139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0768 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0768  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 
151 aa  311  9.999999999999999e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.113865  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1948  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.1 
 
 
161 aa  182  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.161363 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2195  Cupin 2 conserved barrel domain protein  64.1 
 
 
189 aa  170  6.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192313  decreased coverage  0.00112961 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3373  cupin 2 domain-containing protein  57.6 
 
 
138 aa  153  9e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.789757  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1618  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.78 
 
 
137 aa  134  4e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.184744 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0776  hypothetical protein  49.64 
 
 
141 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000433123 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0772  hypothetical protein  50.39 
 
 
140 aa  127  7.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.000000766165 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3922  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.97 
 
 
138 aa  127  7.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0949  cupin 2 domain-containing protein  50 
 
 
143 aa  123  7e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.379941  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1740  cupin 2 domain-containing protein  48.8 
 
 
135 aa  122  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0273  cupin 2 domain-containing protein  47.62 
 
 
141 aa  122  2e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1460  cupin 2 domain-containing protein  47.24 
 
 
141 aa  121  3e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0253836 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1795  cupin 2 domain-containing protein  47.2 
 
 
135 aa  118  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00267571  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3909  cupin 2, barrel  42.38 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2945  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.46 
 
 
165 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0449546 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2626  cupin 2, barrel  42.02 
 
 
135 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.542859  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3259  cupin 2 domain-containing protein  38.89 
 
 
167 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0115338  normal  0.0903256 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4370  cupin 2 domain-containing protein  42.86 
 
 
387 aa  107  5e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5748  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.54 
 
 
163 aa  107  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0248088  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3352  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.76 
 
 
137 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0466  hypothetical protein  45.76 
 
 
132 aa  105  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3088  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 
162 aa  103  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2046  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.76 
 
 
131 aa  103  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.090507  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0148  cupin 2, barrel  47.11 
 
 
130 aa  103  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4635  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.09 
 
 
135 aa  102  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0405  hypothetical protein  44.92 
 
 
132 aa  102  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2013  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.96 
 
 
158 aa  102  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.706602  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.61 
 
 
131 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32560  Conserved hypothetical cupin family protein  40.41 
 
 
164 aa  101  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.157773  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2830  cupin region  41.8 
 
 
135 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148707  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38060  hypothetical protein  40.69 
 
 
156 aa  101  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.07 
 
 
131 aa  100  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188967 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2400  cupin 2 domain-containing protein  45.76 
 
 
131 aa  100  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2270  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.07 
 
 
131 aa  99.4  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.0010273  normal  0.190026 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.88 
 
 
174 aa  100  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0103732  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5714  cupin 2, conserved barrel domain protein  44.44 
 
 
134 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.721902  normal  0.850928 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1695  cupin 2 domain-containing protein  39.1 
 
 
145 aa  98.6  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4054  cupin 2 domain-containing protein  45.38 
 
 
131 aa  99  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.197212  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5693  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.22 
 
 
131 aa  98.2  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.791628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1146  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.71 
 
 
164 aa  97.4  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.557763 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0847  hypothetical protein  42.86 
 
 
132 aa  97.4  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166508  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1161  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.32 
 
 
165 aa  97.4  6e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000592158  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2098  transcriptional regulator  45.69 
 
 
142 aa  97.1  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4794  cupin 2 domain-containing protein  40.68 
 
 
136 aa  97.1  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8338  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.5 
 
 
157 aa  97.1  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6145  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.17 
 
 
131 aa  96.7  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2638  cupin 2, barrel  39.69 
 
 
135 aa  96.7  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.746968  hitchhiker  0.000814118 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3255  cupin 2 domain-containing protein  42.24 
 
 
131 aa  96.3  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.162447  normal  0.118949 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6730  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.07 
 
 
131 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1084  double-stranded beta-helix-like protein  43.51 
 
 
148 aa  95.9  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0476655  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2281  transcriptional regulator  43.65 
 
 
171 aa  95.5  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.853806 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2919  cupin 2 domain-containing protein  44.35 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1052  cupin 2 domain-containing protein  43.22 
 
 
131 aa  95.9  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.379214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1351  cupin 2 domain-containing protein  44.83 
 
 
132 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.300773  normal  0.281811 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2960  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.16 
 
 
135 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3139  hypothetical protein  41.41 
 
 
135 aa  95.1  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  41.73 
 
 
276 aa  95.1  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1321  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.86 
 
 
139 aa  94.7  3e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.185757 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1551  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.97 
 
 
132 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0911719  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2800  cupin 2, barrel  45.76 
 
 
135 aa  94.4  6e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.116084  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1951  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.09 
 
 
131 aa  94  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.578106  normal  0.399763 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1080  hypothetical protein  36.49 
 
 
164 aa  94  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1414  cupin 2 conserved barrel domain protein  38.84 
 
 
141 aa  94  7e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1135  Cupin 2 conserved barrel domain protein  52.27 
 
 
131 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.28104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2866  cupin family protein  40.16 
 
 
133 aa  93.6  9e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105692  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0847  cupin 2 domain-containing protein  44.83 
 
 
153 aa  93.6  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0541373 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2039  cupin 2, barrel  40.34 
 
 
136 aa  93.2  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.454361  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2510  hypothetical protein  43.22 
 
 
131 aa  92.8  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.179837 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2193  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.83 
 
 
131 aa  93.2  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.670448  hitchhiker  0.00191403 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1435  cupin 2 domain-containing protein  42.15 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001033  hypothetical protein  39.26 
 
 
166 aa  92.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1415  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.03 
 
 
219 aa  92  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1345  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.68 
 
 
133 aa  92.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.960003  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.68 
 
 
143 aa  92.8  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167413 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  40.13 
 
 
298 aa  92  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4130  hypothetical protein  39.83 
 
 
134 aa  91.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.830739 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0880  cupin 2 domain-containing protein  43.59 
 
 
132 aa  91.7  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592364  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.02 
 
 
140 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.972022  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1500  cupin region  40.17 
 
 
136 aa  91.7  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0870616 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0426  hypothetical protein  39.55 
 
 
131 aa  90.9  5e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0446  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.39 
 
 
149 aa  90.1  8e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2711  hypothetical protein  40.34 
 
 
170 aa  90.1  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6791  cupin 2 domain-containing protein  39.32 
 
 
136 aa  90.1  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.399896 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3217  cupin 2 domain-containing protein  41.74 
 
 
141 aa  89.7  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349466  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2917  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.33 
 
 
158 aa  89.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0625  cupin 2 domain-containing protein  39.02 
 
 
135 aa  89  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.285367  decreased coverage  0.00129861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3486  hypothetical protein  37.5 
 
 
133 aa  89.4  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2087  cupin domain-containing protein  40.6 
 
 
156 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000586329  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2483  cupin domain-containing protein  40.6 
 
 
156 aa  89  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000229564  normal  0.0414052 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2195  cupin 2 domain-containing protein  40.6 
 
 
156 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1623  hypothetical protein  39.37 
 
 
135 aa  88.2  4e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0760  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  41.07 
 
 
134 aa  88.2  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.747507  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1254  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.83 
 
 
133 aa  87.4  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.340481  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  42.45 
 
 
268 aa  87.4  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2095  cupin 2 domain-containing protein  41.88 
 
 
132 aa  87.4  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.25 
 
 
398 aa  87.4  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5021  cupin region  40.52 
 
 
136 aa  87  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00533136  normal  0.0498556 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7206  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.74 
 
 
260 aa  86.7  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.76271  normal  0.799003 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2099  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.7 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001030  RmlC-type cupin  37.86 
 
 
148 aa  86.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>