More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1222 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1222  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 176 aa  354  2.9999999999999997e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000572155  hitchhiker  0.00763284 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2218  translation initiation factor IF-3  75.6 
 
 		 185 aa  240  9e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0420504 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0560  translation initiation factor IF-3  65.88 
 
 		 186 aa  240  1e-62  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00554989 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1907  translation initiation factor IF-3  62.57 
 
 		 189 aa  200  7e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0993  translation initiation factor IF-3  63.23 
 
 		 156 aa  200  9.999999999999999e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0991  translation initiation factor IF-3  61.82 
 
 		 201 aa  198  3e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1644  translation initiation factor IF-3  69.14 
 
 		 186 aa  194  5.000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00296657  normal  0.0579282 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00820  translation initiation factor IF-3  61.29 
 
 		 155 aa  192  3e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.218786  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3743  translation initiation factor IF-3  62.65 
 
 		 239 aa  187  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0674596  hitchhiker  0.00196724 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  48.77 
 
 		 238 aa  166  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  47.85 
 
 		 225 aa  163  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 		 195 aa  160  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000125648  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0025  initiation factor 3  59.2 
 
 		 129 aa  160  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  48.78 
 
 		 194 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 166 aa  159  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 195 aa  158  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 195 aa  158  4e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 195 aa  158  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 195 aa  158  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 166 aa  158  4e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 186 aa  158  4e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 166 aa  158  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000260309  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 166 aa  157  6e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 		 166 aa  157  6e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  48.17 
 
 		 194 aa  157  6e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  48.17 
 
 		 194 aa  157  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  46.39 
 
 		 219 aa  157  7e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  46.91 
 
 		 173 aa  156  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  45.62 
 
 		 173 aa  155  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 		 198 aa  153  9e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0166  translation initiation factor IF-3  43.98 
 
 		 197 aa  152  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.805148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  44.64 
 
 		 202 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  43.98 
 
 		 173 aa  151  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  43.98 
 
 		 178 aa  151  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  45.68 
 
 		 169 aa  151  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  45.4 
 
 		 252 aa  151  5e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1311  translation initiation factor IF-3  47.2 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000644552  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  45.24 
 
 		 177 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  45.24 
 
 		 183 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0171  translation initiation factor IF-3  41.57 
 
 		 202 aa  148  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0802308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  45.24 
 
 		 183 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  45.45 
 
 		 190 aa  148  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  43.9 
 
 		 202 aa  148  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  45.51 
 
 		 183 aa  148  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  45.34 
 
 		 172 aa  147  6e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  45.56 
 
 		 205 aa  147  6e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  43.9 
 
 		 173 aa  147  7e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  46.15 
 
 		 190 aa  147  9e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0983  translation initiation factor IF-3  45.93 
 
 		 176 aa  146  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0708  translation initiation factor IF-3  48.84 
 
 		 176 aa  146  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00002338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  44.85 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  47.53 
 
 		 173 aa  145  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  45.06 
 
 		 401 aa  145  4.0000000000000006e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1412  translation initiation factor IF-3  48.18 
 
 		 143 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000852308  normal  0.493061 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  46.71 
 
 		 156 aa  144  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1225  translation initiation factor 3  47.53 
 
 		 164 aa  144  5e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000314962  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  45.39 
 
 		 156 aa  144  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  43.35 
 
 		 357 aa  144  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  46.71 
 
 		 156 aa  144  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  45.34 
 
 		 164 aa  144  7.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  47.44 
 
 		 177 aa  144  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  41.42 
 
 		 197 aa  143  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  45.27 
 
 		 165 aa  143  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  44.79 
 
 		 179 aa  143  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  43.33 
 
 		 154 aa  143  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  46.58 
 
 		 182 aa  142  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  46.15 
 
 		 196 aa  142  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  43.83 
 
 		 187 aa  142  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  45.93 
 
 		 137 aa  143  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  45.06 
 
 		 169 aa  142  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  44.9 
 
 		 154 aa  142  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000864988  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  46.3 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2638  translation initiation factor IF-3  46.34 
 
 		 169 aa  142  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294805  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3169  translation initiation factor IF-3  44.44 
 
 		 277 aa  141  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2666  translation initiation factor IF-3  42.86 
 
 		 176 aa  142  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  44.38 
 
 		 201 aa  141  4e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  41.61 
 
 		 171 aa  141  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  41.36 
 
 		 174 aa  141  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  46.88 
 
 		 178 aa  141  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  45.06 
 
 		 239 aa  140  9e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0766  translation initiation factor IF-3  46.81 
 
 		 181 aa  140  9e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  46.3 
 
 		 227 aa  140  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  44.23 
 
 		 156 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  44.97 
 
 		 238 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  44.87 
 
 		 174 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  44.23 
 
 		 156 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  44.97 
 
 		 238 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  44.23 
 
 		 156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  44.44 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  44.23 
 
 		 156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0724  translation initiation factor IF-3  40.85 
 
 		 194 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000346718  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1480  translation initiation factor IF-3  44.44 
 
 		 356 aa  139  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000187235 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  44.23 
 
 		 156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  44.97 
 
 		 238 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1477  translation initiation factor 3  44.44 
 
 		 396 aa  139  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0613769  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  44.23 
 
 		 156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  45.06 
 
 		 243 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1882  translation initiation factor IF-3  45.34 
 
 		 204 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0284235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3328  translation initiation factor IF-3  44.97 
 
 		 243 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.825238  normal  0.390058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>