClpB  44.55 
 
 
812 aa  717    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0658  ClpB protein  42.23 
 
 
865 aa  673    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0010  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  51.7 
 
 
859 aa  855    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.169656 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2036  AAA family ATPase  44.23 
 
 
832 aa  728    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0165  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpC  49.03 
 
 
817 aa  815    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  51.08 
 
 
811 aa  830    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3913  ATP-dependent chaperone protein ClpB  43.37 
 
 
861 aa  678    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1864  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  43.36 
 
 
874 aa  680    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3577  clpB protein  42.99 
 
 
857 aa  663    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0081  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  51.08 
 
 
811 aa  830    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0078  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  51.08 
 
 
811 aa  830    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0077  negative regulator of genetic competence clpC/mecB (ATP-dependent Clp protease)  51.08 
 
 
811 aa  830    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1377  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  43.33 
 
 
865 aa  668    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1714  endopeptidase Clp ATP-binding chain B (ClpB)  42.87 
 
 
858 aa  674    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1714  endopeptidase Clp ATP-binding chain B (ClpB)  42.87 
 
 
858 aa  675    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2876  ATPase  48.27 
 
 
830 aa  794    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0660  Clp protease ATP-binding subunit  45.84 
 
 
855 aa  769    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.562676  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0589  AAA ATPase  41.77 
 
 
891 aa  665    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.917819  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0132  ATPase  42.83 
 
 
873 aa  681    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0140  ATPase  43.51 
 
 
876 aa  681    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.182889  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0910  UvrB/UvrC protein  48.11 
 
 
823 aa  797    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2335  ATPase  43.39 
 
 
872 aa  691    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4348  UvrB/UvrC protein  46.57 
 
 
814 aa  775    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2389  ClpB heat-shock protein  43.33 
 
 
865 aa  669    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1408  chaperone ClpB  42.84 
 
 
870 aa  669    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1932  ATPase  66.59 
 
 
847 aa  1118    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.356612  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0911  ATPase  43.28 
 
 
862 aa  681    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.629487  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1389  ATPase  45.96 
 
 
843 aa  760    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0145089  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1484  ATPase  62.75 
 
 
863 aa  1029    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1627  ATPase  46.08 
 
 
846 aa  766    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0475854  normal  0.546866 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2851  AAA ATPase  42.71 
 
 
864 aa  667    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000473406  hitchhiker  0.00000000124432 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0080  negative regulator of genetic competence ClpC/MecB  51.08 
 
 
811 aa  830    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.723248  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1099  Clp protease ATP-binding subunit  46.48 
 
 
842 aa  776    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.372897  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0260  ATPase  49 
 
 
824 aa  795    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1089  ATPase  43.73 
 
 
883 aa  691    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000277828 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0753  chaperone clpB  41.28 
 
 
870 aa  660    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0162  ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit  51.94 
 
 
840 aa  805    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2205  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  43.48 
 
 
865 aa  670    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.489947  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4383  ATPase AAA-2  49.16 
 
 
834 aa  800    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.388012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4247  AAA_5 ATPase  41.91 
 
 
879 aa  667    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0997657  normal  0.754892 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2824  AAA ATPase, central region  41.5 
 
 
859 aa  660    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.553525  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0119  ClpB protein  41.86 
 
 
854 aa  659    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2198  ATPase AAA-2  43.34 
 
 
861 aa  666    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.105301  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2374  heat-shock protein, chaperone ClpB  43.49 
 
 
865 aa  669    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0849473  normal  0.41836 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4095  ATPase AAA-2  42.42 
 
 
879 aa  670    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141008  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0681  ATPase AAA-2  41.57 
 
 
878 aa  661    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.310186  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1959  ATPase AAA-2  43.55 
 
 
862 aa  662    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0199054  normal  0.312929 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3573  ATPase AAA-2  46.88 
 
 
818 aa  724    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.307239  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1210  ATPase AAA-2  51.5 
 
 
861 aa  664    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0522971  normal  0.881937 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0406  ATPase AAA-2  41.77 
 
 
862 aa  662    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2391  ATPase AAA-2  42.09 
 
 
859 aa  660    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4756  ATPase AAA-2  47.68 
 
 
847 aa  766    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.491369  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0299  ATPase AAA-2  54.64 
 
 
837 aa  728    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0676  ATPase AAA-2  46.67 
 
 
886 aa  718    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000220966  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2179  ATPase AAA-2  47.91 
 
 
834 aa  798    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.400132  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1337  ATPase AAA-2  43.16 
 
 
858 aa  662    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.184939  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2996  ATPase AAA-2  42.45 
 
 
891 aa  677    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1079  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit  81 
 
 
848 aa  1379    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.258096 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2751  negative regulator of genetic competence MecB/ClpC  49.15 
 
 
814 aa  766    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2437  negative regulator of genetic competence MecB/ClpC  48.91 
 
 
814 aa  760    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0199  ATP-dependent Clp protease, subunit B  43.45 
 
 
856 aa  664    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2437  ATPase AAA-2  48.63 
 
 
825 aa  795    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.643825 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3380  ATPase AAA-2  47.11 
 
 
825 aa  777    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.802803  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2991  ATPase  43.2 
 
 
857 aa  664    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00302942  normal  0.61786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3072  ATPase  43.2 
 
 
857 aa  664    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0239882  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2558  ATPase  42.36 
 
 
864 aa  662    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.111038  hitchhiker  0.00562869 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0669  ATPase  43.39 
 
 
865 aa  658    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0949399  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2367  ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit  50 
 
 
828 aa  829    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000278199  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0650  ATPase  42.97 
 
 
868 aa  679    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.557806 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0666  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  43.72 
 
 
816 aa  666    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.483496  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0514  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  46.93 
 
 
823 aa  755    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.262133  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0283  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  45.31 
 
 
838 aa  699    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.114568  hitchhiker  0.0000140649 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0185  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  45.36 
 
 
826 aa  708    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0168  ATPase  48.8 
 
 
830 aa  791    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3169  ATPase  43.2 
 
 
857 aa  664    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00027679  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0220  ATPase  49.16 
 
 
839 aa  815    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230139  normal  0.171327 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0334  ATPase  67.23 
 
 
854 aa  1125    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0466  ATPase  47.96 
 
 
861 aa  773    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2603  clpB protein  42.54 
 
 
857 aa  658    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0399134  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4842  ATPase  47.68 
 
 
847 aa  766    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569226  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5358  ATPase  47.96 
 
 
847 aa  778    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.406565 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0880  ATPase  42.46 
 
 
859 aa  661    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0343543  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1867  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  43.33 
 
 
865 aa  668    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.60175  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11941  ClpC  46.48 
 
 
842 aa  782    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.316562  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11791  ClpC  46.65 
 
 
843 aa  777    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14921  ClpC  46.19 
 
 
855 aa  771    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09911  ClpC  45.39 
 
 
859 aa  764    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18321  ATP-dependent Clp protease, Hsp 100, ATP-binding subunit ClpB  42.83 
 
 
863 aa  665    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.207261 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0030  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpB  43.33 
 
 
865 aa  668    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0312  ATPase AAA-2  53.46 
 
 
803 aa  662    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1789  ATPase AAA-2  50.18 
 
 
818 aa  838    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.607583  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0075  ATPase  42.84 
 
 
870 aa  668    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0715422  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1019  ATPase  43.54 
 
 
857 aa  667    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00163715  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2223  ATPase AAA-2  43.22 
 
 
865 aa  667    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.221063  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2261  clpB protein  43.33 
 
 
865 aa  667    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.342384  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5142  ATPase  47.84 
 
 
847 aa  779    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.624262  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>