82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3987 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3987  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
107 aa  224  3e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000172113  normal  0.563656 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4314  transcriptional regulator, LuxR family  43.4 
 
 
179 aa  92.8  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6609  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.35 
 
 
180 aa  88.6  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2829  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.7 
 
 
206 aa  54.7  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6731  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.45 
 
 
198 aa  52.8  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.167453  normal  0.578236 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6742  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.73 
 
 
196 aa  50.4  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318471  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.09 
 
 
189 aa  50.1  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2375  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.07 
 
 
213 aa  49.3  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.852027 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.38 
 
 
187 aa  49.3  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1215  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.6 
 
 
187 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5380  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.58 
 
 
100 aa  48.5  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6568  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.43 
 
 
205 aa  47.4  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.307355  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2078  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.27 
 
 
203 aa  47.4  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1586  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.91 
 
 
192 aa  46.2  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0659987 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1382  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.27 
 
 
197 aa  46.2  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.375998  normal  0.64066 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2205  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.78 
 
 
193 aa  46.2  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2006  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
203 aa  46.6  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.593856  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1587  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.95 
 
 
199 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.387563 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3968  RNA polymerase sigma-70 factor  26.19 
 
 
196 aa  45.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1381  RNA polymerase sigma-70 factor  28.57 
 
 
201 aa  45.4  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.57599  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  45.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0948  RNA polymerase sigma-70 factor  25.26 
 
 
189 aa  45.4  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.799329  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
392 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2436  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 
180 aa  44.7  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  44.3  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2285  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.27 
 
 
195 aa  44.3  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116756 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  44.3  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5800  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.4 
 
 
201 aa  44.3  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.556713  normal  0.286178 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2618  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.03 
 
 
201 aa  43.9  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3991  RNA polymerase sigma-70 factor  23 
 
 
176 aa  43.5  0.0008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.86 
 
 
199 aa  43.5  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.69 
 
 
195 aa  43.5  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.744853  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1364  RNA polymerase sigma-70 factor  22.5 
 
 
190 aa  43.5  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.767418 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.49 
 
 
232 aa  43.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2826  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.39 
 
 
208 aa  43.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  24.14 
 
 
189 aa  42.7  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1454  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.11 
 
 
186 aa  42.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0283325  normal  0.466266 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0716  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24 
 
 
193 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.892025  normal  0.487343 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.43 
 
 
199 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.43 
 
 
199 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4013  RNA polymerase sigma-70 factor  25.58 
 
 
193 aa  42.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3998  RNA polymerase sigma-70 factor  23.17 
 
 
202 aa  42  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3691  RNA polymerase sigma-70 factor  22.09 
 
 
202 aa  42.7  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.513254  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1243  RNA polymerase sigma-70 factor  24.27 
 
 
187 aa  42.7  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.935944  normal  0.793417 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.38 
 
 
182 aa  42.4  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0414375  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5657  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.42 
 
 
194 aa  41.6  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.337377  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  24.42 
 
 
189 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3197  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.94 
 
 
183 aa  41.6  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.461127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4607  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.77 
 
 
186 aa  41.6  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.149364  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  24.14 
 
 
189 aa  41.6  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.43 
 
 
199 aa  41.2  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.43 
 
 
199 aa  41.2  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  26.53 
 
 
214 aa  41.2  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0708  RNA polymerase sigma-70 factor  25 
 
 
208 aa  41.6  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.236556  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0954  RNA polymerase sigma-70 factor  26.19 
 
 
197 aa  41.2  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.76 
 
 
193 aa  41.6  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.804313  normal  0.070484 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2945  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.04 
 
 
176 aa  41.2  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0616617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.42 
 
 
189 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4122  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.67 
 
 
203 aa  41.2  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.911085  normal  0.605829 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.43 
 
 
199 aa  41.2  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  25 
 
 
189 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0002  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
178 aa  40.8  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2647  RNA polymerase sigma-70 factor  25.84 
 
 
192 aa  40.4  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.46 
 
 
197 aa  40.8  0.007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2725  RNA polymerase sigma-70 factor  22.89 
 
 
192 aa  40.8  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.964229  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7184  transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 
212 aa  40.4  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0138  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
182 aa  40.4  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3161  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 
180 aa  40  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0186021  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3452  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.98 
 
 
198 aa  40  0.01  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0584888 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>