63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4890 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4890  putative transcriptional regulator  100 
 
 
98 aa  198  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.040811  normal  0.40753 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1184  transcriptional regulator, ArsR family  64.89 
 
 
99 aa  127  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3014  transcriptional regulator, MarR/EmrR family  64.13 
 
 
98 aa  120  8e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0765911 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2579  transcriptional regulator  51.58 
 
 
99 aa  111  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0422  transcriptional regulator  57.78 
 
 
99 aa  110  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0239  hypothetical protein  55.21 
 
 
96 aa  110  7.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.15068  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0139  transcriptional regulator  61.33 
 
 
80 aa  91.7  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1300  transcriptional regulator  37.36 
 
 
106 aa  79  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.223469  normal  0.471432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7857  hypothetical protein  38.04 
 
 
126 aa  75.5  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739073  normal  0.172696 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2689  putative transcriptional regulator  38.04 
 
 
126 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.515825  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1630  putative transcriptional regulator  36.96 
 
 
120 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.917024  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1486  hypothetical protein  40.48 
 
 
104 aa  72  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0003803  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3137  hypothetical protein  39.13 
 
 
127 aa  71.2  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.581839  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0060  regulatory protein, ArsR  35.87 
 
 
126 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0470  hypothetical protein  35.87 
 
 
120 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0242594 
 
 
-
 
NC_002950  PG2225  hypothetical protein  37.65 
 
 
89 aa  69.3  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123017 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1598  putative PAS/PAC sensor protein  35.23 
 
 
326 aa  67.8  0.00000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1247  putative PAS/PAC sensor protein  38.64 
 
 
327 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.977121  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2811  transcriptional regulator  37.08 
 
 
99 aa  66.6  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0230  putative PAS/PAC sensor protein  39.29 
 
 
325 aa  66.2  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1252  putative PAS/PAC sensor protein  35.56 
 
 
303 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0889  putative transcriptional regulator  37.08 
 
 
95 aa  64.7  0.0000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.343594  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1426  hypothetical protein  35.37 
 
 
119 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4596  hypothetical protein  35.11 
 
 
100 aa  64.7  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0505761  normal  0.332896 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1413  transcriptional regulator  39.76 
 
 
112 aa  63.9  0.0000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.946834  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1599  ArsR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
103 aa  63.9  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.556289  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0308  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  30.43 
 
 
97 aa  63.9  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.762623 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4062  hypothetical protein  32.61 
 
 
147 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0952  hypothetical protein  31.91 
 
 
115 aa  63.5  0.0000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.411513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4430  hypothetical protein  32.61 
 
 
147 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4544  hypothetical protein  32.61 
 
 
156 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.234964  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4102  transcriptional regulator  31.11 
 
 
110 aa  62.8  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.404387  normal  0.0188241 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1165  hypothetical protein  35 
 
 
113 aa  62  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.758935 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2191  regulatory protein, ArsR  35.05 
 
 
138 aa  62  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1698  transcriptional regulator  31.91 
 
 
104 aa  60.8  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354656  normal  0.781335 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3450  hypothetical protein  33.33 
 
 
101 aa  60.8  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0490383 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1028  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
330 aa  60.5  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0803  hypothetical protein  32.61 
 
 
129 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.80068 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3477  MarR/EmrR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
98 aa  57.8  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0081  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  24.73 
 
 
103 aa  57.8  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36190  hypothetical protein  30.11 
 
 
101 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0710  transcriptional regulator, ArsR family  31.87 
 
 
111 aa  55.5  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0611  transcriptional regulator, MarR/EmrR family  29.03 
 
 
112 aa  55.1  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.254501 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1114  regulatory protein MarR  28.42 
 
 
102 aa  55.5  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0481626  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2593  hypothetical protein  30 
 
 
104 aa  54.7  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2000  transcriptional regulator  28.89 
 
 
94 aa  53.5  0.0000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1862  hypothetical protein  34.04 
 
 
102 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.361874  normal  0.015188 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0562  putative PAS/PAC sensor protein  37.18 
 
 
332 aa  53.1  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1018  putative PAS/PAC sensor protein  37.66 
 
 
332 aa  52.8  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.377599  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0548  transcriptional regulator  26.97 
 
 
97 aa  52.8  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0542842  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6424  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  26.88 
 
 
102 aa  50.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00764846 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1682  putative transcriptional regulator, ArsR family  31.03 
 
 
117 aa  49.7  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2542  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  23.86 
 
 
106 aa  50.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0791599  normal  0.380837 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4026  hypothetical protein  27.66 
 
 
100 aa  49.7  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.252958 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1352  transcriptional regulator, ArsR family  32.94 
 
 
101 aa  48.5  0.00003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.182081  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30320  hypothetical protein  33.87 
 
 
121 aa  46.6  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5191  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0331978  normal  0.592256 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4140  hypothetical protein  25.29 
 
 
109 aa  45.4  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.609006 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0328  ArsR family transcriptional regulator  27.47 
 
 
107 aa  45.8  0.0002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.018451 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4065  hypothetical protein  25 
 
 
120 aa  44.7  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.686189  normal  0.326424 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1413  transcriptional regulator, MarR/EmrR family protein  24.72 
 
 
106 aa  44.7  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22783  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4271  hypothetical protein  26.67 
 
 
114 aa  44.7  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.350717  normal  0.351031 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0184  regulatory protein, ArsR  24.18 
 
 
107 aa  40.8  0.006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.678955  normal  0.871584 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>