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for query gene Dfer_2313 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



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Alignment on homolog gene

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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0881  transposase IS3/IS911 family protein  100 
 
 
96 aa  199  8e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0140867  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0527  transposase IS3/IS911 family protein  100 
 
 
96 aa  199  8e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.781347  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3122  transposase IS3/IS911 family protein  100 
 
 
96 aa  199  8e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.956375  normal  0.520056 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2313  transposase IS3/IS911 family protein  100 
 
 
96 aa  199  8e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3513  transposase IS3/IS911 family protein  87.36 
 
 
370 aa  166  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1392  transposase IS3/IS911 family protein  87.36 
 
 
370 aa  166  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3491  transposase IS3/IS911 family protein  87.36 
 
 
370 aa  166  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.841443  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3517  transposase IS3/IS911 family protein  87.36 
 
 
370 aa  166  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148961  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4211  transposase IS3/IS911 family protein  87.36 
 
 
370 aa  166  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6345  transposase IS3/IS911 family protein  87.36 
 
 
370 aa  166  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5979  transposase IS3/IS911 family protein  87.36 
 
 
370 aa  166  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0199  hypothetical protein  73.56 
 
 
88 aa  137  7e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1078  hypothetical protein  73.56 
 
 
88 aa  137  7e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02903  transposase ORF-A, IS-type  66.67 
 
 
87 aa  133  8e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0857  hypothetical protein  70.11 
 
 
88 aa  129  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4807  transposase subfamily  64.37 
 
 
88 aa  127  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.650973  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3069  transposase family protein  64.37 
 
 
88 aa  127  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4892  transposase family protein  65.12 
 
 
92 aa  126  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0142849 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2942  transposase subfamily protein  64.37 
 
 
88 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.342551  hitchhiker  1.76227e-24 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3341  hypothetical protein  63.22 
 
 
88 aa  125  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1972  hypothetical protein  64.37 
 
 
88 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.806101 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1235  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  124  6e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1288  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  124  6e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2193  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  124  6e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2355  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  123  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1943  transposase IS3/IS911 family protein  68.29 
 
 
86 aa  123  7e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0275  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  123  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0431  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  123  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2228  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  123  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1473  transposase IS3/IS911 family protein  68.29 
 
 
86 aa  123  7e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.679984  normal  0.0616512 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1117  transposase IS3/IS911 family protein  68.29 
 
 
86 aa  123  7e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1505  transposase IS3/IS911 family protein  68.29 
 
 
86 aa  123  7e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1493  transposase IS3/IS911 family protein  68.29 
 
 
86 aa  123  7e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.363102 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0065  transposase  62.07 
 
 
88 aa  122  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2601  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  122  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.297438 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1610  transposase IS3/IS911 family protein  60 
 
 
97 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.111694  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3081  transposase IS3/IS911 family protein  60.92 
 
 
88 aa  122  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1137  transposase IS3/IS911 family protein  60.92 
 
 
88 aa  122  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.000000141669 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0943  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  121  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4982  transposase IS3 family protein  62.07 
 
 
88 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1263  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  121  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4558  transposase IS3 family protein  62.07 
 
 
88 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.289218 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0673  transposase IS3 family protein  62.07 
 
 
88 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.112042  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1803  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
87 aa  121  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4892  transposase IS3/IS911 family protein  62.07 
 
 
88 aa  120  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.050362  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3395  transposase IS3/IS911 family protein  56.99 
 
 
100 aa  120  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4321  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  120  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.583527  normal  0.389304 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0317  transposase  58.82 
 
 
87 aa  120  8e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00457951  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2982  transposase IS3/IS911 family protein  58.82 
 
 
87 aa  120  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.439575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2896  transposase  58.82 
 
 
87 aa  120  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000661086  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5715  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6507  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2861  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6241  transposase IS3/IS911 family protein  59.77 
 
 
88 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328617  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3395  hypothetical protein  59.77 
 
