More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3349 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3349  dihydroorotase  100 
 
 
412 aa  848    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000206965  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3969  amidohydrolase  50.72 
 
 
427 aa  422  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.209336  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6462  dihydroorotase  51.9 
 
 
412 aa  416  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815548  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2453  dihydroorotase  49.12 
 
 
423 aa  400  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0512688  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3350  dihydroorotase  49.26 
 
 
431 aa  377  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000731035  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3965  amidohydrolase  45.93 
 
 
414 aa  367  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690591  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2441  dihydroorotase  45.89 
 
 
417 aa  364  1e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4254  dihydroorotase  39.95 
 
 
395 aa  256  7e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0916  dihydroorotase  38.2 
 
 
395 aa  242  7.999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4371  dihydroorotase  35.79 
 
 
379 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3928  dihydroorotase  36.13 
 
 
379 aa  215  9e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785792  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0177  amidohydrolase  35.68 
 
 
383 aa  214  1.9999999999999998e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2448  aminohydrolase domain-containing protein  34.02 
 
 
426 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0558  amidohydrolase 3  33.59 
 
 
425 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.577589 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4682  putative metallo-dependent hydrolase  31.89 
 
 
387 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0195401  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4778  putative metallo-dependent hydrolase  31.89 
 
 
387 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.336327  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4693  putative metallo-dependent hydrolase  31.89 
 
 
387 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4833  putative metallo-dependent hydrolase  31.89 
 
 
387 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.489997  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4812  putative metallo-dependent hydrolase  31.89 
 
 
387 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0675  amidohydrolase  32.19 
 
 
370 aa  186  7e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3134  amidohydrolase  32.64 
 
 
399 aa  179  8e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0106  dihydroorotase  30.57 
 
 
378 aa  173  5e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5003  dihydroorotase  30.47 
 
 
366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4825  dihydroorotase  30.34 
 
 
377 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4988  dihydroorotase  30.17 
 
 
366 aa  160  6e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3154  dihydroorotase  31.25 
 
 
377 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4696  dihydroorotase  29.82 
 
 
377 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.531695 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0260  dihydroorotase  30.19 
 
 
366 aa  159  8e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0312532  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4727  dihydroorotase  29.82 
 
 
377 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4791  dihydroorotase  29.82 
 
 
377 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0650  dihydroorotase  30.95 
 
 
425 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775356  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4975  dihydroorotase  29.36 
 
 
366 aa  158  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4846  dihydroorotase  29.82 
 
 
377 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4599  dihydroorotase  29.36 
 
 
366 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.231727  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4960  dihydroorotase  29.36 
 
 
366 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4740  dihydroorotase  29.36 
 
 
366 aa  156  7e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.185439  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5100  dihydroorotase  29.36 
 
 
366 aa  156  7e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0919  dihydroorotase  30.33 
 
 
377 aa  156  7e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4546  dihydroorotase  29.47 
 
 
420 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.225827 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4580  dihydroorotase  29.36 
 
 
366 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4689  dihydroorotase  29.64 
 
 
366 aa  155  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5700  dihydroorotase  29.64 
 
 
424 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.187758  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0429  dihydroorotase  28.95 
 
 
377 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.634096  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1052  dihydroorotase  27.67 
 
 
420 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0770373  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4376  dihydroorotase  32.13 
 
 
379 aa  149  7e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.430681  normal  0.791891 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5828  dihydroorotase  28.33 
 
 
427 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000105478 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5090  dihydroorotase  31.04 
 
 
403 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2987  dihydroorotase  29.72 
 
 
402 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5803  dihydroorotase  30.95 
 
 
404 aa  144  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.306417  normal  0.050491 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6703  dihydroorotase  30.56 
 
 
402 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.235788 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0726  dihydroorotase, multifunctional complex type  47.06 
 
 
432 aa  68.6  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0680932  hitchhiker  0.000000153921 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6703  D-glutamate deacylase  54.84 
 
 
497 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.103433 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4610  adenine deaminase  28.25 
 
 
593 aa  65.1  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610882  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3006  Amidohydrolase 3  53.23 
 
 
533 aa  63.2  0.000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2091  amidohydrolase 3  46.03 
 
 
560 aa  59.3  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.211257  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0952  dihydroorotase  40.98 
 
