134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4856 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4856  TonB-dependent receptor  100 
 
 
819 aa  1666    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.163752 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3654  TonB-dependent receptor plug  60.97 
 
 
810 aa  996    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2626  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  42.29 
 
 
715 aa  550  1e-155  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.33425 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1467  TonB-dependent receptor  31.11 
 
 
802 aa  324  5e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.148814  normal  0.0599921 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5164  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 
813 aa  316  9.999999999999999e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5304  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 
812 aa  313  1e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.144104 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5196  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 
829 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283017  normal  0.121855 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0823  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 
817 aa  299  1e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173477  normal  0.677151 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1282  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 
852 aa  272  2e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0691192  normal  0.241515 
 
 
-
 
NC_002950  PG1006  hypothetical protein  27.95 
 
 
894 aa  271  5e-71  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0332  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 
869 aa  263  6.999999999999999e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879303  normal  0.710919 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2872  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 
934 aa  260  8e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.15635  normal  0.94613 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3536  TonB-dependent receptor plug  29.67 
 
 
812 aa  259  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.839102  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3278  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 
973 aa  253  1e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3193  TonB-dependent receptor plug  27.26 
 
 
766 aa  237  7e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.646105 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1582  TonB-dependent receptor plug  29.08 
 
 
853 aa  236  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00843923  normal  0.229135 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6739  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
832 aa  228  5.0000000000000005e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.616271  normal  0.465298 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0221  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 
830 aa  225  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.280275  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1863  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 
818 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38733  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09223  TonB-dependent receptor, putative  27.26 
 
 
815 aa  219  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6217  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 
820 aa  218  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5882  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 
826 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.431765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3170  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
827 aa  212  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.118965  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3424  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 
847 aa  201  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.052799  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3236  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 
808 aa  197  6e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.833355 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0252  TonB-dependent receptor, plug  26.3 
 
 
805 aa  195  3e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5599  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 
866 aa  191  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000158529  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4493  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 
791 aa  188  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.294289  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5130  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 
810 aa  187  7e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2699  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 
817 aa  185  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4069  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 
824 aa  182  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0444701  normal  0.141518 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2514  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 
821 aa  181  4e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4785  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 
822 aa  174  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2698  TonB-dependent receptor plug  25.49 
 
 
814 aa  168  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3169  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 
813 aa  166  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5200  TonB-dependent receptor plug  23.57 
 
 
818 aa  164  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441429  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4699  TonB-dependent receptor plug  25.59 
 
 
799 aa  159  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1267  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 
805 aa  159  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0311694  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4726  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 
803 aa  156  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6378  TonB-dependent receptor plug  23.82 
 
 
828 aa  155  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00914349  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1515  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 
705 aa  149  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.98093  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2740  TonB-dependent receptor plug  24.31 
 
 
725 aa  147  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.1298  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3970  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 
793 aa  138  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4086  TonB-dependent receptor plug  25.24 
 
 
820 aa  130  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0127812 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3096  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 
883 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.10953 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2098  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 
794 aa  128  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.761399  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5407  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 
611 aa  127  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000690953  normal  0.146113 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0346  TonB-dependent receptor plug  32.81 
 
 
805 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.684844  normal  0.0398868 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4884  TonB-dependent receptor plug  22.69 
 
 
800 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.954855 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0220  TonB-dependent receptor plug  28.46 
 
 
804 aa  105  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.831409 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0256  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 
813 aa  104  6e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.655297  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0895  TonB-dependent receptor plug  22.89 
 
 
806 aa  100  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2981  TonB-dependent receptor plug  28.29 
 
 
816 aa  100  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.733063 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0116  TonB-dependent receptor plug  29.82 
 
 
823 aa  100  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.797457  normal  0.0887465 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2963  TonB-dependent receptor plug  30.35 
 
 
897 aa  98.2  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.300449  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5348  hypothetical protein  27.84 
 
 
946 aa  94  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1455  TonB-dependent receptor plug  28.29 
 
 
814 aa  91.3  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.749595 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3391  outer membrane receptor protein mostly Fe transport  25.79 
 
 
709 aa  81.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.146239  normal  0.880132 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2492  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 
795 aa  79  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0237642  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1136  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 
998 aa  79  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.028233  normal  0.759049 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3443  hypothetical protein  26.45 
 
 
952 aa  75.1  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0696  hypothetical protein  24.3 
 
 
961 aa  70.1  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0536  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 
748 aa  67  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2584  hypothetical protein  24.27 
 
 
926 aa  63.9  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323052  normal  0.265899 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4518  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 
705 aa  62.8  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2379  hypothetical protein  27.32 
 
 
921 aa  63.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03085  hypothetical protein  24.03 
 
 
924 aa  62.4  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.882894  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1720  TonB-dependent receptor plug  27.14 
 
 
760 aa  61.2  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.864818  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2180  hypothetical protein  28.35 
 
 
782 aa  60.5  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5762  hypothetical protein  26.32 
 
 
965 aa  60.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  27.17 
 
 
760 aa  60.1  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  27.51 
 
 
848 aa  57.8  0.0000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0205  hypothetical protein  23.03 
 
 
930 aa  55.1  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.210735 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0095  hypothetical protein  23.04 
 
 
944 aa  55.1  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0167814  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4088  hypothetical protein  26.43 
 
 
847 aa  53.9  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00715502 
 
 
-
 
NC_002950  PG1715  hypothetical protein  31.45 
 
 
887 aa  53.1  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0259  TonB-linked outer membrane receptor  25.29 
 
 
782 aa  53.5  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0733  hypothetical protein  26.26 
 
 
904 aa  52.8  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2202  hypothetical protein  22.22 
 
 
872 aa  52  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.898839  hitchhiker  0.0000000204657 
 
 
-
 
NC_002950  PG0441  hypothetical protein  26.36 
 
 
877 aa  52  0.00005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.177581 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  23.47 
 
 
791 aa  52  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 
946 aa  51.6  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3506  Cna B-type protein  24.62 
 
 
1195 aa  49.7  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.378795  normal 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 
897 aa  49.7  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 
917 aa  49.7  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2242  outer membrane receptor FepA  25 
 
 
744 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.620188 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  35.09 
 
 
724 aa  48.9  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 
957 aa  48.9  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2458  hypothetical protein  24.05 
 
 
908 aa  48.9  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1716  outer membrane receptor FepA  23.2 
 
 
746 aa  48.5  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2796  hypothetical protein  22.97 
 
 
936 aa  48.5  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 
710 aa  48.1  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2237  hypothetical protein  26.97 
 
 
704 aa  48.1  0.0007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0278862 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  34.58 
 
 
713 aa  47.8  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 
746 aa  47.8  0.0008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1654  hypothetical protein  24.29 
 
 
879 aa  47.8  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.648752  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  31.93 
 
 
656 aa  47.4  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10578  hypothetical protein  23.85 
 
 
915 aa  47.4  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392635  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4269  TonB-dependent receptor, plug  21.52 
 
 
797 aa  47  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  24.4 
 
 
874 aa  47.8  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>