 
93 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.521621  normal  0.861673 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2300  transposase IS3/IS911 family protein  54.74 
 
 
94 aa  117  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.356728  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1093  transposase IS3/IS911 family protein  60.24 
 
 
84 aa  117  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0036  transposase IS3/IS911 family protein  60.92 
 
 
88 aa  116  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0379  transposase IS3/IS911 family protein  64.47 
 
 
77 aa  115  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.563054  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2510  transposase  55.17 
 
 
88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.021123 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4090  transposase IS3/IS911 family protein  55.17 
 
 
88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.702583  normal  0.16367 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3356  insertion element ISR1 uncharacterized 10 kDa protein A3  55.17 
 
 
88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0403  insertion element ISR1 uncharacterized 10 kDa protein A3  55.17 
 
 
88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.868889 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1624  transposase IS3/IS911 family protein  57.47 
 
 
88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7057  transposase IS3/IS911 family protein  56.32 
 
 
88 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2579  transposase IS3/IS911 family protein  55.68 
 
 
88 aa  114  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0712611  unclonable  0.0000116597 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2285  transposase IS3/IS911 family protein  58.62 
 
 
88 aa  114  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0445809  normal  0.0110111 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2278  transposase IS3/IS911 family protein  58.62 
 
 
88 aa  114  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00023086  normal  0.050685 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0125  transposase IS3/IS911 family protein  58.62 
 
 
88 aa  114  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.405857 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6172  transposase IS3/IS911 family protein  58.62 
 
 
88 aa  114  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0637  transposase IS3/IS911  57.47 
 
 
88 aa  114  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3837  transposase IS3/IS911 family protein  58.62 
 
 
88 aa  114  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4608  transposase IS3/IS911 family protein  57.47 
 
 
88 aa  114  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546764  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0466  transposase IS3/IS911 family protein  55.17 
 
 
88 aa  114  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0850  IS3 family transposase  57.47 
 
 
88 aa  114  6e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.727621 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1779  IS3 family transposase  57.47 
 
 
88 aa  113  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3765  hypothetical protein  59.3 
 
 
492 aa  113  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4596  transposase IS3/IS911 family protein  52.87 
 
 
88 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7038  transposase IS3/IS911 family protein  55.17 
 
 
88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4024  transposase IS3/IS911 family protein  57.47 
 
 
88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4528  transposase IS3/IS911 family protein  54.02 
 
 
88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2308  transposase IS3/IS911 family protein  58.62 
 
 
88 aa  112  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.852152 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4335  transposase IS3/IS911 family protein  54.02 
 
 
88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.983933  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2311  transposase IS3/IS911 family protein  58.62 
 
 
88 aa  112  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.882739 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2507  transposase  56.98 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0154773 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0875  transposase IS3/IS911 family protein  56.98 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.572302 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1914  putative insertion element / transposase  56.98 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.863357  hitchhiker  0.0000000229131 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6139  transposase IS3/IS911 family protein  57.32 
 
 
87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.623502 
 
 
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NC_009952  Dshi_2103  putative transposase  56.98 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0726746  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1609  transposase IS3/IS911 family protein  54.02 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0629133  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1065  transposase IS3/IS911 family protein  54.02 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0463  transposase IS3/IS911 family protein  56.98 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3471  transposase IS3/IS911 family protein  54.02 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0959135  normal  0.645144 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0220  transposase IS3/IS911 family protein  54.02 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0746884 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2735  transposase IS3/IS911 family protein  54.02 
 
 
362 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_2711  transposase IS3/IS911 family protein  54.02 
 
 
362 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.155615  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_0657  transposase IS3/IS911 family protein  54.02 
 
 
362 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_002947  PP_2975  transposase family protein  55.17 
 
 
88 aa  110  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.385595  normal  0.0860166 
 
 
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NC_007958  RPD_0744  integrase catalytic subunit  54.65 
 
 
393 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009832  Spro_4079  transposase IS3/IS911 family protein  59.49 
 
 
87 aa  110  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
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