56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0928 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0928  SMC domain protein  100 
 
 
577 aa  1174    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.384804  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3443  SMC domain-containing protein  26.09 
 
 
709 aa  92.4  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0416993  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0032  SMC domain protein  27.03 
 
 
440 aa  89.4  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.841332  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0023  AAA ATPase  28.95 
 
 
736 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4982  hypothetical protein  26.04 
 
 
464 aa  85.1  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.577043  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5461  AAA ATPase  40.44 
 
 
769 aa  84  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.323053  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3030  SMC domain-containing protein  26.07 
 
 
406 aa  83.2  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.726851  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1462  SMC domain protein  54.67 
 
 
423 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3137  ATPas  41.57 
 
 
449 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.828607 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1849  SMC domain protein  52 
 
 
422 aa  79.7  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0378  SMC domain protein  31.43 
 
 
430 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3668  hypothetical protein  34.81 
 
 
408 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.12244  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0257  ATPase  32.09 
 
 
403 aa  78.6  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.116042  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0626  SMC domain protein  37.5 
 
 
439 aa  77.8  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3357  SMC domain-containing protein  33.55 
 
 
437 aa  76.6  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.123972  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3725  ATPase  31.17 
 
 
455 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2697  AAA ATPase  47.13 
 
 
410 aa  76.6  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.308966  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1964  hypothetical protein  48.05 
 
 
203 aa  76.6  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6340  SMC domain protein  25.08 
 
 
420 aa  75.9  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.815029  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0743  hypothetical protein, putative phage gene  40.86 
 
 
414 aa  75.5  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4119  SMC domain protein  38.89 
 
 
482 aa  75.1  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1600  ATPase  37.61 
 
 
427 aa  74.7  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0426773  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0201  hypothetical protein  37.5 
 
 
442 aa  74.3  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0853474 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2489  SMC domain-containing protein  37.78 
 
 
452 aa  73.9  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000889729  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5113  hypothetical protein  35.19 
 
 
422 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2940  hypothetical protein  31.13 
 
 
410 aa  72.8  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2903  ATP-binding protein involved in virulence-like protein  38.61 
 
 
453 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.473037 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0004  ATP binding protein  44.3 
 
 
454 aa  68.9  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0419  hypothetical protein  27.66 
 
 
421 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247719  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5503  AAA ATPase  28.71 
 
 
464 aa  67.8  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0328038  hitchhiker  0.00036536 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4173  AAA ATPase  33.94 
 
 
415 aa  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0742  antigen PgaA  25.38 
 
 
445 aa  65.9  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7060  hypothetical protein  41.05 
 
 
445 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2683  hypothetical protein  40.86 
 
 
478 aa  61.2  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497582  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0224  ATPase  22.88 
 
 
352 aa  57.8  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0363611 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1398  hypothetical protein  34.94 
 
 
610 aa  56.6  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0455  hypothetical protein  24.15 
 
 
452 aa  55.8  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0216639  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0120  ATP-dependent OLD family endonuclease  34.04 
 
 
429 aa  55.8  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2531  hypothetical protein  38.75 
 
 
608 aa  54.7  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.41472  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0641  AAA ATPase  29.52 
 
 
418 aa  53.9  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.157065 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0397  ATPase  35.71 
 
 
360 aa  52.4  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1606  ATPase  37 
 
 
368 aa  52  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00139192 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3008  hypothetical protein  36.36 
 
 
582 aa  51.6  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.568683  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1750  ATPase  30.83 
 
 
515 aa  50.8  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.52576  normal  0.584982 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0681  ATP-dependent endonuclease of the OLD family  31.31 
 
 
353 aa  50.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.734229 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0472  AAA ATPase  34.31 
 
 
369 aa  48.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1424  hypothetical protein  35.35 
 
 
712 aa  47  0.0009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6914  initiation factor 2 associated domain-containing protein  29.01 
 
 
680 aa  46.6  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.622246  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0608  hypothetical protein  30.53 
 
 
1404 aa  46.6  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.33 
 
 
652 aa  46.2  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1791  hypothetical protein  30.46 
 
 
369 aa  45.8  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3136  hypothetical protein  32.43 
 
 
648 aa  45.8  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.829641  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1783  hypothetical protein  24.05 
 
 
447 aa  45.4  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.599015 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1709  SMC domain protein  33.33 
 
 
584 aa  45.4  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.000133048  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2033  ATPase  25.29 
 
 
399 aa  44.3  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4129  hypothetical protein  42.86 
 
 
708 aa  43.9  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0203002 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>