More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0577 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0577  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 231 aa  465  9.999999999999999e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0903513 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2743  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.4 
 
 		 228 aa  322  3e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1849  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.27 
 
 		 228 aa  276  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.418833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2552  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.9 
 
 		 230 aa  259  2e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000276879  normal  0.180215 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 		 230 aa  218  8.999999999999998e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.53 
 
 		 224 aa  213  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.58 
 
 		 266 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.78 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2944  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 223 aa  206  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470859  normal  0.70587 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0732  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.3 
 
 		 231 aa  199  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 		 223 aa  198  6e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  45.33 
 
 		 224 aa  191  7e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0453  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.85 
 
 		 225 aa  191  7e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.904663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.11 
 
 		 232 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.13 
 
 		 235 aa  189  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 224 aa  188  5.999999999999999e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3673  response regulator receiver  45.98 
 
 		 227 aa  188  5.999999999999999e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  45.5 
 
 		 223 aa  184  8e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  43.5 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 224 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 230 aa  181  6e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  42.86 
 
 		 223 aa  181  7e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 224 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1658  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.450735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1292  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.66664 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2231  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.5 
 
 		 232 aa  178  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  43.05 
 
 		 225 aa  178  5.999999999999999e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  42.36 
 
 		 228 aa  177  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2388  heavy metal response regulator  42.34 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000142984  normal  0.119734 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2101  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  42.34 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  42.67 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 224 aa  176  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  41.89 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 223 aa  176  4e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  41.89 
 
 		 226 aa  175  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 227 aa  174  7e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  41.89 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.34 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  41.89 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  41.89 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  41.89 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  41.44 
 
 		 226 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  41.89 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13760  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.14 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.35 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  41.89 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  41.44 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2192  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.79 
 
 		 230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  41.44 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  42.79 
 
 		 230 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.79 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  41.44 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2714  putative two-component response regulator  43.69 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.681326  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2056  DNA-binding response regulator  40.71 
 
 		 227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.413172  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 236 aa  172  3.9999999999999995e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2212  DNA-binding response regulator  40.71 
 
 		 227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31960  putative two-component response regulator  43.69 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.029957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2240  DNA-binding response regulator  40.71 
 
 		 227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.85177e-28 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0990  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000957791  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.89 
 
 		 225 aa  172  5e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  42.79 
 
 		 230 aa  171  5.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000187636  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  40 
 
 		 230 aa  171  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3400  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 224 aa  171  7.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.105495  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.22 
 
 		 226 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  41.89 
 
 		 229 aa  171  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0047  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  41.44 
 
 		 224 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116112  hitchhiker  0.00000494979 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2194  DNA-binding response regulator  40.27 
 
 		 227 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00702475  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0064  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.44 
 
 		 224 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118539 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.22 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.44 
 
 		 224 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0868462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.44 
 
 		 224 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.14 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.86 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 223 aa  169  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 240 aa  169  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.44 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  41.89 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.69 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  43.24 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4347  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 236 aa  169  5e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1598  response regulator receiver  39.19 
 
 		 226 aa  168  5e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2007  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 223 aa  168  6e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 223 aa  168  7e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.78 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4693  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.44 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  41.44 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.89 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  42.41 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2735  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 226 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.089268  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1631  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0039171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>