More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2014 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2014  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 		 427 aa  851    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3201  cell cycle protein  65.55 
 
 		 426 aa  578  1e-164  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000354109  normal  0.150861 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3304  rod shape-determining protein  53.33 
 
 		 434 aa  442  1e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0804  rod shape-determining protein RodA  52.28 
 
 		 421 aa  390  1e-107  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.901806 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0245  hypothetical protein  47.86 
 
 		 429 aa  376  1e-103  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1454  cell cycle protein  44.74 
 
 		 411 aa  353  2e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.804962  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0155  cell cycle protein  44.68 
 
 		 429 aa  347  3e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0190  cell cycle protein  44.13 
 
 		 429 aa  325  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0469067  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00585  putative transmembrane rod shape-determining protein  45.99 
 
 		 417 aa  317  3e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.510358  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1392  rod shape-determining protein RodA, putative  39.2 
 
 		 485 aa  306  4.0000000000000004e-82  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.011069 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0351  rod shape-determining protein RodA  36.62 
 
 		 407 aa  235  9e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000405805  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0420  cell cycle protein  37.22 
 
 		 408 aa  231  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000126174  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1730  rod shape-determining protein RodA  35.75 
 
 		 407 aa  223  7e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0257403  decreased coverage  0.00417518 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0568  rod shape-determining protein RodA  34.87 
 
 		 421 aa  212  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3332  rod shape-determining protein RodA  33.01 
 
 		 380 aa  209  7e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00191901  normal  0.82399 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0631  rod shape-determining protein RodA  34.14 
 
 		 418 aa  208  2e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1998  rod shape-determining protein RodA  34.15 
 
 		 408 aa  207  3e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0307055  normal  0.0830692 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3056  rod shape-determining protein RodA  33.1 
 
 		 419 aa  203  6e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.176215 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1353  rod shape-determining protein RodA  32.54 
 
 		 433 aa  201  3e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2588  rod shape-determining protein RodA  33.17 
 
 		 371 aa  197  3e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0958791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0457  rod shape-determining protein RodA  35.49 
 
 		 412 aa  196  6e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00336208  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1104  cell division protein FtsW  33.91 
 
 		 421 aa  196  9e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.921577  normal  0.914762 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2857  rod shape-determining protein RodA  32.22 
 
 		 366 aa  195  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3150  rod shape-determining protein RodA  35.39 
 
 		 368 aa  194  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000182729  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2936  rod shape-determining protein RodA  34.85 
 
 		 368 aa  193  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00888464  normal  0.0244175 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2459  rod shape-determining protein RodA  33.01 
 
 		 366 aa  193  6e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2325  RodA, rod cell shape determining protein  31.57 
 
 		 379 aa  192  8e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.574517  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0999  rod shape-determining protein RodA  31.57 
 
 		 379 aa  192  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.771718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1758  rod shape-determining protein RodA  33.25 
 
 		 366 aa  192  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.225068 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3486  rod shape-determining protein RodA  34.85 
 
 		 368 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107855  hitchhiker  0.00000000162732 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2730  rod shape-determining protein RodA  31.71 
 
 		 371 aa  190  5e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00606092  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3709  rod shape-determining protein RodA  34.32 
 
 		 368 aa  190  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00326456  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4069  rod shape-determining protein RodA  34.08 
 
 		 417 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4108  rod shape-determining protein RodA  34.08 
 
 		 417 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.136733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4287  rod shape-determining protein RodA  36.84 
 
 		 426 aa  189  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.9339 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1634  rod shape-determining protein RodA  34.83 
 
 		 378 aa  189  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.990952  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0401  cell division protein  36.59 
 
 		 412 aa  188  2e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.908892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1455  rod shape-determining protein RodA  31.99 
 
 		 373 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4584  cell cycle protein  32.67 
 
 		 438 aa  187  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3302  cell cycle protein  32.97 
 
 		 417 aa  186  5e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.311457  decreased coverage  0.00878539 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2544  rod shape-determining protein RodA  29.67 
 
 		 366 aa  186  6e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2078  rod shape-determining protein RodA  33.49 
 
 		 366 aa  186  7e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.73314  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1358  rod shape-determining protein RodA  31.74 
 
 		 373 aa  186  8e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2503  cell cycle protein  29.27 
 
 		 438 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000231774  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0760  rod shape-determining protein RodA  32.25 
 
 		 388 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2589  rod shape-determining protein RodA  33.51 
 
 		 368 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.319193 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14170  cell cycle protein  29.74 
 
 		 379 aa  184  3e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.73666e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1045  rod shape-determining membrane protein; sensitivity to radiation and drugs  29.22 
 
 		 365 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4344  rod shape-determining protein RodA  34.57 
 
