190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4818 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4818  Radical SAM domain protein  100 
 
 
350 aa  735    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.66643  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4284  Radical SAM domain protein  58.4 
 
 
352 aa  433  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.948479 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1137  Radical SAM domain protein  53.85 
 
 
357 aa  385  1e-106  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.712968  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03695  radical SAM domain protein  53.98 
 
 
356 aa  380  1e-104  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2459  hypothetical protein  50.29 
 
 
354 aa  371  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0853217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1071  Radical SAM domain protein  52.56 
 
 
360 aa  367  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0334  Radical SAM domain protein  47.11 
 
 
357 aa  316  3e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0289  radical SAM family protein  45.53 
 
 
352 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0117  radical SAM domain-containing protein  45.53 
 
 
352 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.190485 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5254  radical SAM domain protein  44.74 
 
 
352 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0114  radical SAM domain-containing protein  45.43 
 
 
352 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0099  radical SAM domain protein  45.43 
 
 
352 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0290614 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0398  radical SAM domain-containing protein  45.71 
 
 
372 aa  309  4e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0083  radical SAM family protein  47.43 
 
 
352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1419  radical SAM domain-containing protein  45.14 
 
 
359 aa  307  2.0000000000000002e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0113  radical SAM domain-containing protein  44.38 
 
 
352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000412834 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3138  radical SAM family protein  47.7 
 
 
355 aa  306  3e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4466  radical SAM domain-containing protein  45.45 
 
 
353 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1480  hypothetical protein  44.15 
 
 
356 aa  299  4e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000411506  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3325  radical SAM family protein  43.3 
 
 
368 aa  298  8e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.000000113455 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2161  radical SAM domain-containing protein  44.99 
 
 
373 aa  298  1e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0231722 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0561  Radical SAM domain protein  43.7 
 
 
385 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1500  radical SAM family protein  43.11 
 
 
358 aa  293  3e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2980  Radical SAM domain protein  42.52 
 
 
381 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0187919 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0547  radical SAM domain-containing protein  42.31 
 
 
362 aa  293  4e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1769  Radical SAM domain protein  45.83 
 
 
352 aa  291  1e-77  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1658  radical SAM domain-containing protein  42.48 
 
 
376 aa  290  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0707  radical SAM domain-containing protein  44.19 
 
 
421 aa  290  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0399019  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1003  hypothetical protein  41.81 
 
 
381 aa  289  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.850299 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1946  radical SAM domain-containing protein  44.48 
 
 
437 aa  289  5.0000000000000004e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041965 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2190  radical SAM domain-containing protein  44.32 
 
 
373 aa  289  6e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.32306  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4180  radical SAM family protein  42.35 
 
 
391 aa  288  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2862  radical SAM domain-containing protein  41.84 
 
 
383 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22952  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0767  radical SAM domain-containing protein  40.64 
 
 
386 aa  287  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.338567 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2972  radical SAM domain-containing protein  41.89 
 
 
385 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2923  radical SAM domain-containing protein  41.89 
 
 
385 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2600  DNA repair photolyase  42.9 
 
 
386 aa  285  5.999999999999999e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.64054  normal  0.361396 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0923  radical SAM domain-containing protein  41.89 
 
 
385 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0224  radical SAM domain-containing protein  41.89 
 
 
385 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1025  radical SAM domain-containing protein  41.47 
 
 
388 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2549  radical SAM domain-containing protein  41.89 
 
 
385 aa  285  8e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.22398  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0587  radical SAM family protein  41.47 
 
 
392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1066  radical SAM domain-containing protein  41.47 
 
 
392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0942  radical SAM domain-containing protein  41.76 
 
 
392 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.672209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00810  putative DNA repair photolyase  44.96 
 
 
352 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2237  radical SAM domain-containing protein  41.76 
 
 
392 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0946  radical SAM domain-containing protein  41.76 
 
 
392 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0406  radical SAM domain-containing protein  41.59 
 
 
374 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2509  hypothetical protein  42.57 
 
 
366 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.690045 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3222  radical SAM family protein  42.94 
 
 
387 aa  281  1e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0517  Radical SAM domain protein  43.4 
 
 
385 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.619466 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1433  Radical SAM domain protein  41.11 
 
