87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0834 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0834  cyclase/dehydrase  100 
 
 
269 aa  550  1e-156  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.179759 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3666  cyclase/dehydrase  50.7 
 
 
284 aa  282  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470859  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4497  cyclase/dehydrase  45.81 
 
 
232 aa  192  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6283  cyclase/dehydrase  43.58 
 
 
240 aa  185  7e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000939789  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3430  cyclase/dehydrase  44.24 
 
 
239 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0577  cyclase/dehydrase  41.67 
 
 
241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0413  hypothetical protein  38.94 
 
 
231 aa  177  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.239427  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1350  cyclase/dehydrase  40.18 
 
 
238 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0140  cyclase/dehydrase  42.79 
 
 
242 aa  170  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3009  cyclase/dehydrase  44.81 
 
 
256 aa  169  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000149284 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3785  cyclase/dehydrase  41.88 
 
 
223 aa  169  6e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.720369  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2623  cyclase/dehydrase  38.29 
 
 
244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.502552 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0042  cyclase/dehydrase  45.03 
 
 
244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.64456 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0123  cyclase/dehydrase  43.09 
 
 
243 aa  159  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.764786 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5444  cyclase/dehydrase  46.79 
 
 
164 aa  155  9e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.252579  normal  0.482853 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0307  cyclase/dehydrase  37.86 
 
 
303 aa  149  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0167  cyclase/dehydrase  44.85 
 
 
169 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.22431  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0114  cyclase/dehydrase  44.07 
 
 
225 aa  145  7.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3684  cyclase/dehydrase  45.22 
 
 
219 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1322  cyclase/dehydrase  36.62 
 
 
237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0066  cyclase/dehydrase  40.65 
 
 
198 aa  130  3e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.364974  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5344  cyclase/dehydrase  41.06 
 
 
187 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3832  cyclase/dehydrase  37.2 
 
 
212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.341531 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3103  hypothetical protein  38.46 
 
 
212 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.602873  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3664  hypothetical protein  33.33 
 
 
214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.321126 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3397  Polyketide cyclase/dehydrase  31.91 
 
 
245 aa  113  3e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1111  cyclase/dehydrase  36.55 
 
 
162 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3216  cyclase/dehydrase  34.62 
 
 
162 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0994  cyclase/dehydrase  34.25 
 
 
164 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.864114  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0978  cyclase/dehydrase  29.25 
 
 
151 aa  82.4  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1044  cyclase/dehydrase  34.97 
 
 
272 aa  82  0.000000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.214991  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4844  cyclase/dehydrase  34.46 
 
 
328 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.327815  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0957  cyclase/dehydrase  36.62 
 
 
170 aa  80.5  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1015  cyclase/dehydrase  36.49 
 
 
159 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0343567  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6540  cyclase/dehydrase  33.8 
 
 
287 aa  80.1  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472702  normal  0.0557794 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3967  cyclase/dehydrase  34.27 
 
 
300 aa  79  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.139128  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2639  cyclase/dehydrase  34.48 
 
 
162 aa  77.4  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.697167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1018  cyclase/dehydrase  35.92 
 
 
159 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.665706  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3665  cyclase/dehydrase  32.28 
 
 
158 aa  76.6  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.961718 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3678  cyclase/dehydrase  32.87 
 
 
216 aa  76.3  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0898363  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3412  cyclase/dehydrase  33.57 
 
 
337 aa  76.3  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1003  cyclase/dehydrase  31.52 
 
 
156 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.109283  decreased coverage  0.00240737 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0007  cyclase/dehydrase  31.91 
 
 
160 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1801  cyclase/dehydrase  32.39 
 
 
205 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1407  cyclase/dehydrase  32.45 
 
 
197 aa  70.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1310  cyclase/dehydrase  33.58 
 
 
192 aa  70.5  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48096  normal  0.382149 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0103  cyclase/dehydrase  30.77 
 
 
203 aa  69.3  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1527  cyclase/dehydrase  30.82 
 
 
181 aa  69.3  0.00000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.626943  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4854  cyclase/dehydrase  34.03 
 
 
155 aa  68.6  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.199897  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0825  cyclase/dehydrase  32.62 
 
 
152 aa  67  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.987427  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6247  hypothetical protein  28.68 
 
 
131 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.69241 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3433  cyclase/dehydrase  30.56 
 
 
155 aa  61.2  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.151513  hitchhiker  0.00285229 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1740  cyclase/dehydrase  27.86 
 
 
153 aa  59.7  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.294422  decreased coverage  0.000862073 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0812  cyclase/dehydrase  26.11 
 
 
217 aa  58.2  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.714265  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7248  integral membrane protein-like protein  30.71 
 
 
232 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0202449  normal  0.282365 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0297  cyclase/dehydrase  28.97 
 
 
210 aa  57.4  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1093  cyclase/dehydrase  27.03 
 
 
212 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01281  putative integral membrane protein  26.24 
 
 
156 aa  57.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.49008  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15860  polyketide cyclase / dehydrase family protein  27.86 
 
 
156 aa  57.4  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00215892  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0659  cyclase/dehydrase  26.9 
 
 
158 aa  56.6  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.913891  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0245  cyclase/dehydrase  28.57 
 
 
217 aa  56.2  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1754  cyclase/dehydrase  27.14 
 
 
153 aa  56.2  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6854  integral membrane protein-like protein  29.63 
 
 
394 aa  56.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3381  cyclase/dehydrase  26.76 
 
 
416 aa  55.8  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.155742  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2801  cyclase/dehydrase  29.33 
 
 
145 aa  55.8  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0725635  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3371  cyclase/dehydrase  30.71 
 
 
409 aa  54.3  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2865  cyclase/dehydrase  27.08 
 
 
143 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0117  putative integral membrane protein  25.71 
 
 
156 aa  53.1  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1483  putative integral membrane protein  27.86 
 
 
150 aa  53.1  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.77346  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01321  putative integral membrane protein  26.43 
 
 
156 aa  52.8  0.000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01311  putative integral membrane protein  26.43 
 
 
156 aa  52.8  0.000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36490  hypothetical protein  28.33 
 
 
116 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00849453  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01881  putative integral membrane protein  27.86 
 
 
150 aa  51.6  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.560201  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3131  hypothetical protein  28.81 
 
 
116 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2355  hypothetical protein  27.52 
 
 
145 aa  48.5  0.0001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26201  putative integral membrane protein  26.85 
 
 
149 aa  48.9  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.52339 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4789  cyclase/dehydrase  29.37 
 
 
147 aa  48.1  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.799233  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2374  cyclase/dehydrase  26.17 
 
 
336 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361241  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2380  cyclase/dehydrase  26.17 
 
 
335 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.336605  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2333  cyclase/dehydrase  26.17 
 
 
335 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.234929  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_37514  predicted protein  28.79 
 
 
153 aa  46.2  0.0006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.458024 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1568  hypothetical protein  36.96 
 
 
126 aa  44.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.858282  hitchhiker  0.00451485 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2352  cyclase/dehydrase  25 
 
 
418 aa  44.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.196534 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3917  hypothetical protein  31.87 
 
 
126 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587105  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3177  cyclase/dehydrase  27.54 
 
 
151 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01301  putative integral membrane protein  25.71 
 
 
157 aa  43.5  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.561031 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0199  cyclase/dehydrase  27.14 
 
 
151 aa  43.9  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>