 		 387 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000124977  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1973  rod shape-determining protein RodA  31.71 
 
 		 372 aa  182  1e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17671  cell division membrane protein  37.81 
 
 		 423 aa  182  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.830985  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2870  rod shape-determining protein RodA  31.81 
 
 		 368 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000228961  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1167  rod shape-determining protein RodA  33.88 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0596  rod shape-determining protein RodA  30.68 
 
 		 368 aa  181  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000143295  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0994  rod shape-determining protein RodA  33.9 
 
 		 367 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228896  normal  0.174291 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3384  rod shape-determining protein RodA  30.94 
 
 		 390 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.32855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0929  rod shape-determining protein RodA  30.95 
 
 		 366 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00142012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0983  cell cycle protein  32.32 
 
 		 376 aa  181  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.867453  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4036  rod shape-determining protein RodA  30.36 
 
 		 380 aa  181  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.924124  normal  0.245 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2491  rod shape-determining protein RodA  29.74 
 
 		 366 aa  180  4e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0147688  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2127  rod shape-determining protein RodA  31.34 
 
 		 365 aa  180  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000937002  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1611  rod shape-determining protein RodA  30.96 
 
 		 377 aa  180  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.749237  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0990  rod shape-determining protein RodA  33.62 
 
 		 367 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000109624  normal  0.0370361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1055  rod shape-determining protein RodA  33.62 
 
 		 367 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000470795  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0472  rod shape-determining protein RodA  30.62 
 
 		 373 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000647199  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3454  rod shape-determining protein RodA  33.62 
 
 		 368 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0032814  hitchhiker  0.00311192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1091  rod shape-determining protein RodA  33.62 
 
 		 368 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00567468  hitchhiker  0.000000470166 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1928  cell division protein  35.93 
 
 		 412 aa  179  7e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.229986  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3318  rod shape-determining protein RodA  33.62 
 
 		 368 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000382573  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3276  rod shape-determining protein RodA  33.62 
 
 		 368 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000878779  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0060  rod shape-determining protein RodA  32.25 
 
 		 373 aa  179  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2497  rod shape-determining protein RodA  31.49 
 
 		 373 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.689415  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2623  rod shape-determining protein RodA  34.44 
 
 		 437 aa  178  2e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0984  rod shape-determining protein RodA  30.97 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.709964  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2464  rod shape-determining protein RodA  33.07 
 
 		 386 aa  177  3e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.173515 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3360  rod shape-determining protein RodA  30.42 
 
 		 369 aa  177  4e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.132084  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0743  rod shape-determining protein RodA  30.02 
 
 		 438 aa  177  5e-43  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0542496  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0544  rod shape-determining protein RodA  31.67 
 
 		 378 aa  176  5e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000511075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1792  rod shape-determining protein RodA  35.36 
 
 		 407 aa  176  5e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000000820178  normal  0.0217876 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2541  rod shape-determining protein RodA  33.42 
 
 		 412 aa  176  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3461  rod shape-determining protein RodA  30.15 
 
 		 413 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0402831  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1108  rod shape-determining protein RodA  30.27 
 
 		 367 aa  175  1.9999999999999998e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.380475  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0264  rod shape-determining protein RodA  33.6 
 
 		 366 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.068566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17871  cell division membrane protein  35.28 
 
 		 422 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.17316  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1308  rod shape-determining protein RodA  30.94 
 
 		 369 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0292319  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2847  rod shape-determining protein RodA  30.96 
 
 		 373 aa  174  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0258119  hitchhiker  0.000000158658 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1371  rod shape-determining protein RodA  31.51 
 
 		 373 aa  173  5e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0444396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2483  rod shape-determining protein RodA  27.89 
 
 		 382 aa  173  5.999999999999999e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.113844 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1672  rod shape determining protein  35.52 
 
 		 422 aa  172  7.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.111343  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3151  cell wall shape-determining protein  34.21 
 
 		 370 aa  172  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0537844  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17711  cell division membrane protein  34.66 
 
 		 422 aa  172  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14200  cell division membrane protein  30.46 
 
 		 405 aa  172  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0320  rod shape-determining protein  30.33 
 
 		 371 aa  172  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0047182  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0698  rod shape-determining protein RodA  31.02 
 
 		 373 aa  172  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0484762  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7278  rod shape-determining protein  31.96 
 
 		 387 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.161316 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1850  cell wall shape-determining protein  33.6 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0659  rod shape-determining protein RodA  28.74 
 
 		 386 aa  171  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782988  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2950  cell wall shape-determining protein  33.88 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00101238  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3022  cell wall shape-determining protein  33.88 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00135301  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2566  rod shape-determining protein RodA  30.16 
 
 		 403 aa  170  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.397382  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>