 
395 aa  280  4e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.908326 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0556  Radical SAM domain protein  44.76 
 
 
359 aa  279  6e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0015  Radical SAM domain protein  42.03 
 
 
363 aa  279  6e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.811476  hitchhiker  0.00130653 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0452  radical SAM domain-containing protein  42.73 
 
 
385 aa  278  7e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.290609 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1617  radical SAM family protein  42.26 
 
 
415 aa  278  1e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05793  radical SAM domain protein  42.48 
 
 
375 aa  278  1e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1225  Radical SAM domain protein  42.17 
 
 
386 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.931656  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1266  radical SAM family protein  41.38 
 
 
360 aa  276  5e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.249898 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2341  hypothetical protein  43.29 
 
 
377 aa  276  5e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_004310  BR0387  hypothetical protein  42.28 
 
 
390 aa  275  7e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.595283  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1080  radical SAM family protein  41.64 
 
 
386 aa  275  8e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.981176  normal  0.301506 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3517  Radical SAM domain protein  42.86 
 
 
390 aa  275  8e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.546912  normal  0.918389 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0399  hypothetical protein  42.28 
 
 
390 aa  275  9e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1469  radical SAM family protein  40.62 
 
 
360 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1206  radical SAM family protein  41.38 
 
 
393 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.649327 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0742  radical SAM family protein  39.94 
 
 
361 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.669971  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0704  radical SAM family protein  41.77 
 
 
384 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.503182  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0937  hypothetical protein  42.06 
 
 
385 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388526  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0508  radical SAM domain-containing protein  42.28 
 
 
390 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.233922  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2104  Radical SAM domain protein  40.86 
 
 
380 aa  270  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.124136  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1773  radical SAM family protein  39.89 
 
 
378 aa  270  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680102  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2549  radical SAM family protein  39.54 
 
 
362 aa  270  2.9999999999999997e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4362  radical SAM family protein  42.9 
 
 
387 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal  0.0230577 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1768  radical SAM domain-containing protein  41.85 
 
 
374 aa  270  4e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.938086 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0928  hypothetical protein  41.19 
 
 
375 aa  269  5e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.125101 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0799  Radical SAM domain protein  41.38 
 
 
374 aa  268  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.737474  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0870  Radical SAM domain protein  41.69 
 
 
374 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0400323  normal  0.723126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3135  radical SAM family protein  39.15 
 
 
365 aa  265  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.787669  normal  0.057986 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0922  radical SAM domain-containing protein  43.83 
 
 
387 aa  265  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.56559  normal  0.49234 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2123  radical SAM domain-containing protein  40.83 
 
 
362 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0798  radical SAM domain-containing protein  40.83 
 
 
362 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2545  radical SAM family protein  37.12 
 
 
417 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1060  Radical SAM domain protein  41.35 
 
 
361 aa  260  3e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1743  Radical SAM domain protein  41.53 
 
 
375 aa  259  6e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.106017  normal  0.444535 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6071  Radical SAM domain protein  41.36 
 
 
372 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2176  radical SAM domain-containing protein  38.12 
 
 
372 aa  256  4e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2719  Radical SAM domain protein  38.84 
 
 
343 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2814  Radical SAM domain protein  38.84 
 
 
343 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2293  Radical SAM domain protein  37.64 
 
 
385 aa  253  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.972622  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2212  hypothetical protein  42.24 
 
 
325 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1693  Radical SAM domain protein  37.92 
 
 
364 aa  252  6e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.637102  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2803  radical SAM domain-containing protein  37.64 
 
 
402 aa  252  7e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.246146 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4095  radical SAM domain-containing protein  39.57 
 
 
362 aa  249  6e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.138855  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2403  radical SAM domain-containing protein  38.4 
 
 
389 aa  247  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195467  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3951  radical SAM domain-containing protein  38.81 
 
 
360 aa  246  6e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.934636  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3675  radical SAM domain-containing protein  41.53 
 
 
371 aa  241  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.852388 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0708  radical SAM domain-containing protein  37.87 
 
 
362 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1181  radical SAM family protein  39.66 
 
 
362 aa  236  4e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0204222  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5416  radical SAM domain-containing protein  40.23 
 
 
378 aa  231  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>