More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2008 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2008  30S ribosomal protein S18  100 
 
 		 83 aa  169  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.922346  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1113  ribosomal protein S18  79.52 
 
 		 83 aa  134  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.321408  normal  0.83859 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2592  30S ribosomal protein S18  75.9 
 
 		 83 aa  130  6e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0398  30S ribosomal protein S18  69.88 
 
 		 83 aa  127  4.0000000000000003e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0740  ribosomal protein S18  81.69 
 
 		 87 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0452122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3481  30S ribosomal protein S18  79.49 
 
 		 98 aa  126  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.26859  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1667  30S ribosomal protein S18  81.43 
 
 		 92 aa  123  9e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.088074  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09983  ribosomal protein S18  82.09 
 
 		 100 aa  121  3e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.596989  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6994  ribosomal protein S18  68.12 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_002950  PG0596  30S ribosomal protein S18  74.6 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3415  30S ribosomal protein S18  63.24 
 
 		 78 aa  93.2  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000533335  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0046  30S ribosomal protein S18  58.21 
 
 		 80 aa  88.6  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1363  ribosomal protein S18  56.58 
 
 		 75 aa  88.6  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.143055  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4012  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  88.6  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211645  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0601  ribosomal protein S18  61.9 
 
 		 65 aa  88.2  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3544  30S ribosomal protein S18  62.5 
 
 		 78 aa  87.8  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0426  30S ribosomal protein S18  56.72 
 
 		 80 aa  87.4  5e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000528471  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0415  30S ribosomal protein S18  56.72 
 
 		 80 aa  87.4  5e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000675119  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5325  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0312656  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5153  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000135632  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5169  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00278275  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5265  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0224612  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5582  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.46232e-17 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5721  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000587708  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5623  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  87  8e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00085236  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5336  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  87  8e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000178788  hitchhiker  0.000000190479 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5599  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  87  8e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00341857  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5660  30S ribosomal protein S18  61.19 
 
 		 77 aa  87  8e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000002548  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1328  30S ribosomal protein S18  56.92 
 
 		 75 aa  85.5  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.52927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2037  ribosomal protein S18  56.52 
 
 		 76 aa  85.1  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.166902  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1934  ribosomal protein S18  59.38 
 
 		 74 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.250727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0430  30S ribosomal protein S18  52.38 
 
 		 84 aa  84.3  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.69422 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0584  30S ribosomal protein S18  58.46 
 
 		 74 aa  84  7e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.501506  hitchhiker  6.40936e-16 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0422  30S ribosomal protein S18  58.33 
 
 		 90 aa  83.2  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000044811  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0924  ribosomal protein S18  51.47 
 
 		 74 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.373301  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1133  30S ribosomal protein S18  52.05 
 
 		 86 aa  83.2  0.000000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1949  30S ribosomal protein S18  50.67 
 
 		 94 aa  82  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.879875  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1215  30S ribosomal protein S18  50.68 
 
 		 86 aa  81.3  0.000000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.30025  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1090  30S ribosomal protein S18  50.68 
 
 		 86 aa  81.3  0.000000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0651  30S ribosomal protein S18  50.68 
 
 		 86 aa  81.3  0.000000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1676  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 		 89 aa  80.9  0.000000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000000141185  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1996  30S ribosomal protein S18  50 
 
 		 86 aa  80.9  0.000000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.578713  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1338  30S ribosomal protein S18  50 
 
 		 76 aa  81.3  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0621321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1641  30S ribosomal protein S18  51.47 
 
 		 75 aa  81.3  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0283547  normal  0.0346788 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1031  30S ribosomal protein S18  50 
 
 		 76 aa  81.3  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2289  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.189033  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1402  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27665  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2250  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.231321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1166  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329961  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2414  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.398519  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1402  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.494221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2181  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1893  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.910904  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6207  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0913  30S ribosomal protein S18  57.14 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.317596 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1872  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.582114  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1587  30S ribosomal protein S18  50 
 
 		 86 aa  80.9  0.000000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0004  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0418254  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0185  30S ribosomal protein S18  48.75 
 
 		 81 aa  80.5  0.000000000000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.390146  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5172  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1968  30S ribosomal protein S18  66.07 
 
 		 94 aa  80.5  0.000000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.906239  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1895  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00156223  hitchhiker  0.0000000574659 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3214  30S ribosomal protein S18  57.14 
 
 		 93 aa  80.1  0.000000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5729  30S ribosomal protein S18  56.92 
 
 		 92 aa  80.1  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.237828  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2567  30S ribosomal protein S18  57.14 
 
 		 93 aa  80.1  0.000000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0113  30S ribosomal protein S18  53.25 
 
 		 96 aa  79.7  0.00000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1309  30S ribosomal protein S18  57.14 
 
 		 92 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2823  ribosomal protein S18  58.46 
 
 		 92 aa  79.7  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.408333  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0656  30S ribosomal protein S18  53.85 
 
 		 74 aa  79.7  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2393  30S ribosomal protein S18  54.41 
 
 		 94 aa  79.7  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1781  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.708911  normal  0.881884 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5227  30S ribosomal protein S18  55.71 
 
 		 93 aa  79.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2445  ribosomal protein S18  58.46 
 
 		 92 aa  79.7  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0042166 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1809  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 91 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.356271  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1245  30S ribosomal protein S18  57.14 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0202382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1184  30S ribosomal protein S18  57.14 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0394823  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1230  30S ribosomal protein S18  55.71 
 
 		 93 aa  79  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.024514 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0243  30S ribosomal protein S18  53.73 
 
 		 87 aa  79  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.783981  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3035  30S ribosomal protein S18  54.41 
 
 		 94 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000854539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2454  30S ribosomal protein S18  55.71 
 
 		 91 aa  78.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0427357  normal  0.323715 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1820  30S ribosomal protein S18  54.41 
 
 		 93 aa  79  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.179313  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3062  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382795  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0743  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000702658  hitchhiker  0.000126667 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3928  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11540  SSU ribosomal protein S18P  51.56 
 
 		 87 aa  78.6  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0244306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3641  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000922351  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2828  30S ribosomal protein S18  55.56 
 
 		 94 aa  78.6  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0713  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.348938  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0953  30S ribosomal protein S18  49.32 
 
 		 86 aa  78.6  0.00000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0517  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.370813  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0755  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000506389  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3258  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000185776  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0689  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00223713  hitchhiker  0.000284829 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0703  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000172761  hitchhiker  0.00040257 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0734  30S ribosomal protein S18  49.3 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0213573  hitchhiker  0.0000000101296 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1361  ribosomal protein S18  53.03 
 
 		 84 aa  77.8  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314469  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1977  30S ribosomal protein S18  53.85 
 
 		 92 aa  77.4  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.402888  normal  0.0959108 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2004  30S ribosomal protein S18  53.85 
 
 		 92 aa  77.4  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3282  30S ribosomal protein S18  52.31 
 
 		 75 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0561913  hitchhiker  0.000203056 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1726  30S ribosomal protein S18  56.92 
 
 		 79 aa  77.4  0.00000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.146764  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>