 
426 aa  59.3  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0556673  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5117  N-acyl-D-amino acid deacylase family protein  46.77 
 
 
504 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1857  dihydroorotase, multifunctional complex type  41.27 
 
 
425 aa  58.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3201  dihydroorotase, multifunctional complex type  45.31 
 
 
447 aa  58.5  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6046  D-aminoacylase domain protein  32.8 
 
 
530 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07850  dihydroorotase, multifunctional complex type  36.47 
 
 
430 aa  57.8  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0172955  normal  0.686638 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11860  dihydroorotase, multifunctional complex type  41.67 
 
 
430 aa  58.2  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0270101  normal  0.0379723 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0880  dihydroorotase  38.37 
 
 
431 aa  57.4  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3646  amidohydrolase 3  41.94 
 
 
589 aa  57.4  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.668872  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0881  dihydroorotase, multifunctional complex type  40.98 
 
 
426 aa  56.6  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.123105  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5269  N-acyl-D-amino-acid deacylase  35.85 
 
 
511 aa  56.6  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0222852  normal  0.0756976 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1040  dihydroorotase  41.79 
 
 
422 aa  57  0.0000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1188  amidohydrolase 3  40.66 
 
 
566 aa  56.6  0.0000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1160  dihydroorotase  33.33 
 
 
423 aa  56.6  0.0000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.94631  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0415  N-acyl-D-amino-acid deacylase  45.16 
 
 
491 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0882  amidohydrolase 3  46.77 
 
 
579 aa  56.2  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.480099  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1479  dihydroorotase  44.62 
 
 
436 aa  56.2  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0284276  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2936  dihydroorotase  44.62 
 
 
453 aa  55.5  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2087  amidohydrolase 3  38.46 
 
 
577 aa  55.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1320  dihydroorotase  35.29 
 
 
423 aa  55.1  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2206  Amidohydrolase 3  43.94 
 
 
601 aa  55.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0568335 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1551  N-acyl-D-amino-acid deacylase  35.85 
 
 
486 aa  54.7  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4915  isoaspartyl dipeptidase  32.4 
 
 
390 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.518108  normal  0.325437 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2192  dihydroorotase, multifunctional complex type  48.39 
 
 
433 aa  55.1  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.402118 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2084  dihydroorotase, multifunctional complex type  41.27 
 
 
425 aa  54.3  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.178294  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2013  dihydroorotase  45.9 
 
 
566 aa  53.9  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4816  N-acyl-D-amino-acid deacylase  33.86 
 
 
484 aa  54.3  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0312  amidohydrolase 3  37.89 
 
 
578 aa  53.9  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.268832  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4916  isoaspartyl dipeptidase  32.4 
 
 
390 aa  54.3  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5093  N-acyl-D-amino-acid deacylase  38.32 
 
 
494 aa  54.3  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00480971  normal  0.666286 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4843  isoaspartyl dipeptidase  32.4 
 
 
390 aa  54.3  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4768  isoaspartyl dipeptidase  32.4 
 
 
390 aa  53.9  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2354  dihydroorotase, multifunctional complex type  37.7 
 
 
429 aa  53.5  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0187405  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0613  dihydroorotase, multifunctional complex type  39.34 
 
 
428 aa  53.5  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.958192  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3345  amidohydrolase 3  33.33 
 
 
588 aa  53.5  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.783036 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2289  amidohydrolase  37.74 
 
 
456 aa  53.5  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1022  amidohydrolase 3  42.62 
 
 
578 aa  53.5  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251498  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3040  D-glutamate deacylase  34.96 
 
 
481 aa  53.1  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.236527  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0420  adenine deaminase  39.19 
 
 
564 aa  53.1  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1614  dihydrooratase  37.7 
 
 
425 aa  52.4  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.296588  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3102  dihydroorotase  41.27 
 
 
439 aa  52.4  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.544962 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2899  amidohydrolase  26.58 
 
 
482 aa  52.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.996179  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4149  dihydroorotase  33.33 
 
 
429 aa  52.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.171454 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5803  dihydroorotase  33.94 
 
 
439 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.356381  normal  0.871974 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0261  dihydropyrimidinase  42.86 
 
 
474 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>