115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2480 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2480  prenyltransferase  100 
 
 
293 aa  588  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0220727  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3485  UbiA prenyltransferase  59.17 
 
 
291 aa  366  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3311  prenyltransferase  44.53 
 
 
291 aa  229  3e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1958  prenyltransferase  38.21 
 
 
313 aa  179  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2954  prenyltransferase  33.56 
 
 
308 aa  158  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12008  Maf-like protein  34.1 
 
 
283 aa  152  5e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.528538  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04595  hypothetical protein  26.37 
 
 
303 aa  139  4.999999999999999e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.311519  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0306  UbiA prenyltransferase  25.98 
 
 
288 aa  122  5e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1385  UbiA prenyltransferase  24.11 
 
 
318 aa  121  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0949152  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1863  prenyltransferase  31.33 
 
 
289 aa  107  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.959148  normal  0.340007 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1679  prenyltransferase  31.88 
 
 
281 aa  103  3e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.558367  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2544  prenyltransferase  31.09 
 
 
281 aa  103  5e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0795  prenyltransferase  34.73 
 
 
282 aa  97.4  2e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.686663  hitchhiker  0.00000276603 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1142  UbiA prenyltransferase  33.93 
 
 
267 aa  97.1  3e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1843  prenyltransferase  34.71 
 
 
279 aa  94.4  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.183334  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1697  prenyltransferase  28.99 
 
 
279 aa  90.9  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0625  prenyltransferase  29.7 
 
 
280 aa  89.7  6e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.24131  normal  0.221507 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1647  Geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase  31.82 
 
 
282 aa  89  1e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.114853  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1933  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  28.06 
 
 
284 aa  87.8  2e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3192  UbiA prenyltransferase  35.44 
 
 
283 aa  86.7  5e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.726332  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1016  UbiA prenyltransferase  33.1 
 
 
284 aa  80.9  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0315  prenyltransferase  31.65 
 
 
283 aa  79  0.00000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1040  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  29.94 
 
 
279 aa  76.6  0.0000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1449  UbiA prenyltransferase  32.83 
 
 
284 aa  75.1  0.000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.260951  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0995  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  26.16 
 
 
278 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0176059  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2079  prenyltransferase  33.11 
 
 
287 aa  74.3  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.728738  normal  0.183793 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0950  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  26.5 
 
 
278 aa  71.2  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5365  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  26.6 
 
 
274 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0827781  normal  0.24577 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0977  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  29.8 
 
 
278 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.92785  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1730  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  30.72 
 
 
278 aa  67.4  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3714  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  22.97 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.213938  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4820  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25.87 
 
 
295 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0428449 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1693  prenyltransferase  27.59 
 
 
288 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00802705  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0636  prenyltransferase  29.53 
 
 
277 aa  65.9  0.0000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5287  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25.49 
 
 
295 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111529  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0279  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25.43 
 
 
302 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0728517  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1922  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25 
 
 
302 aa  62.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0771  Geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase  26.5 
 
 
259 aa  61.2  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0487917  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1016  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  23.81 
 
 
302 aa  60.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1338  prenyltransferase  25 
 
 
285 aa  60.5  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1733  UbiA prenyltransferase  28.65 
 
 
276 aa  59.3  0.00000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3530  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.28 
 
 
301 aa  58.5  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.47035 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1573  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.88 
 
 
317 aa  58.2  0.0000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0576608  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0940  UbiA prenyltransferase  24.51 
 
 
313 aa  57  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.500041  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0806  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  23.94 
 
 
317 aa  56.2  0.0000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.196063  hitchhiker  0.00946917 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1852  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.32 
 
 
294 aa  56.2  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00409299 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1390  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25.35 
 
 
334 aa  55.8  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.937819  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0165  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  23.87 
 
 
303 aa  55.8  0.0000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2123  UbiA prenyltransferase  30.82 
 
 
294 aa  55.8  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.905572 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1105  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25.81 
 
 
299 aa  55.5  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.359039  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1782  UbiA prenyltransferase  30.49 
 
 
247 aa  55.5  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3752  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.77 
 
 
304 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0151043  hitchhiker  0.000466186 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46085  predicted protein  21.19 
 
 
423 aa  55.5  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.232641  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1605  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  26.35 
 
 
325 aa  54.3  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.316081 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0876  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25.12 
 
 
326 aa  54.3  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.140721 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04241  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  26.6 
 
 
316 aa  54.7  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0583  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.63 
 
 
320 aa  54.3  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04901  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.14 
 
 
315 aa  53.9  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_16384  predicted protein  19.62 
 
 
317 aa  53.9  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.960686  normal  0.418422 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1998  bacteriochlorophyll c synthase  27.39 
 
 
333 aa  53.9  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.451912 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3747  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  21.84 
 
 
297 aa  53.5  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138219 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0708  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25.82 
 
 
332 aa  53.5  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.630035  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0020  bacteriochlorophyll/chlorophyll synthetase  22.16 
 
 
343 aa  53.1  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.999427  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0958  UbiA prenyltransferase  25.25 
 
 
294 aa  52.8  0.000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1089  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  23.7 
 
 
333 aa  52.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20661  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  21.46 
 
 
336 aa  52.4  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.22766 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0627  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.12 
 
 
303 aa  52  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.916979  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1302  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  22.11 
 
 
303 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04831  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  23.15 
 
 
315 aa  52  0.00001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.652512  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0555  UbiA prenyltransferase  24.34 
 
 
290 aa  52  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04521  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  23.15 
 
 
315 aa  52  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0911  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25 
 
 
300 aa  51.2  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.714122 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0427  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  23.15 
 
 
315 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1449  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.07 
 
 
333 aa  51.2  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.482254  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2226  bacteriochlorophyll c synthase  28.07 
 
 
336 aa  51.6  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1759  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25.36 
 
 
316 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04811  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  25.36 
 
 
316 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.233119  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1155  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.59 
 
 
376 aa  50.8  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.142622  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0545  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.55 
 
 
330 aa  50.4  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.659162  normal  0.856578 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1145  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  23.73 
 
 
333 aa  50.1  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3266  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  28.57 
 
 
304 aa  50.1  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0475034 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4380  UbiA prenyltransferase  27.03 
 
 
327 aa  49.7  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0630  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  22.51 
 
 
330 aa  49.3  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.774634  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0602  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  23.35 
 
 
330 aa  49.3  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.171113  normal  0.0295962 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2360  bacteriochlorophyll c synthase  29.82 
 
 
333 aa  49.3  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.663632  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0238  bacteriochlorophyll c synthase  24.56 
 
 
334 aa  48.5  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.325704  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2084  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.75 
 
 
339 aa  48.5  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.296271  normal  0.748804 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0738  UbiA prenyltransferase  27.81 
 
 
304 aa  48.5  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0740  UbiA prenyltransferase  26.98 
 
 
275 aa  48.1  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.572168 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2172  bacteriochlorophyll c synthase  26.9 
 
 
333 aa  47.8  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2227  bacteriochlorophyll c synthase  27.54 
 
 
335 aa  48.1  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1719  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  20.6 
 
 
297 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.641378  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1210  bacteriochlorophyll/chlorophyll synthetase  25.23 
 
 
305 aa  47.8  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.441233  normal  0.145879 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0386  tocopherol phytyltransferase  28.64 
 
 
300 aa  47.4  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00000735368  normal  0.905629 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3992  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  20.6 
 
 
306 aa  46.6  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.243579 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2061  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  22.92 
 
 
309 aa  47  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0172201 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1236  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  23.79 
 
 
318 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1600  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  22.29 
 
 
305 aa  46.6  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2883  UbiA prenyltransferase  28.64 
 
 
289 aa  46.6  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0088223 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1742  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  24.19 
 
 
276 aa  46.2  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>